王瑾首先對耶穌會提供這批圖書表示感謝，他將在廣州建立一座圖書館，由雙方共同管理，並且著手組織將這些書籍翻譯為中文的工作。既然要共同管理，之前不允許外籍教士進入內地的禁令也可以撤銷了，傳教士可以在禮科的教會司登記之後，憑藉教會司發放的通行證，於限制時間地點內在內地活動。
這麼貴重的一批禮物不能白拿，王瑾同意除了保留在海南島上的兩座教堂之外，恢復耶穌會在肇慶、韶州、南雄的三座之前被明朝沒收的教堂，和海南的教堂一樣，也要接受教會司的管理。廣州圖書館的傳教士利用私人關係傳教他管不著，也沒法管，但是在廣州，沒有天主教的宗教場所，也就不允許集會，只准教徒各自在家禮拜。
雖然限制還是很嚴格，但畢竟和之前相比還是放鬆了，曾德昭和卜彌格都感到不虛此行。但是接下來，王瑾提出的條件都就他們為難了。
所有宗教書籍，必須採用衡州書坊出版的版本。書坊從中賺多少錢不打緊，關鍵是這意味著，必須使用「天」和「上帝」的譯名。
教徒有參與祭祖、祭孔典禮的自由，有選擇喪葬禮儀的自由，有供奉祖先牌位的自由。在官學讀書的學生必須參加祭孔，有功名的教徒如果不按規定到孔廟致禮，其功名將不予承認。
王瑾的要求基本上沿襲了利瑪竇的觀點，即中國人的「天」就是「天主」，儒教是一種哲學思想，和天主教不牴觸。祭孔是表達尊敬，祭祖是表達懷念，這是值得支持的行為，宗教不能教人不尊敬、不懷念。羽鳳麒、馬守應等回教徒都認可這一觀點，如果天主教做不到這一點，那就不能在中國傳播。
現在羅馬教廷並未禁止祭祖祭孔，所以這件事曾德昭還是敢答應的，但是宗教書籍的出版權這件事就太大了。翻譯問題在另一時空爭執百年，非常敏感，根本不是曾德昭和卜彌格兩個人能左右的事情。相比之下，教會管理人員任命需要官府批准，可以開設孤老院但不許開設孤兒院、醫院、學校這樣的限制都是小事了。
王瑾其實有讓耶穌會知難而退的意思，他手上並無多少能威脅教廷的籌碼，逼教廷就範可能性不大。如果按照王瑾的辦法辦教會，辦到最後，中國教會勢必自成一派，這是教廷絕不允許的。而如果遵從羅馬方面的命令，上會威脅皇權，下會威脅宗族，這是李自成和他的子孫，還有全國大部分官紳都不會允許的。
王瑾自沒指望曾德昭現在就答覆，接下來，他只談了圖書館的選址和管理問題。
一場談話下來，曾德昭覺得十分疲勞。曾德昭過去見過不少固執的明朝官員，對於天主教非常敵視，恨不得立刻把所有外國人趕出澳門，但是，開放包容的王瑾卻比這些人難對付得多。此人對耶穌會乃至羅馬教廷的情況都很了解，故而能夠精確地戳人肺管子。曾德昭隱隱感覺到，這位權將軍想要的恐怕是一個像安立甘宗那樣完全不受教廷控制的教會，而這是教廷絕不能容許的。
究竟是讓更多人接受主的榮光重要，還是教廷的權威重要？曾德昭無法給出答案。
曾德昭哪裡知道，王瑾已經在台北開始嘗試這種魔改版本的天主教了。當地的原住民部落有一些在西班牙人的影響下信奉了天主教，闖軍當然不可能跑到原住民的村子裡去禁教，那不就是送頭下鄉。於是在王瑾的指導下，已經做了廣東道錄，五品大員的王知明，搞出了一套結合儒道兩家理念，又貼近原住民的自然崇拜與祖先崇拜的魔改版基督教。
