宇智波離生來便是查克拉絕緣體，無法成為忍者。然而，世間之事禍福相依。千年之前，天外之人大筒木一族入侵，星球上的本土實力慘敗，查克拉滲透了整個世界。不得不隱藏在世界邊緣的妖怪卻發現了無法被查克拉侵染的他。宇智波離前往妖怪秘地，與世隔絕的「大江山」，得以知曉隱藏在歷史中的真相，獲得上古陰陽師的傳承，接下守護星球的使命。然而，就在他學成歸來之際，卻發現木葉宇智波一族只剩佐助一人。馭妖鬼，掌黃泉，率眾生，向入侵者大筒木一族發起反攻。