川東明軍集結起來，在夔州阻擊劉芳亮，但劉芳亮先他們一步占領了夔州府城，他們只好在萬縣集結。劉芳亮隨後殺到，毫無技巧地硬碰硬地撞了上去。
川東明軍以新募士兵和鄉勇為主，前大學士王應熊率領重慶的鄉勇前來，還有秦翼明、王祥兩部人馬從貴州來援。
王應熊四年前在闖軍攻破鳳陽時袒護自己的座師漕運總督楊一鵬，還有與溫體仁有親戚關係的鳳陽巡按吳振纓，向外泄露情報，被崇禎罷官。但即便如此，他的能量依然很大，鎮守遵義的參將王祥曾經是他的僕人。在王應熊的號召之下，不少川東鄉紳都動員起來參與阻擊闖軍。
不過還是有不少人選擇不來了，或者來了之後又悄悄走了。他們中的一些參與過崇禎十年阻擊闖軍的戰鬥，甚至有的人的親人就戰死在和闖軍的戰鬥中。固然有一部分人鬥志昂揚，誓要報仇雪恨，但也有許多人卻打定主意不參與這樣危險的事情，以保全家族為上。
洪承疇東征湖廣之後，川東地區向洪部供給糧餉，怨聲載道。而洪承疇又沒有什麼像樣的戰績傳回來，他所說的諸如「華容大捷」之類的戰績，有些頭腦的人都能分辨出只是些無關緊要的小仗而已，而四川副總兵孔全斌戰死的事情卻是貨真價實的。
還有劉芳亮之前在貴州連占四府，然後又大肆宣揚闖軍將貴州歸還明朝，雖然貴州巡撫吳兆元竭力稱闖軍是被他們打退的，不過也只能騙騙鄉下土財主，那些在高層有關係的真正豪紳都明白這是怎麼回事。頂多是闖軍在土司地區站不穩腳跟，籌糧也困難，所以才撤回去。如果明軍在主力會戰中能打贏，何至於發生副總兵尹先民投敵這樣的事情。
面對這樣的局面，很多士紳都存了明哲保身的打算。最近一年來，從湖廣來的商旅時常會帶來闖軍的情報，其中還有不少是闖軍故意傳播的。雖然四川士紳們紛紛抨擊闖軍的科舉改革是「折辱衿紳」，「以商賈司戶部，以走卒司兵部，以胥吏司刑部，以匠戶司工部，斯文掃地，凡士大夫稍有廉恥者，豈肯與此輩同列」，但是他們會有這樣的反對，已經是一個改變的信號了。俗話說，「褒貶是買主」，如果他們真的連闖軍吏科和禮科的科舉也不能接受，那麼他們只要說一句「流賊沐猴而冠」就足夠了，又何必抨擊具體的制度呢？
儘管闖軍有諸如「奴隸士紳，形同編氓」，「貴賤顛倒，上下失序」之類的「暴政」，但不管怎麼說，奉天倡義營也是個承認地主對土地的所有權，以科舉制選官的政權。闖軍還沒來的時候，士紳們當然是個個反對，在闖軍打過來的時候，他們還會參與抵抗，但如果闖軍取得了軍事優勢，只要允許他們收地租，還讓他們有做官的渠道，他們還是可以湊合接受的。
在戰局未明的時候，很多人不想貿然投注了。就算幫著朝廷竭盡全力拼死和闖軍打仗，又能得到什麼呢？大明不可能給他們鎮壓黃巾的東漢豪族那樣的待遇，剿闖是能升官還是能發財？正相反，鄉紳勢力太大，還會引起皇帝的猜忌，當年四川巡撫劉漢儒、巡按黨崇雅因為舉薦鄉紳塗原而被罷，不就是前車之鑑嗎。
再加上王應熊和王祥也不是能為大明豁出命去拼的人，他們指揮的川東團練武裝根本不堪一擊。只有秦良玉、秦翼明所率的土司兵和貴州營兵，才能算得上劉芳亮的對手。
