由於不少人對變形金剛的歷史不熟悉，所以很有必要在這裡把前情背景進行簡要說明一下。這件事還要追溯到很久很久以前的第二次世界大戰時期。當時邪惡的霸天虎妄圖藉助納粹去統治整個世界，但正義的汽車人則與人類並肩作戰，共同對抗法西斯軍團。於是，這兩個陣營之間的激烈戰鬥便遍及了全球各地，導致生靈塗炭、民不聊生。
在汽車人的隊伍中有一個醫療兵叫阿爾茜（載具形態是一輛微型救護車），但實際上她卻是霸天虎安插在汽車人集團中的一名臥底。阿爾茜充分利用自己的職務之便，順利地竊取了有關塞伯坦初始能量的機密，準備將其交給霸天虎，而這些機密也將成為霸天虎對抗汽車人部隊時的殺手鐧。
然而，命運似乎總是喜歡開玩笑，就在阿爾茜前往非洲執行一項秘密任務時，不幸的事情發生了。她的叛徒身份竟然被同行的馬克4型坦克「鬥牛犬」無意間識破了。面對這一突發情況，鬥牛犬深知阿爾茜的存在對於整個汽車人團隊來說都是一個巨大的威脅。為了維護汽車人的團結與穩定，避免負面輿論對團隊造成更大的傷害，鬥牛犬不得不做出一個艱難的決定——在這次任務中順手除掉阿爾茜，以消除這個隱患。
於是，鬥牛犬心生一計。他故意編造出自己發現了新的神秘能量源的謊言，成功地誘騙阿爾茜一同前往非洲東南部海域的一座活火山。當他們抵達火山口時，鬥牛犬突然轉身，一把抱住了毫無防備的阿爾茜，並迅速跳入了滾滾岩漿之中。與此同時，他毫不猶豫地點燃了腰間的手榴彈……
手榴彈爆炸所產生的巨大衝擊波，如同引發了一場末日般的災難。它瞬間引發了一系列的連鎖反應，使得這座本就已極端不穩定的活火山爆發出前所未有的猛烈噴發。滾燙的岩漿如同一股毀滅的洪流，肆虐著周圍的一切。這場可怕的火山爆發甚至將整座火山島徹底夷為平地，抹去了一切曾經存在過的痕跡。
然而，就在火山劇烈爆炸前一秒，鬥牛犬及時變回了坦克形態，憑藉其堅固無比的裝甲，成功避免了粉身碎骨的厄運。最終，他被強大的衝擊波遠遠地拋射出去，降落在距離事發地點上百公里之外的一座荒島上，完全失去了意識，進入假死狀態。
與此同時，叛徒阿爾茜的運氣卻糟糕透頂。在爆炸發生前，她唯一能夠做的就是向霸天虎發出求救信號，希望他們能夠拯救自己。然而，無情的現實並沒有給她帶來任何幫助。隨著一連串毀天滅地的爆炸，她的身軀被炸得四分五裂，殘骸伴隨著熾熱的熔岩散落至周圍數百平方公里的範圍內。她所竊取的塞伯坦機密也在這個過程中不知所蹤。
時光荏苒，轉眼間許多年過去，地球成為了汽車人與霸天虎之間激烈戰鬥的舞台。這些驚心動魄的戰鬥使得眾多曾經英勇無畏的戰士們遭受重創，有的壯烈犧牲，有的身負重傷。即使那些幸運存活下來的戰士，也無法再與人類相抗衡。面對這樣殘酷的現實，倖存的變形金剛們——無論是汽車人還是霸天虎——都別無選擇，只能紛紛選擇歸隱田園，將自己偽裝成各種載具形態，悄然離開人類的視線，在遙遠的天涯海角過起隱居生活。
然而，在霸天虎的隊伍中有這樣一個角色，他在隱匿身份多年之後，決心重新出山，試圖在地球這個舞台上再次掀起一陣風浪。這個人就是紅蜘蛛，那架曾經藏匿在艾森豪號航空母艦上的 F-16 戰鬥機！
命運似乎總是充滿戲劇性，就在紅蜘蛛準備大幹一場的時候，發生了一件意想不到的事情：在那次導致航母失去動力的加拿大飛彈誤射事件中，紅蜘蛛不幸遭受了爆炸衝擊波的嚴重傷害，從此喪失了變形能力，只能以戰鬥機形態存在，還有一條機械手臂勉強能活動。因此，他不得不暫時放棄自己的野心，不甘心地留在廢棄的航母里，期盼著有一天能夠掌握有關塞伯坦能量源的秘密，從而實現自我修復。
