闖軍對官僚體系的設計，與明朝具有極大的不同。
目前闖軍不組建中央政府，只組建省政府，計劃設立湖南、江西、廣東、廣西四個省，目前只組建湖南一省的省政府。
明朝的省一級機構主要是承宣布政使司、提刑按察使司、都指揮使司三部分。湖南在明朝未設省，所以也沒有三司衙門，不過也有一些三司的派出機構。
主管軍事的都指揮使司的工作完全由闖軍內部的管理部門承擔，原本的衛所全部裁撤，衛所管轄的土地改由縣裡管轄，衛所的兵丁除了招入闖軍野戰部隊和衛戍部隊的之外，都直接轉為農戶。
這種變革如果由明朝的官府來辦，是根本不可能實現的，因為他們對抗不了衛所軍官的強大阻力。讓清朝來辦，也很難，另一時空一直到雍正年間才把衛所裁乾淨，因為綠營將領中有很大一部分來自衛所軍官，貿然裁撤衛所會把衛所兵逼到南明一邊。
讓闖軍來做，事情就簡單得多了。九邊的衛所不好動，那裡的將門世家根深蒂固，可湖南就不同了，衛所兵的戰鬥力等同於甚至還不如民兵，衛所軍官的實力非常有限，與一般的豪紳地主無異。而且也只有農民軍，可以組織衛所的士兵去攻擊軍官，而不威脅自身的統治。
雖然裁撤衛所的過程中還是發生了不少兵變，但闖軍有絕對優勢的武力做依託，對於衛所兵還有格外的優待條件。理論上來說，衛所的土地都是國家的，但實際上，衛所兵都是這些土地上的佃戶。藩王、豪紳土地上的佃戶，闖軍都是把他們變成自己的佃戶，衛所兵丁則不同，他們畢竟還有兵的身份，加入闖軍是起義投誠。因此在闖軍的裁撤方案是將衛所的土地分給他們，讓他們變成自耕農。
衛所軍官中那些平素無甚劣跡、未被殺死的，如果他們是私占官田之後用長工種地，那就承認現狀，使其變成富農。如果是用佃戶耕種，不參與生產的，則將土地分給佃戶，這些佃戶一般也都是衛所中的同袍。這些軍官分調到江西和兩廣，讀過書的轉為文職，沒讀過書的編入衛戍部隊。因此，普通士兵對裁撤衛所的牴觸情緒不太強，大體來說還比較順利。
原本衛所還需要地方協餉，李自成和王瑾都擔心改農戶之後沒有協餉，會不會導致衛所兵生活水平下降。但是實際執行的時候發現，影響並不大，這些協餉本來士兵也吃不到，反而是士兵還要上繳他們的剩餘產品。
布政使司和按察使司的職能全部併入新成立的巡撫衙門。省、府、縣三級都是主官之下分設吏、戶、禮、兵、刑、工六科。原本明朝的所有機構，全部簡化到這六科之內。
這種安排不見得合理，但是闖軍的政權剛剛建立，人才匱乏，只能一切從簡。而且還有非常吃人力的田兵制度，那是個無底洞，有再多的幹部也不可能全面完善，只能邊走邊看。
省級主官稱巡撫，府級稱知府，縣級稱知縣。主管六科的官員則分別叫作吏官、戶官、禮官、兵官、刑官、工官，省、府、縣三級都是一樣，簡單粗暴，一目了然，只有六科之下具體的鹽課、僧道等部門的主管官員才有專門的稱呼。
闖軍也有品級制度，但是取消了正從之分。軍隊中，制將軍為三品，果毅將軍為四品，威武將軍為五品，都尉為六品，掌旅為七品，部總為八品，哨總為九品。各縣的掌旅、各府的威武將軍都與當地的知縣、知府平級。
文官中，巡撫為三品，省級六科官為四品，知府為五品，府級六科官為六品，知縣為七品，縣級六科官為八品，六科下各部門的主官為九品。九品官直接領導普通的吏員。
此時闖軍的收入還是以實物稅為主，因此官員的月俸也按明朝舊例用米計算。三品官四十石，四品官三十五石，五品官三十石，六品官二十五石，七品官二十石，八品官十五石，九品官十石，未入流吏員五石。從帳面數據來看，比明朝略多一些。
對於一個三品的巡撫來說，月俸從明朝的三十五石漲到現在的四十石沒什麼差別。但是對於普通的吏員來說，這就是天翻地覆的差別了。一個月五石米，是明朝一個從九品巡檢的俸祿，足夠他們一家老小過上中等人家的生活。
闖軍不可能接收明朝的所有胥吏，破城的時候清算罪行殺了一批，自己嚇得不敢來上班的又有一批，清理空額註銷了一批，清查手腳不乾淨的開除了一批。這樣折騰下來，很多地方的胥吏十去其八。剩下的那些加上每縣駐紮的一二百闖軍士兵，堪堪夠維持縣政的勉強運轉。
好在有三年免徵的政策作為緩衝，把征糧這一最重要的工作緩了三年，各縣有足夠的時間恢復縣衙的正常工作。至於重新丈量土地、厘定賦稅的工作，由巡撫衙門派出的測量隊負責，不用縣裡管。縣衙門只要維持現狀、保證社會治安就好。
至於官員的人選，主要有五個來源。
第一，闖軍文書隊的成員、識字的退伍軍人。這些人是最可靠的力量，那些要津位置都由他們擔任。郭汝磐出任湖南巡撫，各府縣的幾乎兵官全部是轉業的闖軍。
闖軍的教育水平也只能說一般，靠王瑾和一群他搜羅來的師爺胥吏，就想教育出合格的官員來，那是不可能的。但是，明朝那些靠科舉考上來的官，根本沒學過錢糧、刑名，還不是一樣能當官。科舉考試選拔出來的都是學習能力強的人，但是他們在實用技能和基層經驗方面趕不上闖軍中的讀書人。闖軍自己培養出的這些人，做起官來並不會比明朝的讀書人差。
第二，投降的明朝官員。在湖南之役中，明朝的官員死的死逃的逃，不過還是有相當一部分人選擇了投降，這些人中除了罪大惡極必須處決的之外，一律官升一級。現在是急需用人的時候，只要是沒有血債的人，不用要求那麼多，投降就升官，投降的明朝官員越多，闖軍兄弟就死得越少，這筆帳大家都算得明白。