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自然，要切實落實的不僅僅兵馬來源和分配，更關鍵的是徹底廢止衛所和軍籍，但這就又涉及到了另外一個重大的問題，那就是五年後、十年後的後續兵源怎麼解決！
因為之前朱由崧跟張縉彥曾經談過此事，所以，張縉彥一臉嚴肅的進言道：「陛下明鑑，兵制變動事小，但關係到是否取消口賦勞役、更定現有田畝稅制以及士紳優待，非改制前兵部一家能做到的！」
朱由崧之前跟王應熊、張縉彥等人說將三餉永久歸併入田賦、廢除口賦勞役、調整士紳優待這些事就是為了讓他們幾人能提早向南京傳消息打招呼，所以，現在張縉彥一下子把話給挑明了，在場的內閣大學士、各部尚書、侍郎卻是一個個都不動聲色，顯然是事先知情的；至於六科都給事中這邊，也沒有騷動的樣子，因此也是多少知道這件事的！
朱由崧笑了起來：「後續兵怎麼來以及兵役改革，都是以後的事情，可以放在官制更定後慢慢來確定，卿和兵部先把軍改的事情落實了吧！」
張縉彥既然挑了頭，自然不會壞人做到底，所以，便應道：「臣領旨，這就先辦了撤銷衛所、軍籍，分設內鎮邊軍諸事！」
朱由崧叮囑道：「兵部要抓緊一點，最好明年，最遲後年，一定要把除了雲貴及狹西以外的軍改落實了。」
之所以排除陝西，是因為陝西戰事還沒有結束；之所以排除雲貴，則是大西軍那邊也沒有定局；至於軍改中涉及京營部隊，也不是不用兵部考慮的，御馬監會負責做好了。
張縉彥應道：「兵部明白該怎麼做的！」
張縉彥退到一邊後，朱由崧似乎猶豫了一會，這才說道：「北京既然光復了，諸卿家以為，朝廷是否要遷回北京去呢？」
朱由崧的話立刻引起了與會者的巨大分裂，是的，籍貫在南方的官員自然不希望朝廷回到北京去，所以便用北地殘破、漕河淤塞導致漕運代價巨大等理由反對北遷，籍貫在北方的官員卻以順天府系邊防重點，朝廷在南方調度不靈等說辭，堅持主張北遷；還有部分籍貫在南方的官員因為利益所在，卻支持朝廷北遷的----譬如工部左侍郎何吾騶就覺得北遷後需要大興土木，對工部極其有利，所以支持北遷----也有部分籍貫在北方的官員因為趨炎附勢及黨同伐異的原因，反對朝廷北遷。
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總之，此時此刻，在乾清宮裡出現了互不相讓的兩大對立意見。
馬士英見狀，便出列探問道：「陛下的意思是？」
朱由崧伸手揉了揉眉心：「朕也無法明確北遷的利弊，所以，才會徵求諸卿的意見！」
朱由崧拿不到主意，其他與會者又產生了深刻的對立，所以，馬士英便提議道：「陛下，遷都之事事關重大，當廣泛於朝廷內外進行討論才是！」
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朱由崧便道：「那就由內閣發文，徵詢百官意見吧！」
說到這，朱由崧吩咐道：「馬士英、孫傳庭、張國維、王燦成留下，其餘各卿可以告退了！盧九德也留下！」
大學士王鐸、司禮監第一秉筆李諳以下內外各臣聽罷，當即拜退，等王鐸他們離開了，朱由崧起身到後面換了衣服、上了廁所，然後去到了地方略小一些的偏殿坐下，這才讓內侍把馬士英幾人叫了進來。
待幾人走進偏殿後，朱由崧一邊喝水一邊說道：「熙寧變法前搞了個制置三司條例司來推行改革，朕也算是如法效仿，且建一個軍機處來完成對六部五寺的改造。」
馬士英敏銳的覺察到了什麼，便向朱由崧詢問道：「陛下，軍機處未來會長久存在嗎？」
朱由崧想了想，答道：「待官制更定後，便會取消，所以卿等可以放心，朕不會用軍機處架空內閣的。」
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朱由崧不需要只會磕頭的大臣，所以他不會用軍機處來取代內閣。
馬士英鬆了口氣：「陛下聖明！」
朱由崧笑了笑，衝著內侍吩咐道：「賜馬先生、孫先生、張卿坐！」
馬士英、孫傳庭、張國維三人謝恩後坐下。
朱由崧又喝了口水，這才往下說道：「馬先生是內閣首輔，事務繁重，軍機處的事務不會參與很多，內閣這邊就由孫先生作為主要參與者，張卿是代表吏部、王燦成是代表吏科，諸卿要精誠合作，才能快速的推進官制改革，而官制改革完成的越快，那麼對朝局的衝擊就越小，越方便穩定局勢和人心！」
四人齊聲應道：「臣等明白該怎麼做的！」
「當然，軍機處不僅僅是你們四人在運作，翰林院要加進來、吏科整體也要加進來！朕之前說得改制後的詹事府也要參與進來！」
馬士英聽明白了：「陛下的意思是，第一個要改制的是詹事府！」
「沒錯，」朱由崧點點頭。「當然，翰林院也要根據朕說的意思動一動。」
翰林院的中高層都升了品階，自然人也要換一圈了。
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「另外，翰林院也好、詹事府也罷，都是提供參考意見的，你們可以聽，可以不聽。」這裡說的你們，實際是朱由崧本人，畢竟，最終決策者只能是朱由崧本人，而軍機處這邊只是提供初步草案罷了。「還有就是，為了儘快推進官制改革，卿等應該先易後難。」
朱由崧舉例道：「大理寺、刑部這兩者，朕之前雖然已經裁定了各自權限，但依舊分的不是很明確，譬如朕以為刑部應該負責捕盜、刑獄、修訂律法、管理訟師等事務，並且不宜再按布政司數目設置清吏司，籍此分別負責各省刑名事務，或可合併設立捕盜清吏司、刑獄清吏司、律政清吏司等，另外還應該設立管理部務的司務廳、管理檔案的檔案房、負責刑部官員培訓的教育處、負責與各部尤其是與戶部聯繫的交際處等等，具體的名目和負責事項由軍機處來定，但記住，宜細不宜粗······」
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