「眾愛卿，今日得悉，南越之地已被我大秦帝國鐵軍踏平，北面長城也進入全面修築階段，為慶祝這兩項盛舉，特邀眾卿家過來，好好熱鬧一番······」公元前213年，即始皇在位的第三十四年，為慶賀秦王朝修築長城及取得南越征戰勝利，始皇嬴政在咸陽皇宮裡大宴群臣。
「陛下神靈明聖！」正當眾大臣頻頻點頭稱是的時候，在一個不顯眼的角落有一個人站了起來，大家定睛一看，原來是朝中有名的馬屁精、居僕射之位的周青臣，只見他拿起酒杯，向始皇嬴政躬身敬酒，接著說道：「想我秦國，以前地不過千里，是個小得不能再小的小國，虧得陛下主政，運籌帷幄，氣吞山河，平定海內，放逐蠻夷，日月所照之地，沒有不佩服稱臣的。特別是一統天下之後，陛下力排眾議，將諸侯分封制改為郡縣制，使國家再無戰爭之患，人民得以久享太平，此功此德，從古至今都沒人能比啊！」
始皇嬴政聽了周青臣這番話，頓時心花怒放。雖然周青臣的這番話不無阿諛奉承的成分，但陳述的也基本上都是事實，不過，他的這番話卻引起了在坐的一個人的不滿，他便是扶蘇的老師淳于越。
這個淳于越是個頑固不化的老學究，一向都是厚古薄今，認為古代的東西都是好的，當代的東西都是不好的。當年他曾力主分封制，因為那樣對自己的學生扶蘇最有利。現在聽周青臣讚美郡縣制，貶低分封制時，不禁勃然大怒，站起來反駁說:「我聽說商周時代都因分封子弟而傳國近千年，因為分封子弟功臣可以讓他們與國君互相照應。如今陛下富有四海卻不分封子弟以作呼應，倘若出現像篡奪齊國政權的田常式的人物，那將何以應付?周青臣不向陛下您指出這一點，反倒當面奉承，不是忠臣!」
原本好好的氣氛，被淳于越這麼一搞，立即變得尬尷起來。其實淳于越與周青臣並無過節，這場爭論純屬個人觀點之爭，頂多也是文人相輕，本不會產生什麼嚴重後果，但他的這番話卻讓一個有心人抓住了把柄，這個人就是李斯。想當年，李斯也想當扶蘇的老師，但最後卻被這個自命不凡的老傢伙占了便宜，在他看來，這個只會酸言酸語的老學究根本就不配當大公子扶蘇的老師，只是苦於一直沒機會打壓。現在倒好，這老傢伙竟敢跳出來反對郡縣制，不是找死麼？在玩慣了政治的李斯看來，淳于越這番話犯的是嚴重的政治錯誤，是對郡縣制的徹底否定，這可是始皇默許、自己力排眾議促成的國家制度啊，怎能任人在大庭廣眾中非議，特別是當著始皇和眾大臣的面？
於是，李斯立即站起來，毫不留情地反擊說:「三皇五帝治國各有其法，都搞得好好的。這是因為他們能根據天下大勢，來用不同的政策。如今陛下創大業，建萬世之功，愚腐的儒生不明其理，淳于越拿三皇五帝來舉例，這值得去效法嗎?那時候諸侯相爭，大家都想招徠天下的讀書人，現在天下已定，以法治國，老百姓致力農工業，知識分子要學習法律，這才是正道。現在一些儒生不從當下出發，反而以古代的例子說現在的不是，迷惑百姓，我冒死勸聖上:過去天下大亂，各執一詞，才有諸侯並起，都借著古代說事兒，花言巧語沒有一句是有用的，大家都尊崇亂七八糟的學術，而不是國家的制度。現在聖上一統天下，如果不統一思想，任由這班人亂說亂傳，勢必造成百姓的思想混亂，甚至動搖國體，因此，臣斗膽有一建議：將那些不是我朝撰寫的歷史典籍都燒了，除了官府和博士官，天下有藏詩書百家語者，都讓地方官燒毀……」
李斯一番上升到政治高度的話嚇得群臣大驚失色，始皇嬴政聽了大為受用，對他的發言給予了高度評價和充分肯定，同時還指著淳于越訓斥道：「你作為大公子的老師，竟敢對國家的制度說三道四，大公子在你的教導下，豈不是離經叛道了？」於是立即接納李斯燒書的建議，並以嚴厲的措施發布下去執行。
當時，「焚書」都燒了哪些書？據《史記·李斯傳》記載，司馬遷轉引李斯的話說:「臣請諸有文學、詩、書、百家語者，蠲除去之，令到三十日弗去，黥為城旦。所不去者，醫藥、卜、筮、種樹之書，若有欲學者，以吏為師。」李斯對於那些詩書百家語，僅用了一個「去」字，並沒有肯定地要「燒」。緊接著這段話還有一句:「始皇可其議，收去詩、書、百家之語以愚百姓。」由此可見，當時的詩書以及諸子百家的書並沒有燒，只是由秦王朝中央政權和相應的政府官員收藏，目的是為了「愚百姓」，而不是為了損毀。
這個從《史記·蕭相國世家》中也得到了印證:「何(蕭何)獨先入收秦丞相、御史律令、圖書藏之……漢王所以具知天下阨塞、戶口多少、強弱之處、民所疾苦者，以何具得秦圖書也。」意思就是說，當初劉邦軍隊攻下咸陽城後，蕭何先行沒收了秦朝丞相、御史所藏的律令、圖書;後來，劉邦坐了天下後，從這些圖書中獲得了天下要塞、戶口多少、強弱之處、民所疾苦等等資料。從這段話中不難看出，秦始皇只不過下令收繳民間圖書，藏在官府和學官之手，並沒有將它們燒了，至少沒有全燒了，否則蕭何收什麼?漢代又怎麼可能「得百家言四百二十篇」？
不過，「焚書」一事在當時也在民間特別是知識分子階層引起了巨大的震動，不少人持反對態度，有的人甚至冒死進諫，其中就包括扶蘇的老師，那個頑固不化的淳于越。在他的影響下，一大批儒生、博士紛紛上書，甚至扶蘇也加入到這支隊伍當中，惹得始皇嬴政勃然大怒，將淳于越革職，並將扶蘇訓斥了一番。
可淳于越並不死心，在離職還鄉的路上，為了幫公子扶蘇開脫，他再次向始皇上書，說聖上您這樣做是不對的，如果連言論自由都沒有，這個社會還會進步麼？公子提出反對，是想為您挽回民意，不要執迷不悟了，否則便會成為歷史的笑柄！結果淳于越的這次上書徹底惹怒了始皇嬴政，立即下令將淳于越抓起來，雖然扶蘇和包括李斯在內的眾大臣幫他求情，最終始皇還是決定將他處以死刑，而執行者，正是那位跟他政見不和，力主焚書的李斯。
淳于越一死，一直作壁上觀的趙高覺得，這是落井下石、打擊公子扶蘇一派勢力的最佳時機，於是便向始皇嬴政建議，讓扶蘇到邊疆蒙恬那兒當監軍，鍛鍊鍛鍊。始皇嬴政想了一下，認為這樣也好，於是便下詔，讓扶蘇去九原蒙恬的邊防部隊中當監軍。