跟著前來傳達皇上口諭的小太監，朱燮元很快便進了紫禁城，到了文華殿外等候。剛到文華殿外不久，便又有另外一個小太監，前來傳達皇上的口諭，找朱夔元到乾清宮面聖。
無奈之下，朱燮元只得又跟著小太監，去了乾清宮外。到了乾清宮外後，不等通報，那個小太監便直接帶著朱燮元走進了乾清宮。
乾清宮中，參加御前朝議的文武大臣已經散去，只有大明帝國的皇帝朱由檢，還在龍椅上，看著身前御案上的奏摺和條陳。
跟在小太監的身後，朱燮元走到了朱由檢近前，小太監躬身行禮說道：「皇上，朱大人到了。」
朱燮元則跪倒在地，山呼萬歲道：「臣朱燮元，拜見吾皇，吾皇萬歲萬歲萬萬歲。」
朱由檢將手中的奏摺放了下來，起身離開龍椅，幾步走到朱燮元跟前，躬身攙扶起朱燮元，說道：「朱愛卿快快請起！」
「謝皇上。」朱燮元再次行禮後，這才從地上爬了起來。
等朱燮元直起身來後，朱由檢這才又說道：「愛卿驟失至親，本該在家奉祀，朝廷也不該不顧天理倫常，奪情起復。只是……」
說著，略微停頓了一下，朱由檢才又說道：「愛卿，西南戰事，曠日持久，耗費錢糧無算，兵火連結，百姓苦不堪言。為天下百姓計，朕也只能罔顧倫常，奪情起復了，還望愛卿不要怪罪於朕。」
「陛下言重了，自古忠孝不能兩全，於孝，臣父病逝，臣未能盡孝榻前，已然不孝。臣若是再不能忠於王事，那豈不是不忠不孝之人？不孝之事，臣已為之，不忠之舉，臣斷不敢做！」
「愛卿真乃忠義之人也！」朱由檢感慨地稱讚了一句，停頓了一下，然後才又說道：「愛卿，西南戰事，愛卿可還有何疑慮？要錢要兵，儘管直言，朕能夠做到的，一定照准。」
「多謝皇上。」朱燮元再次躬身行禮說道，「皇上不以臣卑鄙，委以西南三省之軍務，臣怎敢不殫精竭慮，以報聖上隆恩？西南數省，兵精將廣，足堪驅用。只是……」
「只是什麼？愛卿儘管直言。」
「皇上，平定西南少民之亂，以三省之兵、糧、器、械，便足以敷用了。只是川蜀自古以來，便稱天府之國，奢、安之亂，兵火連結，百姓流離失所，臣恐怕，數年之內，川蜀糧草，恐怕很難有什麼盈餘啊。」
聽了朱燮元的話，朱由檢不由得微微鬆了一口氣，說道：「無妨，只要能夠平定西南少民之亂，朕便免了雲貴川三省三年稅賦！」
「皇上聖明，臣代雲貴川三省百萬黎民，多謝皇上隆恩。」朱燮元跪倒在地，再次朝朱由檢磕頭行禮說道。
「愛卿快快請起。」朱由檢急忙又上前攙扶起朱燮元說道，說著，略微停頓了一下，又說道：「愛卿還有什麼要求，儘管直言。」
朱燮元微微遲疑猶豫了一下，然後才又說道：「皇上，奢、安之亂，亂在民生。臣以為，平定奢安之亂易，穩定西南邊疆，難！」
聽了朱燮元的話，朱由檢不由得微微愣了一下，旋即又說道：「那愛卿可有妙策，以定西南？」
朱燮元咬了咬牙，旋即說道：「有，但是很難！」
朱由檢一愣，旋即說道：「愛卿不妨說說？」
「西南少民雜居，為了穩定西南邊疆，歷朝歷代，皆已羈縻為主，以至於西南三省，土司林立，一山一硐，便是一州一司。」
說著，略微停頓了一下，朱燮元才又接著說道：「大者加官宣慰使、宣撫使，小者御夷州、御夷長官司等。且這些府、州、土司，父死子繼，世襲罔替，儼然一獨立之王國也！」
聽了朱燮元的話，朱由檢不由得又微微愣了一下，在後世的時候，他就聽說過土司制度，嗯，在西南邊疆少民聚居之地，好像一直以來，都是實行的是土司制度，任用當地的少民部族頭領、首領，為土司府的長官，父死子繼，兄終弟及。
嗯，就跟朱燮元所說的一樣，這些大大小小的土司，就像是一個又一個的獨立小王國，關上門來後，這些土司，可不就是一個又一個的土皇帝麼？
後來這土司制度是怎麼消亡的來著？
朱由檢絞盡腦汁的想了半天，才猛地想起一個名詞來——改土歸流！
對，就是改土歸流！將土司改為流官，取消羈縻州府的設置，實行跟內地一樣的府縣制，最多再在府和縣中間，再加上州一級的地方行政區劃！
想到這些，朱由檢才又瞧著朱燮元，說道：「愛卿，您的意思是，改土歸流？」
聽了朱由檢的話，朱燮元不由得微微愣了一下，失聲說道：「改土歸流？將土司改為流官？」說到這裡，朱燮元兩眼不由自主地一亮，急聲說道：「是的皇上，臣之意，就是改土歸流！」
說著，略微停頓了一下，朱燮元又說道：「萬曆二十八年，播州宣慰司宣慰使楊應龍叛亂，兵敗自盡，朝廷改播州宣慰司為遵義、平越二府，委任流官以治之。」
說著，略微挺孤單了呢一下，朱燮元才又接著說道：「這便是皇上所說的改土歸流。臣之策，亦是如此。」
朱由檢微微點了點頭，瞧著朱燮元說道：「愛卿，西南少民眾多，大小土司林立，要改土歸流，恐非易事啊。」
「皇上聖明，若是驟然全都改土歸流，必定引起西南眾多土司的聯合反抗，故而，要改土歸流，絕非一朝一夕之事，而需數十年之功，甚至更久！」
朱由檢微微點了點頭，說道：「愛卿心中，可有成算了？」
朱燮元微微頷首，伸手比了個三，說道：「無非三言，遠交近攻，先弱後強，先疏後親。」
聽了朱燮元的話，朱由檢不由得又微微點了點頭，區區十二個字，便已經將朱燮元對待西南邊民，改土歸流的決策，已經說得很清楚了！
微微點了點頭後，朱由檢這才又瞧著朱燮元說道：「西南有愛卿坐鎮，朕可以高枕無憂矣！」