馮從吾躬身道：「老臣冤枉，請陛下著人將李勇帶至殿上，與老臣當面對質，到時一切自可見分曉。」
田弘遇冷笑道：「對質？馮尚書明知證人已死，才敢這般肆無忌憚的說話吧？」
馮從吾又驚又怒，急道：「我怎會知曉！」隨即恍然道：「定是你等栽贓陷害老夫，又將李勇殺死，再來這一出死無對證。」
田弘遇道：「田某早就料到馮尚書會這般分辨，可你終究還是百密一疏。」說著取出了一封血書，雙手呈了上去。
崇禎問道：「此為何物？」
田弘遇道：「李勇深知其罪難赦，更恐招錄罪行後，馮尚書會命人殺其家眷泄憤，因此不惜以死謝罪，並在自盡前留下了一封血書，交代了自己的罪行，並請求朝廷能保其家眷周全。」
說完，田弘遇又取出了一封書信，道：「馮尚書方才指摘罪臣殺李勇滅口，罪臣為了避嫌，故而未用軍中仵作，而是請了當地的陳仵作驗屍，這便是他的驗屍報告，不止如此，罪臣還特意將陳仵作帶到了京城，陛下若是心存疑慮，可將此人傳來對質。」
曹化淳接過了兩封書信，雙手呈了上去，崇禎看後大怒，將其擲在地上，怒道：「馮從吾，你自己看看吧！」
馮從吾嘆了口氣，慘笑道：「不必了……」
趙南星卻踏上一步，躬身道：「啟稟陛下，微臣以為，此事實在有些蹊蹺。」
崇禎道：「不知還有何蹊蹺之處？」
趙南星道：「東林書院，乃是大明士子心中的聖地，馮尚書飽讀聖賢書，不僅被士子們尊稱為關中夫子，而且多年來又深受皇恩，即便他和李章有些私交，想來也不至因此便焚毀了依庸堂。」
陸天行心道：趙老尚書果然厲害，他未曾到過現場，就道出了此案的關鍵疑點。
果然，趙南星又道：「即使馮大人有負皇恩，為了李章鋌而走險，也大可不必焚毀依庸堂，畢竟火勢如若及時被止住，一切豈不都是徒勞？既然他能命人縱火，為何不著人將所謂的反詩除去，這樣豈不是兩全其美？」
這番話果然奏效，崇禎皇帝聞言不置可否，田弘遇等人一時也是無法辯駁。
「下官本也認為馮尚書為人正直，為官清廉，此事應屬冤枉，可直到下官在滄州遇刺，才算是徹底看清了他的陰險毒辣。」百官們回首看時，出班奏稟之人，竟是太子少保、吏部主事陸天行。
趙南星皺眉道：「陸主事……」
陸天行卻恍若未聞，繼續說道：「啟稟陛下，行刺微臣的賊首李四，現下正押在殿外，可否將其傳來對質？」
崇禎點了點頭，道：「朕准了。」
過不多時，兩名大漢將軍便押著李四走了進來，強按著他跪倒在地。
陸天行道：「李四，你到底受何人指使行刺本官，還不從實招來！」
李四冷笑道：「呸，狗官，你迷惑君上，排除異己，構陷李章大人這樣的忠臣，只恨我李四未能除了你！」
聽了他的話，殿上的眾官員便已猜到了今日之事的走向。
陸天行又問了一遍：「你究竟受了何人指使？」
李四雙眼微閉，卻不肯再言語了。
陸天行道：「你即便此時翻供，也已然無用，昨日你的供詞，我已命人記錄下來。」
說完，陸天行便將李四的供詞和三眼火銃、「萬人敵」等物呈了上去，又道：「與微臣隨行的共有禁軍九十人，馮尚書帶走十人，陣亡二十八人，餘下的五十二人，皆可上殿對質。」
崇禎接過供詞一看，只見上面寫著馮從吾何時何地將火器交予了李四，如何告知了陸天行的行蹤，李四又是如何集結賊人等等，像皇帝看完不禁大怒，道：「速傳禁軍上殿對質。」
沒過片刻功夫，副千戶吳孟明便走了進來，還未等他見禮，崇禎便指著李四問道：「那日此人是如何供出的幕後主使？」
吳孟明躬身道：「回稟陛下，此賊本欲構陷魏公公，不想卻被陸少保識破，驚慌失措之下，才終於招認了實情。」接著便將當日在縣衙所發生之事說了出來。
李四聽後，忽然向馮從吾拜道：「馮尚書，小人無用，辜負了您的重託。」說完竟快步沖向了殿中柱子，趙南星「快攔住他」的話音還未落，李四便已一頭撞斃。
崇禎冷冷道：「馮從吾，你還有何話說。」
馮從吾仰天長嘆，緩緩搖了搖頭，老淚縱橫的說道：「老臣無話可說。」
趙南星忙道：「陛下，此事……」
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馮從吾擺了擺手，嘆道：「夢白兄不必再多言，老夫既然敢為，便要勇於擔當，如此，也不失為一世君子。」
趙南星衝到了馮從吾面前，急道：「怎可如此！」這個一向沉著冷靜的東林領袖，看到身為東林重臣的老友即將就要遭逢大難，情緒竟已有些失控，崔呈秀等人見了，不由暗暗冷笑。
崇禎淡淡道：「趙卿，你失態了。」
趙南星嘆了口氣，躬身道：「老臣君前失儀，請陛下治罪。」
崇禎擺手道：「罷了。」隨即轉頭問道：「朕最後再問一句，馮從吾，這兩件驚天大案，當真是你所指使？」
馮從吾跪倒在地，道：「確是罪臣所為。」
一旁的趙南星聽了，兩行清淚已忍不住流淌了下來。
崇禎冷冷道：「你飽讀聖賢書，官居高位，深受皇恩，就是這般回報朕的麼？」
馮從吾伏地道：「罪臣有負於陛下，只求一死。」
崇禎點了點頭，道：「好，朕成全你，傳旨，馮從吾收買官兵，合謀焚毀東林書院依庸堂；後更不思悔改，私募死士，購買火器，企圖刺殺朝廷命官，是可忍也，孰不可忍也，兩罪並罰，明日午時於菜市口斬立決。」
趙南星急道：「陛下！馮從吾乃朝廷大員，即使罪無可赦也要等到秋後在午門外處決，怎可明日就行刑，而且還是在菜市口！」
崇禎甚是不屑地說道：「馮從吾平日裡道貌岸然，誰知背後竟做出如此見不得人的勾當，竟連朕都被其蒙在鼓裡。」