「撫台大人，這潼關的景象真是悽慘啊，闖賊將全城燒得片瓦無存，連城牆都拆毀了。南邊的山裡，足有四五千座新墳。」一名軍官向孫傳庭匯報導。孫傳庭說：「我還一直奇怪，潼關衛原本直轄於中軍都督府，卻突然劃歸陝西都司，由我管轄。原來如此，是因為已經被拆平了，才把爛攤子扔給我了。」
去年秋天孫傳庭復出之後，很得崇禎信用，很快就升到了順天府丞。今年三月時，陝西巡撫甘學闊在去年沒堵住高汝利和郭汝磐，導致他們到韓城和李自成會合，還編假戰報糊弄朝廷的事情被拆穿了，於是他也被罷了官。
甘學闊實在不是打仗這塊料，就連郭汝磐這種二流反王，他也連打一打的勇氣都沒有。而且他籌措軍餉太不講方法，得罪了很多人。明末農民戰爭爆發至今，陝西已經換了七個巡撫，沒有一個有好下場，都是灰溜溜地滾蛋了，陝西巡撫一職雖然顯赫，卻成了燙手的山芋，沒人肯接了。此時執掌吏部的是謝升，此人性情傲慢，孫傳庭這種脾氣，和他處得來才見鬼呢。謝升有心要坑孫傳庭，打算推薦他擔任陝西巡撫，沒想到孫傳庭一點都不怵這個，反倒蹦著高地主動要去陝西。
但是便殿召對時，孫傳庭便和崇禎鬧了個不愉快。孫傳庭提出秦軍主力集中在邊鎮，但流寇最活躍的地方是關中，這就使得陝西巡撫手上的兵力與承受的壓力嚴重不符。崇禎咬著牙給了孫傳庭每年六萬兩銀子的經費，剩下的就讓孫傳庭自己想辦法了。陝西的缺餉實在是嚴重，崇禎也不得不放開口子，允許孫傳庭自己籌錢。
孫傳庭組建了一支三千人的撫標，每年六萬兩銀子，只夠他們的軍餉而已，要出兵打仗，必須另有經費。何況只有三千人的話，也起不到什麼作用。理論上來說，西安、漢中、潼關等地的各衛所的兵丁應該有三萬多人，但實際上除了少數軍官的家丁之外根本不能作戰。
經過了和洪承疇的一番討價還價，孫傳庭又湊了些正經的營兵，王根子部二百人，趙大胤部七百人，解文英部六百人，王國棟部六百人，李國政部一千四百人，咸陽參將尤捷、都司賀英、守備馬虎三部一共八百人。原本韓郃參將王永祥的兵馬也要劃到孫傳庭麾下，但是他在高汝利和郭汝磐到韓城時被順手殲滅了。洪承疇原本答應再調兩千甘肅兵給孫傳庭，然而有情報顯示，賀蘭部近期在青海活動頻繁，此事只好作罷。
各部都有些缺額，加在一起，孫傳庭一共有大約七千人的兵力，不過兵馬分散在各地，孫傳庭真正能隨時出動的機動兵力依然只有三千標營。為了讓這七千人保證戰鬥力，每年需要三四十萬兩銀子，崇禎給的那點錢是杯水車薪。陝西本地的財政經過連年的荒旱和戰亂，已經嚴重縮水，從百姓身上敲骨吸髓剝下來的那點錢，首先要供養秦王、瑞王、韓王、慶王、肅王五藩的宗室，其次要提供延綏、固原、寧夏、甘肅四大軍鎮的軍餉，最後再加上大小官吏的好處，實在不剩什麼了。
再壓榨老百姓，流寇就更多了，想勸士紳出錢，他孫傳庭也沒這麼大的面子，從京城到潼關的這一路上，孫傳庭一直在思索到底從哪裡搞錢。來到潼關之後，見到潼關衛的組織機構已經被王瑾徹底摧毀，有貪蠹之名的軍官幾乎被殺得一乾二淨，孫傳庭一方面因為了解了王瑾處置瘟疫的情形，心中對闖軍的提防度連升三級，另一方面倒覺得，這是一個好機會。
