秦國一統天下，萬民高呼萬歲，這是秦王嬴政夢魅以求的事，可他卻一點也高興不起來。
首先，隨著板塊越來越大、國土面積和國人數量急劇增加，用什麼制度、以什麼辦法加強管理已成了擺在案頭的頭等大事。
其次，很多國家的王族權貴並不甘心做亡國奴，他們表面上臣服，骨子裡還是希望尋找機會，謀求獨立。所以私底下，他們與族人或國人保持著密切聯繫，伺機東山再起，如何樹立新政權新權威、統一思想、凝心聚力將民心收攏起來，是擺在當政者首要思考的問題。
另外，由於各國的民俗習慣、風土人情和流通貨幣等方面不同，如何打破地域限制，形成民族大融合，促進全國互通有無，也是一件迫在眉睫的事。
因此，在統一六國之後，秦王嬴政首先做的第一件事便是更改國號和稱謂，將「大王「變為「皇帝「，自稱寡人，史稱秦始皇。為了防止各國貴族造反叛亂，他也想到了一個絕妙的辦法：當時臨洮傳來一條消息，說一個農民見到十二個巨人，民間還盛傳一首「渠去一，顯於金，百邪辟，百瑞生。」的童謠，秦始皇聽後，正中下懷，便假託徵兆，藉助天意，下令收繳民間所有的兵器，鑄成了十二個銅人，擺放在都城咸陽。
嬴政在征服六國後做的第二件事便是統一全國文字、貨幣和度量衡。其中文字是在秦國通用字大篆的基礎上，編制出小篆字，面向全國推行。在這方面，趙高和李斯成了擔綱人物，他們取材周宣王時期的大篆《史籀》，分別寫了《爰歷》六章和《倉頡》七章，作為規範字帖，向全國推廣，一時間出盡了風頭。
後面兩件事進展順利，偏偏罷在第一位的制度問題卻一直懸而未決,是實行郡縣制還是分封制，朝廷和民間都爭論很大，而且分封制還為大多數大臣推崇。
這天，嬴政又宣趙高進宮。
「聖上召臣下進宮，不會是為了下棋吧？」趙高笑嘻嘻地問。
「你那棋藝，還是免了吧！」此時正是百事待興之際，嬴政當然不會有這樣的閒情。
「那聖上召臣過來，是有重要任務交辦？」趙高其實已猜到了三分。
「這段時間，相關政務開展較為順利，但政制問題一直未能定下來，愛卿有什麼看法？」嬴政也沒轉彎抹角，直接徵求趙高的意見。
「據我所知，丞相王綰是支持分封制的。」趙高看了嬴政一眼，心裡另有盤算。
「你管別人怎麼想，寡人是問你的意見。」嬴政對趙高這種作派有點討厭。
「依臣之見，還是郡縣制好。」聽嬴政的語氣，趙高已經知道嬴政想要的答案。
「何以見得？」嬴政緩和了口氣，問。
「聖上您想想，您的大兒子扶蘇年僅二十歲，其他子女更小，且無叔兄可封，有實行分封制的條件麼？」既然定了方向，趙高就得找出否定分封制的理由。
「那為什麼還有這麼多人支持分封制？」嬴政不解地問。
「因為有人想從中得到好處，特別是那些立了功且跟公子們關係好的人。」趙高雖然沒有指出是誰，但已將矛頭對準了丞相王綰、御史大夫馮劫和蒙毅、蒙恬等人。
「朝中難道就沒有人支持郡縣制？」嬴政反問一句。
「有！」
「誰？」
「李斯。」
「那好，寡人明天就召集群臣議議這個問題，你通知李斯準備準備。」
聽到這兒，趙高總算明白嬴政召自己進宮的目的了，原來是想找個有份量的大臣來反對分封制，讓自己有個下台階。
第二天，秦始皇召集群臣討論制度問題，丞相王綰立即跳出來，力主實行分封制，理由是認為諸侯剛剛被打敗，燕國、齊國、楚國地處偏遠，不給它們設王，就無法鎮撫那裡，因此提出封立各位皇子為王。
