王瑾在南直隸北部收容了一些流民，在鳳陽俘虜的明軍也有一部分加入，現在他的隊伍已經有了一萬五千人左右。
人既多了，軍紀便不好管了，而且新人之中能形成戰鬥力的並不多，王瑾本來是不想招這麼多人的，但若一概不收，又未免挫傷士氣。
封建軍隊要保證紀律，需要嚴刑峻法、足餉足食、將領以身作則、基層軍官素質等多方面的因素。現在王瑾能依仗的，就是馬重僖、李過、謝君友三人麾下有很多已經追隨李自成多年的闖軍老兄弟。憑王瑾一個人，有三頭六臂也管不了這樣一支大軍的紀律，有這些老兄弟充任基層軍官，很多事情就方便得多了。
其中很重要的一項，就是用營地、隊列將士兵圈住。明軍之所以熱衷於車營，就有這方面的考量。車營不光是用來阻擋敵人的，把士兵都圈在車營裡頭，有利於減少臨陣脫逃的現象。以闖軍現在的技術水平，車營反倒是先進的戰術，是因為沒有那麼多騾馬、車輛、火炮才搞不成。
裝備靠不住，就得靠人，闖軍現在用的是以老管新的辦法，靠足夠多的基層老兵，將已經強調多年的紀律儘量嚴格地貫徹下去。自米脂起兵至今已經四年了，闖軍經歷了許多慘烈的戰鬥，每個月都會有老兄弟陣亡、病故、傷殘，但好在闖軍從來也沒有經歷過殲滅性的大敗，老兵傳幫帶的傳承一直沒斷，始終有新兵不斷地鍛鍊成老兵。
米脂起兵時的老兄弟有五百二十四個人，四年來有人戰死，有人病亡，有人觸犯軍法被殺，有人離隊，有人逃跑，現在還活著的有二百九十四個。當年老八隊東渡黃河進入山西時有三千五百餘人，現下這些人只剩不到兩千。儘管死掉的很多，但是還能剩下這麼多活的，已經堪稱奇蹟了。只要不是個傻子，經過這幾年的錘鍊能活下來，必然成為優秀的老兵。這些人經驗豐富，而且曾與李自成共患難，人品也靠得住。由他們充任基層軍官，是闖軍戰鬥力極重要的保障。
王瑾這一路兵馬中，老八隊兄弟有四百多人，其中有六十多個經歷過米脂起兵。現在這些人中只要是沒有傷殘的，最起碼也是副小管隊，米脂起兵的舊人都當上小管隊了。老八隊時期只有幾個月，也談不上形成什麼山頭，李自成對於老八隊兄弟和之後入伙的兄弟也是一視同仁的，馬重僖就不是老八隊出身，照樣做了老管隊。但老八隊兄弟入伙早，經受錘鍊的時間長，在晉升的時候自然有優勢。
作戰部隊中，每個小隊由一正一副兩個小管隊負責，管轄二三十個士兵。大部分士兵還是從河南帶來的，至少經過了幾個月的訓練，起碼的服從命令能做到了。從舒城到桐城這一路上，王瑾命陳虎山、李定國、劉文秀、丁可澤四人各帶一隊督戰隊前後巡查，嚴禁士兵脫隊，倒也基本上沒出什麼岔子。
進入桐城之後，沿途都有吉慶玉的部下帶路，謝君友先帶數百人逼近縣城，引守城官軍潘可大部出戰。潘可大很輕易就中計了，若論打野戰，闖軍何懼南直隸的這些弱兵。連張一川、惠登相也能輕易吊打他們，只不過未必做得乾脆漂亮而已。潘可大掉進了謝君友的包圍圈，一軍盡沒，潘可大等一百餘人被斬於陣，俘虜二百多。
桐城是個大縣，轄境甚廣，王瑾並不急於攻城，先將縣城團團圍住，然後讓李過和謝君友分兵攻取周邊的鄉鎮村寨。最遠一直殺到長江邊的樅陽、源子港、六百丈等地，安慶、池州、銅陵盡皆戒嚴。
王瑾派俘虜的官兵去城下喊話，稱只殺貪官污吏，與良民無干。只要交出葉燦、吳應琦、方應乾、潘映婁、方若睿、吳石嶺等罪魁禍首，便可不攻打縣城。現任縣令楊爾銘與去年之事無涉，又無惡名，闖營不會與他為難。
楊爾銘是四川敘州人，在當時算得上罕見的少年天才。去年，他年僅十四歲便中了進士，授桐城知縣。王瑾估計，此人應該是明朝歷史上最年輕的進士。雖然科舉並不考如何守城，但是這個成績至少證明他是個聰明人，學習能力不會差。十五歲已經是個成人了，儘管按年齡算是王瑾的兒子輩，卻也不能小覷了。
可惜了，失陷縣城，王瑾可以饒他，崇禎卻饒不了他，這孩子的仕途橫豎是完了。雖說也不一定會斬首示眾，但至少充軍發配是免不了的。縣城現在還沒丟呢，不過在王瑾看來和丟了也沒什麼區別，他已經開始替敵人哀嘆了。
桐城內還有一位人物很要緊，便是丁憂在家的尚寶司卿方孔炤。此人在鎮壓桐城民變時頗為出力，在另一時空後來成為湖廣巡撫，與李自成、張獻忠、羅汝才都作戰過，也是崇禎大帝的背鍋俠之一。
不過方孔炤做過的最有名的事，還是生了個兒子叫方以智。方以智此時外出遊學，並不在桐城，方孔炤則被圍在城裡。
原本吉慶玉的黑名單上也有方孔炤，但王瑾囑咐，要確實有劣跡的才算，如果只是參與了鎮壓民變，沒有別的罪行，就不要算成罪魁之一。否則按照這個標準，原時空後來投奔闖軍的陳永福、郭升、周鳳梧，甚至現在正在和闖軍合作的任光榮、任繼榮，已經加入闖軍的田虎、孟長庚，豈不都是戰犯？
曾經有人提出，應該把鎮壓義軍也作為罪名，但是允許這些官兵起義倒戈，就可以既往不咎。然而王瑾堅決反對這種做法，他決不肯把戰場上的敵對行為作為罪狀，堅持要求有罪與無罪之間必須涇渭分明。像盧象升、李卑這樣保護老百姓的官兵，就算他們是義軍的敵人，也是無罪的。而左良玉、賀人龍、白廣恩這些血債纍纍的軍閥、叛徒，就算將來闖軍勢力大了，他們要投降，闖軍也絕不收他們，必要斬盡殺絕方才罷休。
現在說這個實在是為時尚早，闖軍自己隊伍里還有不少人想招安呢，王瑾便開始惦記招降朝廷的官員了。但王瑾覺得此事很有必要，另一時空的闖軍就是栽在了這上面，這種事早些強調沒什麼壞處。
然而，這一問題是沒有標準的答案的。比如說張獻忠，雖然不像左良玉、賀人龍那樣到哪哪光，可他也殺過老百姓，那假如張獻忠投闖，闖軍要不要清算他？顯然是不可能的。高迎恩、馬光玉、賀一龍等等豪帥，都是遊走在黑白之間的人，就算現在已經加入了闖軍的兄弟，難道就都沒有殺過老百姓嗎？是非、利害、情感交織在一起，王瑾又如何定得出一個統一的標準。