李過部同時遭到岸上曹軍的攻擊和水上船隻的射擊，抵擋不住，只得暫時後撤。但曹變蛟卻並沒有選擇趁此機會擴大戰果，而是下令撤退。
隨著時間的推移，曹軍兵力不足的問題便突出了，士兵的體力是有限的，如果沒有足夠的預備隊來輪換，就無法長時間地作戰。闖軍有足夠多的預備隊，但曹變蛟從陝西帶來的營兵只有兩千人，山西本地部隊則難以頂住闖軍。起初曹鎮老兵們體力充沛，可以壓著闖軍猛打，但一旦他們的體力被消耗，曹變蛟沒有那麼多人手可以接替他們。
官軍從一開始就把希望寄托在用一波最猛烈的攻擊直接打垮闖軍的防禦上，從來沒打算把這場戰鬥打成持久戰。既然三板斧掄完了還沒能收拾掉闖軍，那就該撤退了，死拼下去只是徒然損耗兵力。
曹變蛟和孫守法都在退卻，官軍此時戰力尚強，又有船上小型火炮的火力掩護，雖然闖軍盡力攻擊，但始終打不垮官軍的斷後部隊。李自成下令主力停止追擊，只派小股兵馬襲擾官軍。曹變蛟穩紮穩打，緩步後撤，直到天黑才退回霍州。
闖軍戰死了約九百人，曹鎮戰死七百餘人，另有一百多人被俘。但是曹鎮老兵的損失並不大，還不到一成。被官軍強征來的民夫在混亂中被打死數百人，大部逃散，還有六七百人被闖軍俘虜。經過了一冬的整訓，闖軍的實力有所提高，而曹鎮又用了太多的雜牌部隊，所以傷亡數字比石樓山之戰時接近了許多。
抓住的幾百俘虜全是山西本地的百姓或鄉勇，所以除了幾十個主動想入伙的之外，李自成直接讓其他的人統統滾蛋。就算把他們都拉出去砍了，曹變蛟也一點都不會心疼，隨便到哪又能再抓一兩千炮灰，殺之無益。
李自成環顧戰場，今天又斷送了兩千多條人命，陰地關前屍體橫陳，黃土浸血。李自成的衛隊傷亡了一半，有二十多人戰死。看著這些與自己朝夕相伴的人被一個個抬下去，縱然是見慣了死亡的李自成，心裡也很不是滋味。這些人都是在他的命令之下赴死的，很可能因為他某方面的能力不足、某個命令的錯誤就白白犧牲。
然而如果李自成撂挑子不干，死人只會更多，所以李自成也就是稍微這麼一想，便立刻去干自己該幹的事了。
陰地關之戰並沒有達到預期的效果，雖然挫傷了官軍的銳氣，可是並沒有給官軍的主力造成沉重打擊。曹鎮實力仍在，闖軍依舊無法在汾河谷地分散打糧，那麼糧食危機就無法解決。
但闖軍經過陰地關之戰後，現在只能出動不足一萬人的兵力，要強攻曹鎮據守的霍州，也是力有未逮。
無奈之下，闖軍只得選擇分兵，李自成帶著劉宗敏、李過、谷可成、劉芳亮四隊留在陰地關防守，田見秀、趙勝、李文江、袁宗第四隊兵分四路進入靈石縣境內打糧。官軍出動要給足賞銀，連續作戰的能力不強，一般來說，打了一場消耗較大的戰鬥之後都得休整一段時間，何況征船、裝護板、抓民夫這些工作也都需要時間，李自成他們五千兵馬守住陰地關還是能辦到的。
陰地關旁又添了一片墳墓，為防官兵盜掘屍體梟首領賞，闖軍埋葬己方死者的地點都很隱蔽，也不立任何標誌，連墳包都沒有。官兵的屍體就簡單得多了，在路邊隨便刨坑一埋就行。李自成率眾將祭奠了死者，他們的犧牲讓曹鎮至少半個月不能行動，而這半個月內，闖軍打土豪所得的糧食能供給軍需約兩個月。
造反的日子，就是這樣不斷用一部分人的死延長另一部分人的一點壽命。
李自成帶著眾將祭拜已畢，對身旁的田見秀說：「該讓王瑾回來了。」
此時的王瑾，正在山東忙著撿漏。王瑾最熟悉的關寧軍要六月份才會入關，他撿漏的對象主要是三支部隊：陳洪範的昌平兵、鄧玘的遵化兵和劉澤清的山東兵。
到了南明時期有「活秦檜」之稱的陳洪範，從昌平帶著三千兵馬前去支援登州。陳洪範為了求官到處鑽營，花錢無數，當然得靠喝兵血來補虧空，昌平兵的待遇在各路援剿兵馬中堪稱最差，不斷有人開小差逃走。
王瑾派出探騎，把很多逃兵都收攏了過來。如果碰上官兵在搶劫百姓，犯了人命的就地處決，沒犯人命的逮捕收編。
高傑和辛思忠還以為昌平兵是給皇帝守陵的精兵，應該不好招降，沒想到竟然出奇地簡單。只消喊一聲：「兄弟，我們是原山裡的寨主，來入伙嗎？」輕輕鬆鬆就能喊來十幾個人，這些逃兵問一問闖軍現在吃什麼，就喜滋滋地入伙了。
自遼事爆發以來，昌平兵累次被徵調上陣，損失很大，但待遇卻不見提高。此次出兵，陳洪範為了減少開支格外「儉省」，連馬匹都不帶，拿士兵當牲口用，吃的食物也粗劣不堪，是以士兵紛紛逃亡。
這些士兵雖然是營兵，但也多為衛所的子弟應募入伍，逃回家的話會牽累家人，就算沒人追究，家裡人口太多，田地太少，也養不活他們。窮成這樣，自然娶不起老婆，沒有孩子，大家對於落草都沒什麼心理壓力。
最近闖營的糧食補給比較充足，所以王瑾把供給標準提高到了早晚各一頓雜糧乾飯。官軍逃兵們對此感到非常滿意，陳洪範只給他們喝粥，粥里還有谷糠。甚至有人主動跑回去，把自己親厚的弟兄拉過來。
剛收容的官軍的吃相頗令闖軍士兵震驚，這些逃兵在脫離了軍隊之後，只能靠偷雞摸狗來維生，一個個都餓得脫相了。理論上來說，他們可以搶劫，但是靠近大路的大型村莊都有鄉勇守衛，看見潰兵就放銃放箭，沒有鄉勇的小村莊都在偏僻地方，這些逃兵又不認路，很難招待。所以，很多人被闖軍收容時的尊容與饑民沒什麼兩樣。王瑾對這樣的狀態並不陌生，當年他從北京一路逃亡陝西時的模樣還不如這些人呢。