朱由崧並沒有因為馬士英等人的解釋而放鬆了面部表情：「卿等說不是，就不是了？君子論跡不論心，朕看來，你們的提議就是要虛君實相，置朕與後繼天子垂拱而治！」
這話就更嚴重了，馬士英、孫傳庭、張國維都摘下官帽，俯首道：「陛下見疑，臣等也不敢爭辯，請陛下准予臣等致仕！」
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朱由崧冷冷的說道：「卿等只會辭官的手段嗎？也對，夫子不是說『道不行，乘桴浮於海，從我者其由與』嘛，正好證明了朕是昏君暴君嘛！」
正反話都被朱由崧說了，馬士英等人無言以對，只能再次叩首道：「臣等不敢，雷霆雨露具是君恩！」
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朱由崧看著趴在那的幾人沉默了一會，這才說道：「帶上官帽、起來說話！」
馬士英等人起身後，朱由崧言道：「先說總督和巡撫的事，巡撫，朕認為應該偏向民政，於軍務上行監督權便是了，不應該染指各道兵馬的指揮權。」
關於巡撫、兵備使與各道總兵的關係，朱由崧已經跟孫傳庭說過了，孫傳庭也把朱由崧的意思傳達給了軍機處眾人，因此大家都理解朱由崧的用意，而且各道駐軍其實都是鎮戍兵馬，大多數情況下是不可能離開防區的，所以，巡撫不直接指揮各道總兵、副總兵，問題還不是很大，相比巡撫是不是指揮總兵和副總兵，真正要令人注意的是誰來制約各地京營守備的兵權。
所以，孫傳庭第一個表態道：「臣以為陛下說的有道理！」
張國維也是當個兵部尚書和經略的，知道文臣領兵的弊端，所以也附和道：「臣附議！」
馬士英因為是靠著手中的兵權才有擁立之功的，所以他也知道朱由崧對此的忌諱，便在孫、張之後，表態道：「臣同意，巡撫不直接領兵，有事當移文總兵官、副總兵官。」
王燦成沒有立刻表態，只是問道：「陛下，總督又如何說法！」
朱由崧看了王燦成一眼，然後用不快的語速說道：「總督更偏向軍政方面，是兵部在邊防前線及鎮壓內亂前線的代表，本身也不應該直接指揮各部，而是主要起協調作用，確保對邊防各軍的監督、保障。」
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總督的職責除了監督邊軍各部外，更多的是協調工作，即協調邊軍與中樞的關係、邊軍與周邊各道的關係、邊軍與邊軍之間的關係，必要時還要協調邊軍與京營或內地援軍之間的關係。
王燦成在朱由崧說完後，開口道：「陛下，若總督只是協調的話，一旦有事，實際很難進行統籌，反而會耽誤了戰事；所以臣以為總督應該有必要的指揮權，而總督只是兵部在一線的代表，若兵部沒有指揮權，那掛在兵部尚書或侍郎銜的總督又哪來的指揮權呢？」
朱由崧仔細想了想，回復道：「言之有理，那就改一改，總督是朕或內閣在前線的代表，其下設置有兵備使和行參軍司，真要前線有事，行參軍司輔助總督指揮各部！對，總督如此，經略如此，督師也應如此！」
孫傳庭眼眉一挑：「陛下，那麼總督也就不掛兵部銜了？」
朱由崧答道：「不掛，只掛都察院銜，但總督麾下兵備使可加不分左右的兵部侍郎銜！」
王燦成有些急了：「陛下，不妥！」
朱由崧看向王燦成：「怎麼不妥？」
王燦成眨了眨眼，他不能說總督權力太大了，會有謀反的可能，所以他絞盡腦汁，終於在短時間內找到了一個理由：「目前總督防區是固定的，也就是說，所謂行參軍司也將長期存在，長此以往，總督豈不是會被行參軍司所架空了嗎？」
那邊的段煒覺得王燦成是在雞蛋裡挑骨頭，便替朱由崧反駁道：「行參軍司內武官按照皇爺制定的法度，會定時流轉輪崗，並不會長期待在一個位置上，哪來的架空總督；若干王都給諫的意思，但凡坐在那個位置上的武官都會有謀反嫌疑了？那乾脆邊軍提督、內鎮總兵都不要設了好了，文臣直接指揮到隊，那就不怕有人謀反了！」
看著朱由崧蘊意不明的眼神，王燦成不敢為了反對而反對，只好低頭不語了。
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既然王燦成所代表的吏科提不出反對意見了，朱由崧便繼續往下說道：「至於大都督府的調兵命令是不是需要兵部副署，朕覺得沒有必要，若是兵部對有人僭用皇帝名義調兵的可能存有疑慮，這樣吧，大都督府府務廳、經歷廳、檔案廳、照磨廳的司職，可以安排兵部官員出任，如此或可以方便兵部對大都督府的監督，另外，都察院也可以派遣監軍御史進駐大都督府及邊軍和內鎮兵馬的指揮機構！」
在文官集團絕不可能輕易放棄兵權的情況下，朱由崧不得不做一些必要的妥協，以換取大部分文臣的理解和退讓，但這也是朱由崧的底線了，文官集團再不依不饒，朱由崧就可以能掀台子了。
只是朱由崧想的雖好，但孫傳庭卻不能不得寸進尺：「陛下，京營這邊呢？」
朱由崧回復道：「京營由御馬監兼管，無需兵部派員，對了，大都督府和邊軍也應該設置坐營監槍內臣，部分內鎮大道，也當有監軍內臣！」
為了制衡文官監軍，不讓文官監軍凌駕在武職指揮官之上，朱由崧只能以毒攻毒，繼續保留內廷監軍了，不過，內廷監軍應該也會從幼武學、武學畢業的內侍中挑選，所以，就專業性而已，肯定要比文官監軍強的，也更能與武職指揮官進行配合。
京營的軍費目前是由內廷承擔的，所以不讓兵部染指，孫傳庭沒話說，至於設置內廷監軍也是大明的祖制，王燦成更是不能反對的，所以，關於兵部改制的問題，朱由崧算是一錘定音了，就算正式方案公布了，遭到大量官員反對，也是不會改了。
「兵部說完了，我們說都察院和六科的事情。」朱由崧的目光落在王燦成的身上。「王燦成先說，為什麼反對六科改制······」
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