在一片歡呼聲中，李自成回到了衡州。
衡州現在已經成為了整個華南地區的中心。這裡位於長沙、贛州、廣州、桂林四個省會之間的交通要道上，又有現成的桂王府作為辦公地點。再加上這裡被闖軍占領之後從來沒有放棄過，又經過了衡州之戰，人心最穩定，因此作為闖軍的行政中心是最合適的。
李自成也不是沒想過要把根據地放在更穩妥的地方，比如說桂林、梧州、肇慶或者廣州。但是他不願意把根據地放在南嶺以南，那樣的話，偏安的氛圍太過濃厚。
還有一個原因是，嶺南地區除了桂林有靖江王府之外，梧、肇、廣三城都沒有合適的辦公地點，李自成又不想新建帥府，所以只能揀有明朝藩王的城市。
廣州是目前闖軍控制的最大的城市，但是李自成嫌它太過繁華，擔心兄弟們進駐廣州之後消磨鬥志。把王瑾、李過、高一功這仨清心寡欲的聖人放在那裡，李自成還比較放心，至於別人，他可就不太信得過了。帥府還是設在衡州這個中型城市比較好，既有足夠的規模，又不至於讓兄弟們沉湎於享受。而且衡州在湘江之畔，是從兩廣北伐的必經之路，在衡州建政，也可以表明闖軍未來有爭奪天下的意向。
闖軍的地盤擴張得太過迅速，因此引發的問題也層出不窮。十萬大軍看起來很多，然而分散到四省之後，各地兵力都顯得不足，官吏隊伍更是捉襟見肘。在兩廣和江西的很多地方，根本來不及對投降的官紳胥吏進行仔細甄別，只能除了幾個惡名昭彰的之外都一股腦地接收下來，以後再慢慢調查，這無疑會留下非常大的隱患。
在兩廣，除了一些原有社會秩序被摧毀的受災地區之外，田兵組織的發展幾乎停頓了，因為實在是沒有那麼多人去組織老百姓。在井岡山一隅之地行之有效的政策，在如此廣大的區域推廣可就水土不服了。王瑾是田兵制度的「發明」者，但也是他最先提出田兵的推廣要緩之又緩。
一稅四租的政策還是要推廣的，闖軍現在政權建設的首要任務是整頓稅吏隊伍，終止明朝的加派之害。朝廷的徵稅額度並不要緊，關鍵是徵稅過程中官吏和包稅人對百姓的侵害。至於地租的額度，沒有田兵組織，很難保證是否執行下去。因此闖軍暫時先採用「三年不退佃」的方式，三年之內，官府不受理退佃的糾紛。至於三年後怎麼樣，到時候再說吧。
但是，因為闖軍的到來，很多原本就在進行抗租運動的農民，和贛南的農民一樣，自發建立了自己的田兵組織。參加者基本上都是原本在宗族中地位低下的人，成為了又一支重要力量。
在政治和經濟上，新政權的建立十分艱難，但是在軍事上，闖軍高歌猛進的速度實在驚人。新年剛過，王瑾和劉宗敏便對兩廣的殘餘明軍發動了攻擊。
嶺南的初春對於闖軍來說是十分宜人的氣候，既沒有像北方那樣的酷寒，又沒有惱人的雨水。這對於闖軍的行軍、運輸和健康來說，都十分有利。
在廣西，陳邦傅的軍隊根本不堪一擊。而且劉宗敏只是因過去殺良冒功之罪不許陳邦傅本人投降，又沒不許陳邦傅的部下投降。不到一個月的時間，陳部便全部瓦解。陳邦傅本人失蹤，不知死活。
廣西所有流官地區全部被闖軍占領，至於土司控制區，只要他們不與闖軍為敵，就暫時保持現狀。可以不公開承認闖軍，但是要互派使者，允許商人往來。
廣東因為財政更寬裕，所以軍隊更多一些，目前王瑾部面對的對手除了肇慶的陳謙之外，還有惠州參將嚴遵誥、潮州參將童以振、雷廉參將趙千駟、瓊崖參將湯允文、東山參將何吾嶷、西山參將朱家臣、海防參將黎延慶，一共七個參將。但是這七位實在沒有一個能打的，都是在歷史上被李成棟甚至閻可義碾壓的。
黎延慶的兵都是水師，陸戰能力不如土匪，海戰能力其實也不如海賊，廣州一失守他就降了。李過、田虎、馬重僖三營進軍肇慶，劉芳亮也從背後夾擊，陳謙眼見不敵，竟棄軍私逃，下落不明，全軍數千之眾除逃散者外都做了俘虜。緊接著，已經在和瑤民的戰鬥中傷亡不少的東山參將何吾嶷所部也獻出羅定州投降。
西山參將朱家臣正應了他的名字，是朱明的死忠，但他拗不過軍心。軍無戰心，下級軍官和士兵都不想和闖軍拼命，他也沒有辦法。最終他只能棄軍逃入了深山，落髮為僧。
趙千駟直接投降了，他的轄區在粵西一角，陳邦傅一完蛋，他無路可走，要麼投降，要麼去投奔越南。如果對手是大清，他倒是真的有可能這麼選，畢竟越南人和大明用的是一樣的衣冠，一樣的文字。不過既然來的是闖軍，那就不存在這個問題了。
嚴遵誥試圖抵抗，但惠州離廣州太近，還有水路連通，何況他軍隊的駐地都集中在惠州府北部，難以增援府城，實在沒法守。要撤到潮州去，童以振又不歡迎他。嚴遵誥逃跑至興寧縣，兵馬逃散大半，思來想去還是投降了。
闖軍既不是北方的韃子，也不是海外的洋夷，他們採用的制度雖然自成體系，但也脫胎於大明。明朝的舊軍人在這個體系有容身之地，既不會被當成階級敵人排斥出政權，又不用剃髮易服。既然如此，那就沒什麼不能談的了。
童以振因為背靠福建，所以還有一些膽氣，和高一功、王文耀在揭陽縣打了一仗，兵馬折去大半。高一功派嚴遵誥勸降，童以振無奈，只得獻出潮州府城降闖。
最後只剩下控制瓊州府的湯允文了，瓊州海峽的阻隔給了他一定的安全感。然而這道海峽還是不夠寬，而且湯允文部水師的戰鬥力也稱不上多強。闖軍集中了其他投降的廣東水師的船隻，再加上徵調民船，很快就湊起了足夠運送一營闖軍過江的船隻。馬重僖部帶頭橫渡，闖軍剛一登岸，湯允文就知道打不贏了。
他本想跑路去福建，但又想到自己和鄭芝龍沒什麼交情，而且對於自己的破船的遠程航行能力信不過，走近海，怕被闖軍截住，走外海，又容易出事故。思來想去，還是直接投降最安全。
嚴遵誥、童以振、趙千駟都授予副果毅將軍將軍之職，四品級別，作為闖軍各營主將的副手隨在軍中。何吾嶷有鑄炮的經驗，改任廣東工官，湯允文、黎延慶去參與水師籌備。投降的明軍分為三部分，老弱直接裁汰，精壯打散補充進闖軍野戰部隊，其餘一般的士兵與闖軍老兄弟混編之後作為地方衛戍部隊。
各地士紳的抵抗頗多，但是和自殺無甚區別。這些人根本不了解闖軍的實力，貿然帶著鄉勇沒頭沒腦地反抗，都被輕易剿滅了。但肯定也會有不少乖覺之人潛伏下來。鑑於另一時空的教訓，王瑾在防叛亂問題上花了大力氣，但究竟成效如何，也只能靠時間來檢驗了。