直到有一天，他偶然間遇到了一個名叫張敏的地球女性，這個女人十分聰明並且充滿了活力，給他留下了非常深刻的印象。然而，第一次見到張敏的時候，她還是一個完整的人；第二次再見面時，張敏就只剩下上半身的身體了；而當第三次見到她時，張敏已經變得渾身潰爛，病情嚴重到了無藥可治的地步。
原來，張敏在遭受了島上毒蟲的叮咬之後，每天晚上都會強忍著病痛，拖著疲憊不堪的上半身在廢棄的航母里尋找藥物和治療方法。就在她路過 F16 戰鬥機的時候，突然又一次陷入了深度昏迷之中。幸運的是，紅蜘蛛及時將她救了下來。
不知道為什麼，紅蜘蛛隱約感覺到這個人類女孩可能有著特殊的使命，可以肩負起光復霸天虎的重任。但遺憾的是，她馬上就要死去了。
在深思熟慮之後，紅蜘蛛決定冒險一試。它取出了自己體內珍藏多年的珍貴火種，並嘗試性地將其放入了張敏的體內。
火種那無比強大的能量，以摧枯拉朽之勢戰勝了張敏體內的劇毒，同時也讓她的生物鐘永遠定格在了 28 歲！也就是說，只要不把火種還給紅蜘蛛，那麼在未來的日子裡，張敏既不會衰老，也不會生病，還會擁有極強的自愈能力！
不過，正所謂「物極必反」，由於火種能量太過強大，而人類的身體又過於脆弱，所以即便張敏已經成功融合了火種，但她還是承受不住如此龐大的能量，直接陷入了昏迷之中。就這樣，整整過了五年時間，張敏才終於從昏迷中慢慢甦醒了過來。
在這五年中的第一年，馬蘇的亡魂也順著大海找到了這個地方。看著眼前躺在冰冷地板上的張敏，馬蘇傷心欲絕，不斷試圖喚醒好友。就在這時，旁邊的紅蜘蛛發現了馬蘇的到來。他認識馬蘇，所以便趁著馬蘇不備，偷偷使用塞伯坦壓縮技術將她的亡魂捕獲到了一個512KB的相位存儲器中。而紅蜘蛛之所以這麼做，就是想將馬蘇的亡魂當成自己手中的一張王牌，以便日後能夠要挾和控制張敏。
張敏甦醒後，意識十分恍惚。紅蜘蛛用戰鬥機形態與她交流，開始對她進行狂熱的洗腦。他向張敏透露了塞伯坦文明的秘密，以及關於火種的基本知識。張敏的大腦被這些信息充斥著，很快接受並理解其中的奧秘。見張敏如此聰敏，紅蜘蛛決定將她培養成霸天虎集團的一員，於是教給她如何運用火種的基礎技巧，比如如何喚醒體內的火種能力等等。
將張敏強行拉入組織之後，紅蜘蛛下達了第一個任務指令——找到並帶回阿爾茜的殘骸。他告訴張敏，幾十年前，阿爾茜發出了最後的求救信號，而那個位置正好就在張敏曾經居住的荒島附近。此外，紅蜘蛛還提到在這個地方附近有一座神秘的蛇島，也許那裡能得到更多有關阿爾茜的線索和幫助。
得到任務後的張敏立刻啟動了火種的力量，將自己傳送回了位於荒島上的下半身。當兩半身體重新結合時，張敏感到一股強大的力量湧上心頭，她的身體也隨之變得完整，再也不會不受控制地被傳送回艾森豪號上了。然而，在她的潛意識深處，"小草"的天真善良人格仍然存在，偶爾會突然冒出來占據和控制她的身體。
為了完成紅蜘蛛交代的任務，張敏和布歐共同打造了一艘木帆船，隨後一同踏上了前往蛇島的征程。經過一段漫長的航行，他們終於抵達了傳說中的目的地——蛇島。可就在此時，不幸降臨，張敏和布歐被蛇島的主人美杜莎所擒獲，命運似乎又一次捉弄了他們。
