工藤新一的鄰居阿笠博士，一個獨居的天才發明家，在柯南的眼裡是一個很能整活的人，比如和他的爸爸媽媽一起裝成黑衣組織成員綁架他，然後被警察叔叔以綁架兒童、擾亂社會治安、占用警力資源等罪名被拘留。
但柯南是真的想像不到，等到盂蘭盆節假期結束後，開學的第一天阿笠博士就給他又整了個大活。
也就是班上新的轉學生，現在坐在他的面前，將將自己的身世娓娓道來的小女孩。她現在的名字叫做灰原哀，過去的代號是雪莉。
「……，無處可去的我，只能仰賴工藤新一你一個人了。」小女孩坐在沙發上，淡然的說道：「我想同為組織叛徒的你，一定會理解我的。」
「開什麼玩笑！」柯南憤怒的爆發了：「我怎麼可能會理解你這個製造殺人毒藥的……等下，你剛才說『組織叛徒』？」
「啊啦？」灰原哀還有些奇怪柯南的反應：「拒絕繼續研究、吃下這個藥物逃出組織的我，已經毫無疑問是叛徒了吧？」
「這我當然知道，但『同為組織叛徒』是什麼意思？」
「你該不會以外這是能瞞過去的事情吧？」灰原哀的表情有些嘲笑：「組織交給我的名單可是清楚的寫了：工藤新一，狀態不明，需要確認其是否死亡，備註——原為組織成員，因背叛被處決，也許與FBI或其他情報機構有聯繫。」
「納……納尼？」
柯南一臉懵逼。
「新一！」柯南身後的阿笠博士也叉著腰，低頭氣呼呼的看著他：「小哀告訴我這件事的時候我也很驚訝，你居然連我都一起瞞著！」
「你現在給我說清楚，你到底是什麼時候臥底到那個組織的？優作他知道這件事嗎？」
畢竟是自己看著長大的孩子，阿笠博士向下以工藤新一的身份當然不可能是『真酒』，他很快就認為工藤新一為了某個原因作為臥底加入了黑衣組織。
「不是，等等……」柯南都不知道他應該從哪一條開始否認了，語無倫次揮舞了半天手，才整理出頭緒來：「我根本就沒加入過那個黑衣組織啊！那天在熱帶公園是我第一次遇到那兩人！」
「我都說的這麼清楚了，還不肯承認嗎？」灰原哀有些疑惑的歪了歪頭：「明明對工藤新一的身份並不否認，那就並非是對我的身份感到懷疑了。」
她看向柯南身後的阿笠博士：「你百般否認的原因，難道是你對博士不能信任嗎？」
「柯南——！」阿笠博士叉著腰，低頭看著柯南：「我要生氣了哦！」
說著，阿笠博士像河豚一樣鼓起了腮幫子。
「我當然很信任你了博士！我變小的事情可是第一時間就告訴你了！」柯南轉身安撫已經氣嘟嘟的阿笠博士：「但我的真的沒有加入那個組織啊，我怎麼可能會加入犯罪組織呢！」
「喂喂，你這該不會是挑撥我和博士之間關係的離間計吧？」柯南回過頭又看向灰原哀：「還是說組織是不是弄錯了什麼，所謂的組織叛徒應該是名單上面或下面的那個人，寫名單的人弄錯了行吧？」
「你還真是嘴硬啊，大偵探。💢♬ ➅９ⓢ𝓱𝓾Ж.ｃ๏𝓜 👊🎃」灰原哀嘆了口氣，感到無趣的擺擺手：「算了，你說是就是吧，就當做是琴酒搞錯了吧。」
「喂喂，你這根本就是不信啊……」
算了，柯南不想和這個組織里逃出來的藥物研發者浪費口水了，他轉身看向阿笠博士，博士的看法才是最重要的。
博士與灰原哀如出一轍的擺擺手：「你說是就是吧，就當是那個組織搞錯了吧。」
「你們信我啊！」
柯南絕望的栽倒在沙發上，思考該如何證明自己不是臥底更不是叛徒……不對，是證明自己根本不是黑衣組織的成員。
這時，他身上的手機響了。
