祖大壽全家撤離，給錦州士氣帶來的影響是巨大的。祖家走了，清軍來了，擺明了是祖大壽早就知道錦州根本守不住，這才全家逃進關內。連這個遼西老土地，都丟下家鄉不顧了，這城還能守嗎？
「城中尚有兵馬上萬，大炮數十，糧草彈藥可支兩年，你們怕什麼！我金國鳳是宣府人，卻也敢與錦州共存亡，爾等遼人，就不念祖宗復土守土之艱難嗎？爾等家眷皆在城內，此時出城，為虜騎追襲，唯有死路一條，想活命的，守住錦州！」
金國鳳還沒走，而且他的三個兒子也都在錦州，有一個熟悉的將軍在坐鎮指揮，讓軍心穩定了一些。但金國鳳也知道，打仗不能靠情懷，雙方實力的巨大差距擺在這裡，清軍築長圍圍困，以重炮轟擊城牆薄弱處，早晚會破壞防禦工事，製造出有利於登城的缺口，守軍的士氣也會消磨殆盡，到那時，城池也就守不住了。
清軍使用紅夷大炮作戰時，經常有轟塌城牆的記載，但那並不是真的把城牆用實心彈砸碎，而是令城牆部分崩塌，形成一個斜坡，還是需要重步兵登城強攻，才能把城攻下。而此時清朝的重甲步兵在短兵相接的作戰中天下無敵，所以有紅夷大炮配合，明軍的城池就沒有清軍攻不下的。
錦州想要守住，唯一的辦法就是從關內調集一支足以與清軍進行野戰的援軍，前來解錦州之圍。但大凌河之戰時，已經證明這個辦法行不通。此時的大明，也不可能再調出像另一時空松錦大戰時那樣的龐大軍團。即便調來了，也照樣不是清軍的對手。
金國鳳雖然對守住錦州不抱多少希望，但他依舊認為犧牲在這裡是有意義的，以錦州之堅，打得好了堅守年余也是能做到的。當他在錦州抵抗時，遼西走廊上的友軍們可以搶收莊稼，組織家眷和平民向關內撤退。從錦州到山海關，四百里路程，清軍一個一個啃堡壘，消耗的時間是驚人的，也必然付出極大的傷亡和物資損耗，只要拖延得久一些，說不定就會有轉機。
然而，皇太極是肯定不會按金國鳳的想法去打仗的。
崇禎十二年九月初二，皇太極親統清軍兩萬、蒙古軍兩萬破大安口，遵化守將孔希貴望風而遁，順天巡撫楊繩武自盡。九月初四，豪格、阿濟格率清軍兩萬、蒙古軍兩萬破龍井關，漢兒莊、潘家口、喜峰口、洪山口、羅文峪盡皆失陷。
沿著十年前己巳之變時的舊路，皇太極再一次來到了京畿。十年前，己巳之變成為皇太極事業的起點，一轉寧遠、寧錦之戰後金軍士氣不振的局面；十年後的今天，則是大清入主中原，逐鹿天下的開始。
豪格直取永平府，山永巡撫朱國棟自盡，阿濟格連克玉田、豐潤，直插天津。皇太極所統的清軍主力，則攻克薊州，直撲京師。
然而，當占領三河縣之後，清軍卻突然停了下來。
皇太極發布了一條上諭：「朕承天命，興師伐明，拒者戮，降者勿擾。勿淫人婦女，勿褫人衣服，勿毀廬舍器皿，勿伐果木，勿酗酒。違者罪無赦。固山額真等不禁，罪如之。」這些話都是十年前他就已經說過的，只不過十年前說這些，純屬裝點門面，可這一次，清軍竟然真的照做了。除了強征糧食牲畜，搶劫府庫，對抗拒者滅門抄家之外，清軍不再進行其他的劫掠。但是隨征的外藩蒙古兵劫掠如故，皇太極還要用他們，也不能真的把他們正法了，只是時時訓誡而已，而且不許他們進入城池。
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諸將都覺得，此時明朝的京城已經是大清的囊中之物，再也不會有勤王軍來救崇禎，應當立刻進取京城，將整個大明朝廷全部俘獲。可不知為什麼，皇太極卻似乎一點都不著急，他兵分兩路，向密雲和通州殺來。
「此次東虜入關，與以往大不相同，不僅僅是兵力增加，策略也變了。旗丁老本只是征糧，不再肆意屠戮百姓。隨征之西虜雖殺掠如故，但虜酋不許他們入城，只是劫掠鄉村，淪陷各城池內，竟安堵如初。探子傳回消息，虜酋正收買劣衿猾吏，在淪陷各城委派官員。撫寧、盧龍、昌黎、灤州、遷安、樂亭，都已經有偽官就任，為東虜征夫征糧了。」
孫傳庭的語氣十分凝重，這些現象很明確地說明，清軍絕不是像之前五次入塞那樣劫掠一番便要退回關外，他們是真的打算竊據中原江山了。
「虜酋長子豪格，正屯兵於撫寧，其眾不下數萬。現在已有一些人叛投東虜了。」孫傳庭說的「一些人」自然不是指普通百姓，而是明軍的軍官士兵。剛剛經歷調防的薊鎮處於十分混亂的狀態，除了孔希貴的家丁之外，精銳盡數調出，剩下的兵馬軍餉被拖欠已久，根本沒有戰鬥力。指揮這樣軍隊的軍官，自然也不會有什麼抵抗意志，皇太極一招降，許多人紛紛叛變。
剛剛調防到山海關的張鵬翼說：「制台，要不要派船去登州求救？雖然從登州來此風向不利，但也有少數船只能戧風航行。也不求他們派援兵過來，哪怕送些補給，也能穩定人心。」
孫傳庭不覺得這有多大意義，但張鵬翼說的也對，時不時有友軍的支援到來，對於士氣是個鼓舞。現在剛剛秋收，糧食充足，只要大家的鬥志別垮，憑藉城防工事，還是有一戰之力的。
孔希貴沒來和孫傳庭會合，逕自向南逃了。孫傳庭緊急徵召遼民中的壯丁補充軍隊後，山海關守軍增加到了近兩萬人，而他們要防守的是從老龍頭直到一片石、黃土嶺一帶一條長達五十里的防線，平均下來，每個人要負責四尺長的城牆。
不難看出，所謂「放棄關外，集中力量守衛山海關」這種想法有多麼扯淡。現在錦州和寧遠還被金國鳳和王廷臣控制，豪格部三萬人馬繞到山海關背後，已經讓孫傳庭十分為難。倘若寧錦為清朝所占，清軍就地屯田，將紅夷大炮直抵城下，那困在山海關里的明軍就成了真正的瓮中之鱉，只有等死的份了。
即便是現在，他們和瓮中之鱉也相差仿佛，只不過是這個瓮大了一些而已。四百里的遼西走廊，已經變成了關寧軍的囚籠。
真正能守住山海關的辦法，是從內地發勤王軍牽制清軍，使得入塞清軍不能放手進攻山海關背後，關門自然可保無恙。然而，己巳之變中勤王的袁崇煥、耿如杞、張鴻功、梅之煥下場如何？丙子之變中勤王的朱聿鍵下場如何？戊寅之變中勤王的盧象升、孫傳庭下場如何？也就孫傳庭混得還湊合，先在天牢里當釜底之魚，又到山海關來當瓮中之鱉。
此時祖大壽、吳三桂、唐通、高第、王朴、李輔明、猛如虎等部兵馬已經渡過黃河了，哪裡還會有什麼勤王軍。就算有，又有誰敢來？不僅僅是怕皇太極，更多的是怕朱由檢。