為了應對明軍的圍剿，闖軍進行了重新整編，夔東地區的一些部隊也抽調到了湖南。
王瑾、劉宗敏、田見秀三人都被提升為權將軍。王瑾是全軍的副統帥，劉宗敏負責指揮中軍主力，田見秀坐鎮衡州，留守後方。
劉芳亮、袁宗第、谷可成、李過四人則提升為制將軍，分別統率左、右、前、後四營。果毅將軍所轄的隊伍不再稱營，改稱協。每一營下轄四個管轄三個標的協，還有親軍、騎兵、炮兵、工兵、輜重五個標，每個標有千餘人，一營人數約兩萬人。
中營權將軍劉宗敏，左果毅將軍辛思忠，右果毅將軍李友，前果毅將軍黨守素，後果毅將軍吳汝義，親標威武將軍李定國，騎標威武將軍馬昆，炮標威武將軍謝應龍，工標威武將軍丁可澤，輜標威武將軍白旺。
左營制將軍劉芳亮，左果毅將軍馬世耀，右果毅將軍劉汝魁，前果毅將軍劉文炳，後果毅將軍劉文煌，親標威武將軍張洪，騎標威武將軍郝搖旗，炮標威武將軍閻可義，工標威武將軍馬世泰，輜標威武將軍郝尚久。
右營制將軍袁宗第，左果毅將軍白鳩鶴，右果毅將軍劉體純，前果毅將軍黃色俊，後果毅將軍劉弘才，親標威武將軍袁宗道，騎標威武將軍劉體統，炮標威武將軍李復榮，工標威武將軍郝登雲，輜標威武將軍馬雲翔。
前營制將軍谷可成，左果毅將軍謝君友，右果毅將軍田虎，前果毅將軍王文耀，後果毅將軍王光興，親標威武將軍郭君鎮，騎標威武將軍賀宏器，炮標威武將軍張虎山，工標威武將軍李明義，輜標威武將軍孟長庚。
後營制將軍李過，左果毅將軍張能，右果毅將軍馬重僖，前果毅將軍高一功，後果毅將軍賀蘭，親標威武將軍李世威，騎標威武將軍武平孝，炮標威武將軍焦贊，工標威武將軍路應標、輜標威武將軍路應樗。
此外還有李自成的親軍，由張鼐擔任果毅將軍，分為四標。左標威武將軍艾能奇，右標威武將軍李本深，前標威武將軍胡茂禎，後標威武將軍谷元胤。劉希堯因為在武昌之戰的出色表現提拔為水營果毅將軍，水營左標威武將軍由張禮接任，藺養成仍為右標威武將軍，劉文秀為水營參謀。
以上就是闖營的全部野戰兵力，總計十萬八千大軍。各地的衛戍部隊都要維護當地治安，清剿土匪，防止士紳、土司叛亂，不能動用，因此這些人就是闖軍在此次反圍剿戰役中將要投入戰鬥的全部兵力了。
福建的鄭芝龍被直接無視了，鄭家陸戰的實力實在是沒資格被闖軍放在眼裡，如果他們膽敢從陸上進攻，粵東、贛南的幾千衛戍部隊足夠抵擋他們。雲南的部隊也不可能穿越桂西土司地區進攻廣西，同樣可以無視。
因此，闖軍主要將面對四個戰場上的敵人。
第一，江西戰場上的楊嗣昌、解學龍、尚可喜、王之仁、黃斌卿所部，總計兩萬餘人。
第二，湖北東部戰場上的宋一鶴、錢中選、張任學、孫應元、周遇吉所部，總計兩萬餘人。
第三，湖北西部戰場上的洪承疇、左光先、賀虎臣、曹變蛟、馬科、孔全斌所部，總計四萬餘人。
第四，貴州戰場上的吳兆元、秦翼明、閔一麟、尹先民所部，總計萬餘人。
這四個戰場上的明軍加在一起，總數也達十萬，與闖軍基本相當。
李自成判斷，洪承疇的計劃應該是由荊州進兵岳州，與從武昌進攻的宋一鶴會師。守衛岳州的任務交給谷可成的前營和洞庭湖水營。岳州城已經進行了改建，增築了瓮城、防炮坡、銳角台和半月堡，又利用洞庭湖水挖掘了護城河。在岳州城北側，還新建了城陵磯要塞。
闖軍自己進行了兩次軍事演習，沒有想出攻取岳州的辦法。城內儲存的糧食彈藥非常充足，再加上有水營的優勢，就算圍城也不怕。
洪承疇明知道岳州戒備森嚴，卻還是非打不可。如果不把運輸船隊開進湘江，明軍在湖南的後勤就無法保障。就算糧食可以搶，火藥、箭矢可沒辦法補充。
闖軍主力當初從交通條件較差的常德進入湖南，那是因為明軍主力忙著圍攻王瑾，又有本地農民軍接應。如果其他各路明軍能保證按時攻擊闖軍，洪承疇冒一次險從常德進兵也未嘗不可。但作為明軍的指揮官，把希望寄托在友軍的可靠上顯然是愚蠢的行為。
洪承疇向岳州進發之後，李過便率領後營去進攻荊州，與夔東地區的山寨配合，切斷川楚之間的交通。李過打荊州，又讓王瑾聯想到了什麼不吉利的事情。
楊嗣昌交給袁宗第的右營來對付。雙方人數相當，實力差距不大，袁宗第的任務就是穩住戰線，保持對峙。
劉芳亮的左營負責貴州方向，他的兵力相對於吳兆元來說有明顯優勢，故而左營的任務不僅僅是守住湘西，還要攻入貴州，打垮貴州明軍，甚至長期占領貴州的流官地區。進而威脅川南，影響戰役全局。如果在貴州打得不順，那就增援荊州戰場。
李自成和劉宗敏率領中營及親軍駐紮於長沙，隨時準備應對前線戰局的變化。從這裡無論增援岳州還是常德都非常容易，具體向哪裡出擊，還要視洪承疇的動向而定。
本來闖營的部署是以江西為重點，但是經過這段時間的接觸，他們發現尚可喜實非易與之輩，如果進攻南昌，很可能陷入持久戰，故而將重點轉向了湖廣。
經過了在湖南大半年的休整訓練，闖軍的水平有了很大的提高。長時間的訓練和剿匪戰鬥，讓老兵恢復了狀態，新兵得到了鍛鍊，俘虜融入了隊伍，在給養和裝備方面比較充足。除了軍馬缺乏穩定來源，只能以較矮小的廣西馬作為補充之外，闖軍在各個方面都比嘉陵江之戰時的狀態強得多。
在各條戰線上，闖軍衛戍部隊已經與官軍前鋒發生了多次前哨戰，互有勝負。所有人都在等待著號令，隨時準備出陣。
不過，在最終決戰到來之前，衡州城尚有一段難得的平靜時光。