應該是小蘭催他回家吃飯吧，這樣想著，柯南看也沒看就接通了電話。
「新一啊，好久不見了。」
然而電話接通之後，對面卻是一個中年男人親熱的聲音，而且他找的明顯是『工藤新一』。
忘記了！柯南又是一慌，前天的那起案件，屬於江戶川柯南的手機已經被戶十研人砸碎了，現在他手中的是應該屬於工藤新一的手機。
『新一機』平時狀態下當然是關機的，但之前從學校回來的路上，灰原哀發揮了演技讓他以為阿笠博士已經遭到了組織的黑手，他慌張的拿出了屬於工藤新一的電話，開機往阿笠博士家打電話。
柯南慌慌張張的拿起脖子上的變聲器，扭成工藤新一的聲音說話：「鈴……鈴木叔叔？」
電話的另一端，是鈴木園子的爸爸，鈴木史郎。
工藤新一毛利蘭和鈴木園子，三個人從上幼兒園開始就認識了，園子的性格又大大咧咧的，他們時常去園子家做客，對園子的父母和姐姐也很熟悉。
不過工藤新一和鈴木史郎並沒有交換過電話號碼，應該是鈴木史郎從園子那裡要來的電話號碼。
「鈴木叔叔，有什麼事情嗎？」
聽著柯南用工藤新一的聲音講電話，灰原哀的表情有些不喜。
「新一啊，我聽園子說，你最近可很久沒有上學了，遇到麻煩事情了嗎？」說正事之前，鈴木史郎先閒聊了幾句。
誰說的，我可是天天都有上學……，柯南抽了抽嘴角，用敷衍小蘭時一樣的理由說道：「沒什麼麻煩啦，只不過接到一個很特別的委託，需要花很長時間罷了。」
「哦哦，這樣啊。」鈴木史郎好像放心了：「如果遇到麻煩了，儘管來找叔叔我哦。」
然後鈴木史郎才進入正題：「那新一啊，你最近有時間嗎？」
「叔叔案件要委託嗎？」柯南隱約懂了。
「差不多吧，新一你知道怪盜1412嗎？」
「小偷啊……不知道。」一聽是抓小偷，柯南感到有些無趣。
「那可不是一般的小偷啊，實際上那位怪盜給我發了預告函，想要偷走我們家的一顆寶石，新一你有沒有興趣來幫幫我啊？」鈴木史郎說道：「雖然說已經聯繫了警方，也請了小蘭的爸爸毛利先生，但我總覺得還要加上你才能放心啊。」
「時間呢？」雖然根本沒有辦法去接受這個委託，但柯南依然問道。
「預告函上是9月10號，還有近一個月呢。」鈴木史郎說道：「怎麼樣新一，能不能把時間騰出來？」
「真的很抱歉。」柯南推辭道：「我恐怕騰不出時間來……不過，我給您推薦另一位偵探吧？」
「他叫烏丸酒良，平時是一家酒吧老闆，作為偵探的名氣並不是很大，但實力非常強。」一想起烏丸先生，柯南就興奮了起來：「我覺得他的推理能力比我還要高明那麼一……一丟丟……或者多一點，有烏丸先生在，一定能把您把那個怪盜抓住的。」
又寒暄了幾句，柯南放下了電話，發現灰原哀正在用非常複雜的眼神看著他。
「幹嘛？」柯南沒好氣的問道。
「你就這樣用自己的身份和別人打電話，不怕黑衣組織知道你還活著嗎？」灰原哀問道：「如果你被組織盯上了，在博士家借住的我恐怕也不會好過。」
「我一直都是這麼用工藤新一的身份跟小蘭打電話。」柯南不好意思承認自己隨手接電話是馬虎了，他倔強的說道：「反正我都成組織叛徒了，還有什麼好怕的，如果你擔心被我連累的話，還是圓潤的快走吧。」
「啊，對了。」灰原哀又說道：「剛剛你打電話的時候，我突然想起來一件事……姐姐……軟盤……藥物數據……教授……如果拿到那張軟盤的話，說不定能給我研究解藥提供很多幫助。」
「走！去看看！」一聽這話，柯南立刻蹦了起來。