所有課程的教材都是王瑾編撰的，共分語文、數學、自然、社會、體育五科。
語文大體上沒什麼奇怪的，還是《三字經》《百家姓》《千字文》開蒙，然後學《論語》《孟子》《大學》《中庸》。《詩》還是要學的，《書》《易》《禮》《春秋》就都不學了，取而代之的是樂府詩、唐詩宋詞元曲，還有《岳陽樓記》《醉翁亭記》《陋室銘》《桃花源記》《出師表》《勸學》《師說》一類的知名文章。這些都是傳統知識分子都會接受的正常教育，在大家看來都是不稀奇的。
比較有爭議的內容有兩點，第一點是字形的問題。王瑾編的新教材將許多比較常見的異體字定為了標準字形，比如說「從」改為「從」，「眾」改為「眾」，「塵」改為「塵」。又將許多偏旁部首的草書楷化，比如說「釒」改為「釒」，「訁」改為「訁」，「糹」改為「糹」。
王瑾的方案比另一時空的簡化字保守得多，尤其反對兩種簡化方式。其一是將不同含義的字合併成一個，比如說「里」和「裡」合併，「後」和「後」合併，「曆」和「歷」合併，在現代白話文里，這種合併可能並不影響形成正常的規範，但是在文言裡是行不通的，會產生嚴重的歧義。還有就是那種不管是什麼字都打個叉代替的方式，「漢」變成「漢」，「趙」變成「趙」，「義」變成「義」這種簡化方式王瑾堅決不採用。
另一時空的簡化字能夠推行，是因為有配套的教育體系，以及白話文的普及推廣，而王瑾根本沒有這樣的條件。在以後漫長的歷史時期，會有大量的讀書人是靠自學或傳統的私塾、書院培養出來的，軍學出來的人使用的文字不能和他們差異太大，必須採用常見的異體字或草書字形，只要是讀書人就能一眼就能看出本來是什麼字才行，否則會導致混亂。所以，王瑾只做漸進式的調整。文字是會不斷變化的，但要尊重客觀現實，絕不能在條件不成熟的時候靠行政命令一通胡改亂改。
因為變動不大，所以也沒有太大的阻力，從秦到明，官方文字一直是在不斷演化的，王瑾只是將已經出現的異體字正規化，是很正常的事。但第二點就非常驚世駭俗了，王瑾「發明」了漢語拼音。
另一時空創製漢語拼音的時候，「要走世界文字共同的拼音方向」，王瑾可不會有這種荒唐的想法。他絕不打算用漢語拼音作為文字，而是僅作為注音的工具。所以他也不用考慮「v」在歐洲語言中一般作為輔音的問題，他說是元音就是元音，代替了「ü」。像把「uei」寫成「ui」，把「au」寫成「ao」，把「iou」寫成「iu」，把「uen」寫成「un」這些寫法他也都不採用。
儘管陝北人是闖軍的主力，但王瑾並不打算拿陝北話當官方口言，得考慮往全國推廣的可行性。王瑾設計的漢語拼音標準實際上是以另一時空的京劇道白作為標準的，和明朝的口音當然是有區別的，但還是比較容易被接受的，保留了尖團音區別和入聲。闖軍老兄弟中有大量的河南人，現在又把根據地設在湖南，雖然本地方言與官話區別很大，但當地人學說官話口音類似江漢一帶，倒是正合京劇的「湖廣音，中州韻」。
最重要的是，王瑾的本領就這麼一點，如果沒有京劇做依託，他哪裡有本事自己設計一套拼音方案來。
拼音注音比反切、讀若、直音自然是簡單得多了，王瑾也考慮過北洋時期發布的漢語注音符號，但終究覺得不如拉丁字母簡便。如果將來要向其他國家推廣，拉丁字母的優勢更大。
在數學和各種自然科學上，王瑾也採用了另一時空通行的阿拉伯數字和符號體系，甚至採用了大約翰制定的公制度量衡。王瑾對於自己的水平還是清楚的，如果另創一套以漢字為基礎的體系，難免不錯漏百出。未來中國的科學要發展，必須要和其他國家交流，非要自搞一套符號系統，對交流會有妨礙。
雖然不知道其他穿越者是什麼水平，但至少大約翰和阿賈伊的數學肯定都比王瑾強，一個會造炮，一個會造船，數學不好是不可能的。
好在現在招收的學生不是軍人子弟就是商賈子弟，因為洪承疇和楊嗣昌的大軍仍懸於頭頂，所以官紳們仍在觀望，甚至暗中和明統區的舊關係聯絡。闖軍的學堂到底教什麼，他們也不大關心。等到他們開始關心了，學堂也該成型了。真正最離經叛道的，是自然、社會兩門課中體現的世界觀和歷史觀，這兩門課分別是所有自然科學和人文科學的基礎，不過因為大部分學生家長都不懂，反而不引人注意。
按照王瑾的想法，將來還要在四個省城各設一個五年制的中學堂。開設語文、數學、歷史、地理、法政、經濟、哲學、物理、化學、生物、體育、軍事十二門課程。未來有了爵位制度之後，凡有爵位者之子，皆免試免費入中學，其他人入中學需要考試，軍官子弟免費，余者自費。不過這個眼下還不用多考慮，先把小學堂辦好再說。
今天王瑾要去拜訪郭瑤。郭瑤投降闖軍之後，現在也有四品官身，轉成了文官，不過並沒有那麼多四品的職務給他們，他實際擔任的職務只是六品的廣州府兵官，但待遇還是四品的。
廣州的軍官們經歷了破城之後，基本上都選擇了投降。雖然這些人世代擔任明朝官員，對於明朝還是很有感情的，但在他們看來，闖軍也是他們的同類，只要能維護廣州的和平安定，也沒什麼不能合作的。大明對他們是有恩情的，他們得為大明賣力，但為大明賣命，甚至犧牲家鄉廣州的和平，他們是不肯乾的，除非面對的對手比大明更混帳。
羽鳳麒、馮耀等一批高級軍官雖然都投降了，但都不肯出仕，闖軍還是按相應的品級給他們待遇，發半薪，他們的子孫也都在免費入學的範圍內。這些人顯然是商量好了，領了俸祿之後全都一塊錢也不留，捐到各種善堂和宗教場所去。對於自家子弟上學的事情，他們只作不知。
就像另一時空的黃宗羲那樣，他自己不肯仕清，但兒子還是當了清朝的官。既然參與過抗清的人對於剃髮易服的清朝都是這個態度，那麼在另一時空抗清殉國的人對於曾經和他們是同袍兄弟的闖軍採取這種態度也就不足為奇了。他們對大明朝很忠心，但總不能為了大明朝死全家。真到了不得已的時候，死全家也不是不可以，但那不是為了朱明王朝，而是為了某些更要緊的事物。