一群道士去傳播基督教，這畫面十分詭異，但是在原住民看來，同為黃種人的道士還是比多明我會的神父更順眼的。他們不否定原住民已經接受的教義，只是做出新的解釋，這種辦法十分有效。闖軍為了躲避疾病，天氣一熱就躲在社寮島上不出來，有什麼事情都讓道士指揮原住民去干，闖軍用鹽、糖、酒、布匹等手工業產品作為報酬。楊彥迪打算在他們能接觸到的所有原住民村落推廣這種辦法。
明朝本就有不少儒、道、佛合一的三教寺，台北直接建了五教寺，儒道佛回耶合一。雖然這想法頗為扯淡，而且讓王瑾聯想到于謙的母親吃香灰，但好在闖軍對這些道士的控制非常嚴格，這些人和官吏無異，不怕他們掀起什麼風浪。反正這裡的信眾除了粗鄙武夫就是原住民，沒有任何一教的神學家和他們辯經，他們想怎麼解釋就怎麼解釋，只要能說服原住民別獵頭就行。
此時只有二十八歲的卜彌格只是負責看護這批書和儀器的，他就輕鬆得多了。他判斷，王瑾有很高的科學素養，應該在他自己之上，憑他現有的知識，恐怕很難影響到王瑾。原本傳教士可以利用製造軍火來換取中國官府的好感，然而現在佛山兵工廠的產品在設計上是超過澳門卜加勞兵工廠的，所欠的只是還不夠成熟而已，這方面傳教士也使不上多少力氣。因此，卜彌格決定仔細查閱一些那些書籍，看看其中有沒有什麼可以引起中國人興趣的東西。
曾德昭沒反對，但也不覺得這有什麼用，卜彌格這個人有些呆氣，是個很好的傳教士，但不是個合格的教職人員。他們要對付的這個人是一位身經百戰的將軍，也是這個名為「奉天倡義營」的政權的二號人物，統治著面積接近西班牙本土的富饒土地，這樣的人怎麼可能因為對科學的興趣就改變政治主張。
從這個政權的名字來判斷，「天」的概念對他們非常重要，否認他們對「天」的解釋，就如同和捷克人談判時不承認胡斯的觀點，那還有什麼可談的。在歐洲，天主教大軍能把胡斯的繼承者們殺得血流成河，但是在這個遙遠的東方帝國，採取強硬態度無疑是愚蠢的。真要是把王瑾惹急了，出動幾千軍隊來打澳門，葡萄牙人也只能從道德上譴責，然後在生理上投降。
其實耶穌會內部對於是否要和闖軍合作都有分歧，不少人擔心明軍會很快打回來。但是曾德昭在許多年，對明軍以及兩廣地形都有很深的了解。他認為，就算闖軍守不住湖南，他們卡住五嶺隘口，在僅有的幾條可以通行大規模軍隊的地方各修一座棱堡，採用「憑堅城，用大炮」的策略，對明軍來說也是無解的。
對於王瑾來說，談判很是愉快，對方沒有什麼超出他預期的反應。辭別了宋應星，他又到城牆上視察了一圈，順便散散心，最後登上了廣州北側的制高點鎮海樓。
那邊應該是紹武帝朱聿鐭和他十五個臣子的墓，這邊應該是王興和他十六個妻妾的墓。另一時空，王瑾對這兩座墓的印象都很深刻。跨越三百餘年，只有越秀山依舊，而絕大多數由人類建立的景觀都不是他記憶中的模樣了。
王瑾忽然想起了至今不肯合作的馮耀在另一時空離開廣州赴死時留下的話：「從此出郊一里，至越王台，即是天山朔漠。」
這個時空的馮耀，可能只會是個普通的明朝遺老了，十幾年後老死病榻，除了一篇墓志銘之外，再無存在於這個世界上的痕跡。
羽鳳麒這樣的人可能還會被其他明朝遺老罵個狗血淋頭，畢竟他和闖軍合作過，也沒說出「凡我羽族不許食闖祿」。施家八兄弟一個也沒死，鍾國寶這個身為「朝廷心腹」的錦衣衛都投降了。
這將是一場歷史上發生過無數次的，尋常到乏味的改朝換代。