登州失守的後果是災難性的。叛軍裹挾了山東兵和一部分城內丁壯之後，有了上萬兵力。孫元化用一年半的時間積攢下的十萬兩銀子、三千匹馬、二十多門紅夷大炮、三百多名其他各式西洋炮全部落入了叛軍之手。張可大的兵馬損失慘重，只剩下了四百多人，連張可大等人的家眷都失陷在城中。雙方實力差距懸殊，蓬萊水城的失守只是時間問題了。
但是孫元化死活也想不通，東江兵為什麼會背叛他。他給東江兵的待遇比對一般的士兵更優厚，對李九成、孔有德、耿仲明這些將領更是信用有加，他們為什麼還要謀反？起初孫元化還以為只是普通的糧餉分配問題導致的矛盾激化，但是從事情之後的發展來看，叛軍顯然是早有預謀。先是挑撥地域矛盾，激起兵變，製造混亂，隨後便以各家將領的親兵搶占城內要點。這絕不是普通士兵一時憤怒惹出的事端，而是東江將領們精心策劃的陰謀。
在撤到蓬萊水城的軍隊中，有一個人格外地憤怒。這個人的名字叫作岡卡沃·特謝拉·科雷亞，中國人一般稱之為「公沙·的西勞」，他便以「公沙」作為自己的漢名。這個葡萄牙人曾經參加過抵抗荷蘭人對澳門進攻的戰鬥，他和神父陸若漢一起從澳門帶著三十一名僱傭兵來到登州為明朝效力，幫助孫元化訓練新軍。
但沒想到的是，他的學生們就像中國童話里那頭向貓學習捕獵的老虎一樣，學成了本領之後就立刻用來殺害自己的老師。然而公沙卻忘記像貓一樣留一手上樹的技能。在從登州突圍的戰鬥中，他的部下包括副手魯未略在內有十二人陣亡，十五人負傷。公沙本人也受了傷，若不是張可大的親兵拼死保護，他也要交代在登州了。
公沙希望孫元化立刻調集他轄下的其他軍隊去消滅叛軍，他雖然懂大炮，卻不懂中國官場的運行規則。孫元化作為巡撫，任務是協調將領們的行動，並不能直接指揮府州縣的官員，因此失去了登州積蓄的物資之後，他不能直接強行徵調地方上的錢糧，只能勸說官員和士紳們出錢。後來的孫傳庭正是因為違背了這一原則，直接強硬地向士紳要錢，招致了陝西士紳的攻擊和崇禎的懷疑，把自己的命送了。所以，孫元化要籌措反攻登州的資金需要很長時間，而蓬萊水城絕對撐不了那麼久。
所以，他們能做的事就只有一個了：撤退。
幸好有周文郁的水師到來，孫元化把張可大部、葡萄牙傭兵和自己撫標的少數殘部都裝上了他的船，此外還有水城的炮匠、船匠等各行工匠。登州的水師自己有船，又把港口中的商船全部強征，各自裝載士兵和家眷逃命。每一艘船隻都是超載，由於船只有限，工匠們的家眷只能留下，水城之中到處都是生離死別的號哭之聲。
很多工匠捨不得骨肉分離，官兵便強行抓人，把人捆上船去。如果孫元化不這麼做，這些工匠要麼在官軍圍城時變成糧食，要麼被叛軍裹挾到遼東去。現在用強，至少能救他們，如果心軟，那就一個也救不了。
水城中也有遼人，山東兵和遼兵很快就互相攻殺起來，場面一片混亂。有的遼兵想拉走艦隊，當即遭到其他軍艦的炮擊，有的遼人沒想反叛，卻也稀里糊塗地遭到了攻擊。水城內外到處起火，喊殺聲、哭號聲震天動地。
誰也顧不上落在後面的人，各船紛紛拔錨起航。此時北風正勁，船隻從蓬萊水城向西南的萊州進發困難不大，但風助火勢，大火很快席捲了囤積著大量木材、桐油、火藥的水城。來不及上船的人、因船隻碰撞落水的人，在水火之間哀嚎掙扎，一派地獄景象。
陸若漢虔誠地禱告著，孫元化卻沒這個心思，這次叛亂的規模超過以往任何一次兵變，當年祖大壽在己巳之變時的出走都不能與之相提並論。登州這個前線海運重鎮被叛軍占領，支援東江和關寧的海路就斷了。關寧還好，糧食可以運到通州再從陸路送去山海關，或者由天津出海。而旅順和東江諸島一直是以登州作為後勤基地，現在突然要改成從天津輸送補給，不僅難度倍增，而且一時也無法籌措這麼多物資，遼東前線遭遇了巨大的危機。
周文郁主管天津水師，他估計自己的船隻和天津的物資最多只能保證旅順黃龍、陳有時所部的補給，至於遼東半島以東諸島上的沈世魁、尚可喜、毛承祿、金聲桓等部，會遭遇嚴重的糧食危機。而這些部隊除了黃龍自己的親兵之外也都是東江舊部，這就意味著他們很可能參與叛亂。孫元化對於尚可喜還比較信任，之前耿仲明的弟弟耿仲裕在旅順發動兵變，就是尚可喜幫助黃龍平定了叛亂。而且他全家都在旅順，料來會聽黃龍的指揮。至於其他人，他哪個也不敢相信了。
尚可喜都成了最後的希望，這大明也是要完。
李九成被張鵬翼趕出山神廟之後，便灰溜溜返回了登州，他不敢去見孫元化，躲在了孔有德軍中。
由於大凌河之戰開銷巨大，登州的糧餉發放又被拖延了，不滿情緒在到處蔓延。李九成早就知道，孔有德、耿仲明對於現在這種給孫元化當家丁頭子的生活並不是很滿意。東江軍最主要的收入不是軍餉，而是走私。因為大部分明朝商船都難以遠離海岸線航行，因此黃海北部諸島就成了從登州向朝鮮、日本乃至遼東走私的必經之路。當初毛文龍就是靠著掌握沿海商路，才能夠在荒島上維持住東江鎮。
後來袁崇煥督師薊遼，要統一指揮權，要統一分配糧餉，還要對後金執行更嚴格的經濟封鎖，這就斷了毛文龍的財路，雙方勢成水火自然不足為奇。假如真的按袁崇煥的計劃去做，毛文龍就不再是獨霸一方的大帥，而是會和現在的黃龍一樣，變成某個巡撫麾下的普通總兵，東江的兵馬也勢必要像現在這樣有一部分移到登州就食。或者兵駐東江，家屬放在登州。這樣一來，東江的獨立性便徹底喪失。
在明末，這是一個不可解的怪圈。兵少了打不過金兵，兵多了又養不起，不走私軍隊就不賣力，走私了又資敵。
除非換一個全新的財政系統、一支全新的軍隊，這個問題永遠不會解決。
李九成、孔有德、耿仲明要做的，就是恢復東江在毛文龍時期的獨立性，成為一支「聽調不聽宣」的力量，將登州、東江兩鎮變成一個軍閥王國。在另一時空，孔有德、耿仲明後來被清朝分封到兩廣，才算實現了這個「夢想」，但是美夢成真給他們帶來的卻是殺身之禍。