廷尉李斯已收到了的風聲，立馬跳出來反擊說，周文王、周武王的時代，分封子弟和同姓親屬很多，但他們的後代逐漸疏遠了，互相攻擊，諸侯之間連年征戰，連周天子都無法阻止，因此現在應劃分成郡縣，對於皇子功臣，用公家的賦稅重重賞賜，這樣就很容易控制，天下人就沒有邪異之心，這才是使天下安寧的好辦法。
其實，李斯提出郡縣制也是有歷史和現實依據的，秦作為最晚被封的諸侯，看到了周分封制「大臣太重，封君太久，上逼主，下慮民」的弊病，加之秦國處於與犬戎相接的西陲邊境，軍事的需要迫使秦設縣，管理邊境偏遠地方。秦國第一次設縣是秦武公十年，直到秦孝公十二年，商鞅變法，大範圍設郡縣，集中鄉邑成三十一縣，統一管理。同時，「令民為什伍，而相牧司連坐」，形成了嚴密的基層地方組織。加上「為田開阡陌封疆，而賦稅平」，賦稅的收取為郡縣製做了物質保障。同時，郡縣制也為賦稅的收取做了制度保障，可以說，兩者之間配合非常密切。所以，郡縣制有著重要和歷史淵源。
對於兩人的爭論，秦始皇假腥腥地作了點評和肯定，但最終還是採納李斯的建議，因為當時嫪毐叛亂使他認識到，一旦分封權臣侯王，讓他們有了封地，便招會攬門客，配置自己的勢力，等到實力壯大，形成尾大不掉之勢，便會對中央政權形成威脅。
所謂郡縣制，其中的郡是中央政府轄下的地方行政單位，其組織機構與中央政府略同，設有郡守、郡尉、郡監(監御史)，其中，郡守為一郡最高行政長官，掌全郡政務，直接受中央政府節制;郡尉輔佐郡守，掌管全郡軍事;郡監，掌監察工作。郡以下則設縣或道。縣是秦朝統治機構中關鍵的一級組織，是從中央到地方政府機構中具有相對獨立性的一個單位。內地設縣，邊地少數民族地區設道。滿萬戶以上的縣設縣令，不滿萬戶的設縣長。令、長為一縣之首，掌全縣政務，受郡守節制。縣令下設尉、丞。尉，掌全縣軍事和治安;丞，為縣令或縣長的助手，掌全縣司法。縣以下則設鄉、里和亭。鄉和里是行政機構，亭為治安組織。鄉設三老、嗇夫和游徼。三老掌教化，嗇夫掌訴訟和稅收，游徼掌治安。鄉以下為里，是秦國最基層的行政單位。里設里正或里典，其職能除與鄉政權職能大體相同外，還有組織生產的任務。此外，還有司治安、禁盜賊的專門機構亭。秦規定，兩亭之間相隔十里，設亭長。亭遍布於城鄉各要地。鄉里的作用逐漸強化，並超過郡縣，民間有知鄉里，不知郡縣的說法。
郡縣制的設立，從根本上否定了分封制，打破了西周以來分封割據的狀況，中央通過考課和監察加強了中央對地方的管理，有利於防止地方割據分裂，有力地維護了國家的統一。同時，郡守每年秋冬都要向中央朝廷申報一年的治狀，縣也同樣要上集簿於郡，中央或郡即在這時各對其下屬進行考核，有功者可受獎賞或升遷，有過者輕則貶秩，重則免官、服刑。和考課相輔而行的是監察制，中央派郡監或刺史以監郡，郡縣也各派督郵或廷掾以監縣或鄉。刺史、督郵等可隨時按劾有罪贓的守、令或其他官吏。由於自上而下的層層督課，使得中央政令能較為順利地貫徹到最基層，保證了政令的劃一性。
郡縣制的實施，也為李斯積累了豐厚的政治資本，不久，他被任命為丞相，與王綰、馮劫平起平坐。