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白杆兵士氣高昂，士卒強悍，與一般的土司兵不同的是，他們紀律性也很好，因此在西南的山地戰中，他們是所向披靡的。然而面對闖軍這樣的敵手，他們還是有嚴重的缺陷。
另一時空的秦良玉敗給了張獻忠和羅汝才。在士卒勇悍方面，百戰餘生的老流寇們自然不會輸給土司兵，而能夠生存到後期的反王部隊，也都有了不輸於明軍正規部隊的紀律性。而在戰術戰法上，陝西反王們既經驗豐富，又靈活多變，再加上有很強的騎兵和重步兵力量，已不是白杆兵能對付的對手。
用騎兵硬沖白杆兵的槍陣是不行的，那樣會導致很大的傷亡，就像渾河血戰中的金軍那樣。在渾河血戰中，努爾哈赤能夠打敗白杆兵，是因為倒戈漢軍提供了有力的炮火，再加上金軍有世界一流的近戰步兵，可以在炮火轟擊之後迅速進行突擊，打開缺口。有女真人用命換來的經驗教訓，劉芳亮再對付白杆兵就簡單得多了。
闖軍現在缺乏馬匹，因此需要用更多的炮火來補足。按照闖軍的編制，一個炮標裝備九門十二磅炮和十八門六磅炮。而在步兵中，每個隊都有一門三磅炮作為支援。有些部隊的火炮尚未列裝齊全，但左營因為要遠征，是配齊了全部火炮的。帶著火炮穿過三峽是非常麻煩的事情，劉芳亮將全部的十二磅炮和六磅炮的半數留在了夷陵，由閻可義指揮，參與對荊州的攻擊。現在劉芳亮軍中有九門六磅炮和九門三磅炮，打大型會戰不足，但是對付缺乏火炮的白杆兵已經足夠了。
闖軍還有相當數量的火繩槍作為補充，既有新製造的「捷克式」，也有從明軍手中繳獲的舊式鳥銃，至於火門槍，闖軍的野戰部隊已經將其完全淘汰了，只在衛戍部隊中才有裝備。
在前哨戰中，闖軍在騎兵方面有壓倒性的優勢，明軍的夜不收一敗塗地。而當正式戰鬥開始，明軍雖然在戰略上是防守，然而在戰術上卻不得不進攻。如果他們不進攻，闖軍就會用大炮慢慢轟擊，在這個射程上，他們沒有能夠反制闖軍的武器，可一旦他們進攻了，又會闖入三磅炮乃至火繩槍的射程，承受更大的傷亡。闖軍的近戰步卒也是以長矛作為主戰武器，由經驗豐富的老兵充當刀牌手掩護。再加上騎兵從兩翼配合，明軍根本沖不破闖軍的陣勢。
明軍如果排成厚實的密集陣，則會遭到對方炮兵的屠殺，可一旦拉大間距，在抵擋騎兵和重步兵的突擊時又會很無力。闖軍雖然囿於各種條件，還存在諸多不足，但是並無明顯的短板，而白杆兵卻是一支嚴重偏科的軍隊。他們的步兵很強，可是騎兵和炮兵都差得太遠。
一番激戰下來，川東明軍拼湊的三萬大軍被八千闖軍擊潰了。闖軍戰死近千，明軍被殺者則多達五千餘人。因為這三萬人大部分是本地團練和衛所兵，一旦發生混亂就會成為任由騎兵踐踏的移動路障，所以才會發生兵力優勢如此之大傷亡卻如此懸殊的情況。
王應熊在王祥、曾英、董瓊英的保護下拼死逃脫，而有功名的鄉紳死於此役的多達數十人，這些人不像衛所軍官那樣軍事經驗豐富，也比一般的鄉勇更有鬥志，所以逃跑時總是慢半拍。失去了這些抵抗意志最堅決的骨幹，雖然王應熊還活著，但川東鄉勇再也組織不起來了。