明朝的衛所屯田制度已經敗壞到了極點，孫傳庭自己祖上就是軍戶出身，對此再清楚不過。很多軍官世家的子弟都像孫傳庭一樣參加科舉成為士紳，由此形成了一股文武結合的龐大勢力。這些豪強侵占衛所的軍屯田地，拿士兵當成農奴，這樣一來，本來應該用於養兵的軍屯收入都流入了軍官、豪紳的腰包，衛所軍變得毫無戰鬥力。
所以孫傳庭的思路就是：對於衛所的軍屯進行徹底的清查，默認占田的現狀，不再直接讓衛所兵服役，就把他們當成地主和農民，按照田畝和丁口徵收錢糧草料，然後用這些錢糧招募沒有足夠土地的衛所余丁作為營兵，重新訓練成職業僱傭兵。
孫傳庭的思路是很正確的，嚴格來說，清軍入關之後廢衛所，行綠營，其實就是洪承疇學習了孫傳庭的辦法再教給他們的。這種政策雖然妨礙了軍官、士紳的利益，讓他們出錢，但畢竟默認了他們占田是合法的，沒有刨他們的根，是一種烈度較低的漸進式改革。目的是為了籌措圍剿各路反王的軍費，也預防兵變，以免大家同歸於盡，符合曆朝歷代封建王朝改革的一貫思路。用一句這個時代沒有的話來說，是符合地主階級的根本利益的。
然而，這件事由大清的三邊總督孟喬芳來辦就辦得成，由孫傳庭來辦就辦不成。當然不是因為孟喬芳的能力比孫傳庭強，而是因為孟喬芳是漢軍旗人，一般的漢官拿他一點辦法都沒有，再加上八旗兵的武力後盾，孟喬芳除了反清義軍之外誰都不用怕。那些背叛了李自成的陝西軍官、士紳，為了防止闖軍打回來找他們算帳，也只能和大清一條心。縱然清查軍屯之後他們得出一些錢，總比李過、高一功、劉體純、袁宗第、郝搖旗等人打回來之後拿他們當漢奸處置，均他們的田要強。
而孫傳庭只是個空降來的巡撫，帶著六萬軍餉和三千新兵，隨便哪個言官都能彈劾他。以他的實力，向這個自己出身的階層開炮，想從豪強嘴裡摳出錢來，就算短時間內能取得成效，也註定是不能長久的，孫傳庭這樣辦事，勢必遭人嫉恨，被各路官紳群起而攻之。
相比之下，洪承疇就「聰明」得多，他不是不知道軍屯裡有很大的問題，可他知道這裡面涉及的利益攸關方太多，不是輕易動得了的，因此，他寧肯對此視而不見。他是個「識時務」的人，在自己的能力範圍內，會儘可能地努力為自己的主君工作，但凡是可能惹禍上身的事，他一件也不會做。就算這樣會導致他效力的王朝滅亡，他也並不在乎，反正不管怎麼改朝換代，總得有人去鎮壓那幫刁民，總有用得著他洪承疇的地方。
當一個階層集體短視，採用飲鴆止渴的方式瘋狂聚斂時，你作為這個階層的一員，偏偏頭腦清醒，甚至還想拉著整個階層捨棄短期利益，追求長遠利益，縱然你打心眼裡還是要捍衛本階層的利益，希望大家生存得更好，你還是會被當成叛徒，好一點的話，也是個狂人。
昔有一國，國有一水，號曰「狂泉」。國人飲此水，無一不狂，唯國君穿井而汲，故無恙。國人既狂，反謂國君之不狂為狂。於是聚謀，共執國君，療其狂疾。針藥莫不畢具。國主不勝其苦，遂至狂泉所酌而飲之。於是君臣大小，其狂若一，國人乃歡然。
既然孫傳庭已經做了「狂人」，又不肯像那個國王一樣接受治療，他的下場也就可以預見了。