弘光五年七月一日，田雄、郭虎等部收復平涼府城，平涼順軍被迫退往瓦亭關方向；但田雄等部得勢不饒人，繼續向順軍施加壓力，迫使順軍放棄了瓦亭關、固原州城，逃亡了安定、隴西一線；得知順軍主力放棄固原西逃後，原守備環縣、西安所、平虜所、甘州所、鎮戎所、隆德縣、靜寧州的順軍紛紛向當面明軍投降，於是原順軍控制的平涼全境、慶陽一部都落入了明軍之手，順軍的地盤再度萎縮。【,無錯章節閱讀】
在平涼與慶陽全部光復的同時，從榆林方向出擊的馬得功、李成棟等部攻入寧夏後衛，並於此後的十五天內攻入了寧夏衛和寧夏中衛。
由於寧夏衛轄下是陝西有數豐饒之地，也是順軍目前極少數能提供大量糧草的物資供應地，因此，為了守備寧夏衛、靈州所等地，順軍調集了近三萬部隊加以防禦；但因為順軍士氣低落，不敢出城野戰，只能眼睜睜的看著明軍收割即將成熟的麥子和其他農作物；而坐視明軍在城下為所欲為的結果又導致了守城順軍士氣的進一步跌落。
故而僵持到了當年的八月中旬，徹底斷糧的順軍寧夏守軍便紛紛向當面明軍投降，至於依舊忠於李自成或者說知道投降後也沒有好果子吃的某些順軍將領則率部主動突圍，並在付出較大代價後，逃到了臨洮府境內。
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眼見得明軍已經從三面包圍了鞏昌府，並即將發起鞏昌戰役，因此目前力量已經嚴重削弱的李自成，不敢在鞏昌與明軍硬拼----一旦順軍主力投入鞏昌方向，難保寧夏明軍不會避實擊虛，抄襲鞏昌方向的臨洮----便主動把鞏昌的劉宗敏部撤到了臨洮府城狄道，並於稍後，進一步撤到了蘭州。
雖然黃得功部此時已經與經由祁山道及玉壘關方向進攻的川中明軍實現了匯合，但由於控制區太多，且有不少殘匪需要清剿，且糧道太過漫長的原因，所以在奪取狄道後，明軍也不得不停下了腳步······
「陛下，這是軍機處就司禮監草案所做的修訂，還請陛下審閱！」
朱由崧接過馬士英提交的文件，一邊翻看，一邊對馬士英言道：「具體說一說吧！」
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馬士英便向朱由崧解說道：「軍機處商議後，覺得司禮監草案中，對吏部、刑部、戶部、禮部、太僕寺、鴻臚寺、大理寺、詹事府、翰林院的改制並無太多問題，可以完全依照司禮監方案執行；太醫署這邊，軍機處以為應該置於太常寺之下，其他也別無問題；工部改制雖然有所爭議，但加強對各項工程的專項管理和財務監督是有必要的，因此也可以根據司禮監方案執行；唯有兵部、都察院、六科和欽天監的改制頗有些不妥當！」
太醫署作為二級機構置於太常寺之下，是沒什麼問題的，但朱由崧最關心的兵部改革卻被軍機處否定了，朱由崧顯然是有些失望，所以他不接話，只是聽著馬士英解釋。
只見馬士英向朱由崧說明道：「雖然根據司禮監的方案，兵部可以從人事、財務兩方面制約大都督府，但亂兵一起，自然能從地方上獲得錢財，所以，臣等以為，大都督府調動兵馬需要得到兵部副署，而在地方，巡撫、總督應該有指揮邊軍提督、內鎮總兵官的權利。」
朱由崧的目光落在了孫傳庭的臉上，孫傳庭便出列言道：「陛下，臣是支持司禮監草案的，只是吏科這邊明確反對，所以，軍機處內部不能一致，便由張尚書搞了個折中方案！」
朱由崧知道文官集團是不會輕易放棄兵權的，所以也不是很吃驚軍機處的態度，只是問馬士英道：「馬先生是什麼態度？」
馬士英雖然承諾要當弘光朝的嚴嵩，但也頂不住文官集團的壓力，所以，猶豫了一會，他回復道：「臣以為吏科的擔心是有道理的，雖然大都督府是輔助陛下指揮天下兵馬，但萬一今後天子年幼或病弱，有亂臣賊子借皇權之名義行事的話，沒有制約是很危險的。」
朱由崧身邊的司禮監秉筆、中官監掌印段煒一聽不幹了，馬士英的話分明是在說司禮監會假借皇權調用兵馬行不軌之事嘛，所以他挺身而出，質問馬士英道：「馬老先生，兵危戰險、稍加猶豫就會失去戰機，若是大都督府調兵之權非要兵部副署才能施行，那萬一兵部內部意見不一，遲遲不肯副署，延誤戰機算誰的？」
如果大都督府一請兵部就同意副署，那跟蓋印機器沒什麼兩樣，實際是失去了監督和制衡大都督府的意義，但如果大都督府請示後，兵部拿捏，始終不能副署，那導致前線失利，兵部能不能承擔這個責任呢？
馬士英答道：「段公公此言差矣，雖然前線形勢瞬息萬變，但消息從前線傳到京師是需要時間的，該耽誤的已經耽誤了，斷不會因為一兩天發生不測的！」
現在的通訊手段非常落後，消息傳遞有延遲，所以在外人看來，兵部多權衡兩天也無關緊要。
朱由崧卻抓住了內中的實質：「軍機處的意思，朕明白了，大都督府不應該是輔弼皇帝指揮軍隊的機構，而是應該做出兵部的參謀單位！」
朱由崧的話音雖然不高，但內中的含意極為深刻，以至於在場的軍機處官員全部跪倒在地：「臣等不敢窺視陛下大權！只是為了保證軍隊不為野心家控制！」
朱由崧反問道：「司馬懿算文臣還是武將？」
王燦成抗言道：「陛下此言不妥，會使天下士子寒心的······」
不待王燦成繼續說下去，朱由崧斷然打斷道：「兵權怕只是第一步吧，周召共和才是卿等目的吧？『為天下之大害者,君而已矣』，卿等是這個意思吧！」
雖然本時空中黃宗羲還沒有寫成《明夷待訪錄》，但黃宗羲關於「君為民害」的思想早在弘光初年就已經在江南士林中流傳了，所以，朱由崧才會咬死了某些人「非君」及妄圖侵奪帝王大權。
馬士英、孫傳庭等人立刻跪拜下來：「臣等絕無此等大不敬的念頭！」
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