大家做出這樣的決定並沒有經過多少思考，李自成和王瑾一貫是對的，所以他們這次就是對的。所有主要頭領，除王瑾外全都跟著主力西撤，留下賀宏器、馬世泰、郝搖旗、賀蘭、路應樗、武平孝六人，分別指揮六座城門的攻擊。
前幾天投降的降卒打頭陣，在「投降不殺」的喊叫聲中，闖軍開始了攻城。在此之前，闖軍還從未攻擊過如此防衛森嚴的要塞，然而，這一仗卻打得前所未有地輕鬆。儘管闖軍的兵力只有官軍的三分之一，可官軍沒有一點鬥志，有兩座城門直接大敞大開，放闖軍入城。
只有尤世威、劉肇基等人的家丁試圖抵抗，這些人吃得更好，居住條件更寬敞衛生，因為酒的配給更多，對於被污染的水源也接觸得較少，受瘟疫的影響沒有一般的營兵和衛所兵那麼大。然而，一萬官兵抵抗三千闖軍輕而易舉，千八百個家丁想要抵抗三千闖軍，終歸是無用。
王瑾留下的這三千人中有很多遼人，在和曹文詔、尤世祿、左良玉等部的交戰中，闖軍俘虜過不少遼人，因為此次戰鬥中要對付的官軍主要是遼兵，所以王瑾也儘量讓自己的同鄉多留下，免得有人多說閒話。
因為火藥和弓箭都不能用，家丁們的戰鬥力也不怎麼樣，遼東話、河南話、關中話、陝北話的勸降聲此起彼伏，闖軍又帶著乾燥的火藥入城，將繳獲的火炮拖過來準備炮擊。
羅岱的家丁隊長謝應龍第一個投降了，他是玩炮玩得最好的，所以也最清楚挨炮轟的後果，他手下的兄弟全是火器手，近戰能力非常弱，現在沒有火藥，不投降就只能等死。
徐來朝在戰鬥中被打死，尤世威的兵馬潰散，他堅持不降，自刎而死。劉肇基的指揮部遭到炮擊，房屋垮塌，把他砸昏過去，要不是王瑾和當了俘虜的劉肇基的家丁們堅持要尋找他，將他刨了出來，他差一點就要在闖軍燒城時被燒死。只有羅岱是陝西人，又久在河南任職，熟悉潼關地形，率領少數親兵縋城而出，逃之夭夭。
闖軍共俘虜了官軍兵將近八千人，再加上城內家屬、百姓，共計兩萬九千餘人。按照原定計劃，全部押入城南的山寨隔離。王瑾原本有讓俘虜強制洗澡滅虱的打算，但春天的溫度不算高，沒有足夠的燃料和保暖設備，俘虜洗澡受寒，反而更容易得病，再加上水源不足，挑水洗澡得把人累死，下河洗澡河水又沒法喝了，所以只好作罷。
在一些歷史時期，有一些民族的文化比較排斥洗澡，認為會導致疾病，不是完全沒有道理。假如保暖措施不行，洗完澡被冷風一吹，那不是沒病找病嗎。一群人聚在公共澡堂里洗澡，共泡一池水，也很容易傳染疾病。最初制定這些措施的人，其實是有智慧的，然而被後世一群二百五弄成了宗教教條，就變了味了。
潼關城內的物資，闖軍只帶走武器、金銀細軟和尚未浸水的糧食，趁著這幾日天晴，都拿到太陽底下暴曬。其餘城內的所有建築和物品全部縱火焚毀，在放火之前，還填埋了所有水井和糞坑。
王瑾自己都覺得有些小心過甚，但和瘟疫的威脅相比，多燒幾間房子也算不得什麼。在這種時候，過分小心總比沒頭沒腦地送死強。他下令再建兩個營寨，一個是俘虜用的，一個是自己的兄弟用的，都是給病癒的人準備的住所。
崇禎九年四月二十六日。
王瑾長出了一口氣，患病區和隔離區終於清空了。他一直擔心會發現鼠疫、霍亂等更可怕的傳染病，但還好沒有。傷寒和感冒都是來得快去得快，挺得過去就痊癒了，挺不過去也就死了。