作為蛇島的第33任統治者，這群名為美杜莎的生物集合體已經生存了上百年之久。美杜莎的身體由數千條大小不一的蛇組成，能夠隨意變換身體形狀，並能召喚和控制任意蛇類。它們對破壞自然的人類保持著天然的敵意，卻把紅蜘蛛奉為上神，具體原因先不做贅述。
時至今日，美杜莎依然記得那場驚天動地的火山爆發，這場災難幾乎將整個南半球短暫拉入冰河時期。在那漫天飄舞火山灰的日子裡，它們帶領著群蛇，在島上努力尋找安全的避難所。
在逃亡的過程中，美杜莎偶然間在山坡上發現了一個奇怪的物體，它看起來像是一枚巨大的圓形炮彈，深深地嵌入了泥土之中。這個奇特的發現引起了它們的好奇心，但由於當時的緊迫情況，並沒有太多時間去研究這個物體，只大概看出那東西由金屬構成，直徑大約 60 公分，外表裹著一層金屬外殼，冰冷而堅硬，閃爍著冷冽的寒光。
它的外形酷似戴著頭盔的人類頭顱，但尺寸卻要大上三倍，仿佛巨人一般。整個物體沉甸甸的，估計重量至少有兩三百公斤。由於破損過於嚴重，表面的金屬外殼破裂、扭曲，露出裡面錯綜複雜的機械結構。原本應該是眼睛的位置現在只剩下兩個空洞，像是被什麼東西挖掉了一樣。從這兩個黑洞洞的眼眶裡，可以看到內部複雜的機械零件，似乎還殘留著一些能量波動。鼻子也已經消失不見，只有一道深深的裂縫貫穿整個臉部，讓人無法想像它曾經的模樣，只能隱約看出面部線條相對較為柔和。
美杜莎當時只顧著帶領族群逃難，根本沒把這事放在心上，畢竟對於它們來說，生存才是最重要的。這件事很快就被遺忘了，時間一天天過去，記憶漸漸模糊，這件事也被深埋在了腦海深處。
然而，這次張敏等人的突然造訪，再次喚醒了美杜莎對往事的回憶。它們不禁想起了那個神秘的「鐵疙瘩」，以及當初自己的初步分析。仔細一想，那東西確實挺像變形金剛的，和紅蜘蛛大人屬於同一族群。
於是，美杜莎把幾十年前的這個發現告訴了張敏。張敏聽完後，眼睛頓時一亮，立即斷定那個金屬頭顱就是阿爾茜。畢竟，從時間、地點和外貌等方面來看，兩者完全吻合！
張敏興奮地問美杜莎：「可以帶我們兩個去那座掩埋著金屬頭顱的山嗎？」然而，美杜莎卻搖了搖頭，表示只願意帶她一個人去。
「你那位同伴可能需要很長時間才能醒來，黑曼巴會在這裡陪著他。」美杜莎吐著信子幽幽地說道。黑曼巴，也就是那條長達三十多米的叢林巨蚺，正是美杜莎最喜歡的寵物之一。
張敏心中明白，美杜莎這是在用布歐來要挾自己。但此刻，她也沒有別的辦法可想，只好暫時委屈一下布歐作為人質，等到合適的時機再回來找他。
於是，在蛇女美杜莎的帶領下，張敏獨自一人踏上了尋找阿爾茜頭顱的征途。
整座蛇島實際上主要由高低起伏、蜿蜒迴轉的狹長山脊構成，從天上看，就像一條盤踞在茫茫大海中的巨蛇，從頭到尾長達80公里，如果選擇步行的話，至少需要兩天時間才能走完全程。
而此時的張敏正處於蛇島的中部，這裡地勢相對平坦一些，屬於整個島嶼的低洼區域。她的目的地則是位於蛇頸的位置，兩者之間的距離約為10多公里，其間落差達到了四百多米，山丘起伏更是數不勝數。
如此艱辛的路程，對於剛剛甦醒的張敏來說無疑是巨大的挑戰，可對於美杜莎而言卻是易如反掌。只見她輕輕抖動著身軀，身體瞬間分裂成無數條綠色的小蛇，然後沿著崎嶇的山路蜿蜒爬行。
張敏只能深一腳淺一腳地跟在泱泱蛇群後面，手中緊緊握著燃燒的火把，小心翼翼地用火把照亮腳下的山路，亦步亦趨地緊緊跟隨。