在最艱難的時候，闖軍兄弟病倒了數百人，畢竟他們裹在臉上的只是普通的棉布麻布，和後世的醫用口罩天差地遠。郝搖旗和賀蘭也染上了感冒，好在都很快痊癒了。這次的疫情以本時空的標準似乎也並不如何厲害，闖軍士兵免疫力都不錯，否則根本活不到成年，再加上對衛生比較用心，最終只病亡了一百零四人。對於整日和死亡打交道的闖軍來說，這個數字很正常，平時軍中也總有人病亡，大家早就習慣了。
被俘的官軍病死了大約一千人，老幼婦孺死亡三千餘人，焚燒屍體的濃煙日日不絕。再加上闖軍攻城前病死的和攻城中被殺、逃散的，整個潼關一下子少了將近兩成的人口，但是與真正瘟疫大流行時那種闔村死、闔鎮死、闔城死的慘狀相比，又不算什麼了。
「我叫王瑾，就是你們常說的『活閻王』。從山海關來的兄弟或許有認得我的，當初你們的總兵官還是宋緯時，我們在一個鍋里攪過馬勺。再早的寧遠之戰，寧錦之戰，我也都參與過。這些天我還找到不少熟人。羅勇剛，西平堡之戰時，你是羅協台的親兵，那會兒我還是個新兵蛋子，逃難的路上見過你。何大虎，寧遠之戰的時候你才當兵沒幾天，負責拿醋擦炮，差點把手燙熟了，現在你也指揮一個炮組了。當時我是祖鎮台麾下的夜不收，砍了個真虜首級回來，還挺出風頭，說不定有人記得我。」
「我們在這山里躲了兩個月，病也養好了，糧食也吃沒了，也就該挪窩了。我知道，你們中的好些人有老婆孩子，有家的鳥兒拴不住，硬留下也不是一條心，沒勁。想走的，帶著自己的隨身衣物和乾糧，愛上哪上哪去。願意入伙的，以後就是兄弟了，闖營的規矩如何，你們也已經知道了，不用我多廢話。」
「大家都是當兵的，就算沒參加過兵變，也見識過兵變，自來兵變哪有死拼到底的，大家最後還是得和，若沒有家室，在哪當兵還不是一樣。尤鎮台沒了，劉協台也得丟官回家，你們想想，回去了就能有好日子過？」王瑾故意把農民起義和兵變混為一談了，而且官軍俘虜們想的「和」是受招安，再回去當官軍，這是大部分兵變的通常結果，王瑾想的「和」卻是另一種完全不同是方式。
「鼎維兄，我就送到這裡了。」王瑾拱了拱手。劉肇基還禮道：「承蒙頭領不殺之恩，末將今生是無面目再與闖營敵對了，便如頭領所說，這官也鐵定是丟了，末將這便回贛榆老家去讀書務農，再也不問軍政之事了。」
被俘的關寧軍軍官基本都想走，他們在遼西有家眷，甚至有土地，自然不肯當流寇，普通士兵也有不少還是想回家，不過，那些沒有家眷的士兵大批加入了闖軍。潼關衛的軍戶自然大部分都選擇留下，但不少家庭人口多、田地少，闖軍燒城又壞了不少人的生計，因此也有相當一部分人想靠當闖軍混口飯吃。不久之前，王瑾帶人打破了華陰縣城和華州州城，有一些投降的官兵參戰，戰利品頗多，雖然金銀絲帛不能分給士兵，但這種衝進財主家裡殺豬、吃米麵的生活還是挺讓他們滿意的。至於以後還有苦日子的事，現在也不必去提。
最終，闖軍收編的士兵有三千八百餘人，這個數字正好，因為這些人得馬上武裝起來，投入和官軍的戰鬥之戰。再多的話，王瑾手下只有不到三千闖軍老兄弟，未必控制得住他們。
望著劉肇基等人遠去的背影，王瑾嘆了口氣，但願在這個時空，劉肇基再也沒有重新出山的機會了。