因為軍委會動作非常快，所以部隊在九州島的行動很成功。九州大部分藩主都加入了薩摩藩領導的九州聯軍，根本沒想到遠東會對她們發動攻擊。而且還是喪心病狂的斬草除根，整個九州的大名藩主，除了薩摩藩的島津家，其餘的大名都被剷除的一乾二淨。
經過近一個月的掃蕩整肅行動，遠東用鐵血的政策，讓九州島各地的治安逐漸好轉。這期間大名藩主和她們的家眷，以及他們的家臣武士，不是在戰場上斬殺殆盡，就是被軍委會秘密的組團處理掉了。
少數僥倖逃脫的武士和足輕，雖然在接下來的一段時間裡，給遠東軍帶來了一些麻煩，但也在隨後遠東兇殘的掃蕩中，清理得乾乾淨淨。
當然，所有參戰的遠東軍各部隊，都打著薩摩藩的旗號。反正目前九州島只有薩摩藩的島津家還在。以後就算是薩摩島津家怎麼解釋，也沒有人會相信他們了。
九州島穩定下來以後，民委會工作小組也趕到了九州島，他們將九州各地的土地進行了重新的規劃，然後對島上的日本底層百姓，按照支隊、大隊和中隊的重新進行了整編。
並且將九州島的土地平均分配給每家每戶，和原來一樣，每年的各家的收穫需上繳六成，但是卻沒有了地租，只是將每年農閒期間的勞役，增加到三個月。
對於遠東的土地政策，九州各地的底層百姓，還是歡欣鼓舞的。畢竟以後不需再繳納地租，每年多少也會剩餘不少的餘糧。至於誰做他們的領主，他們根本就不去關心，吃飽肚子才是最重要的。
遠東對他們進行整編，對九州各地的底層平民來說，他們反而喜歡這樣的安排。日本人的天性就是如此，生怕被集體拋棄，只有活在集體的環境裡，他們才覺得踏實。
公司也會根據日本人的這種尿性，以後會在外東北、南洋、新疆等偏遠地區，建立大批的國營農場，逐步將這些日本人遷徙過去，開發這些地區的農業資源。
另外，公司以後會大規模開發澳大利亞、中南半島、西伯利亞等地礦產資源，小日本絕對是最好的礦工苦力，只要不讓他們餓著，一個比一個能幹。
反正日本各島的小日本，絕對不能再讓他們聚在一起了，把這幫小日本拆散了，他們屁都不是，但若是湊在一起早晚會出事兒。
隨著九州各地的逐步安定，軍委會也慢慢的把這裡的民事工作交由民委會工作小組接手。軍委會也開始為日本戰役下一階段的行動做積極的準備。
目前薩摩藩組織的九州聯軍，在得到了遠東的支援後，組建了九州師團，並重新屯兵數萬於大阪城下。九州師團數萬精銳，做出一副要進攻大阪的勢態，讓大阪的幕府聯軍如臨大敵，他們在大阪防線修建了大批的土木工事，並將十餘萬大軍布置在這條堅固的防線上。
雖然看著人數不少，但除了幕府聯軍的幾萬精銳，剩下的都是日本本州島各地大名派來增員的兵馬，以及大批拿著竹槍的各地平民，大都是一盤散沙，屬於烏合之眾。
這段時間九州師團做足了姿態，可就是不急於進攻。而是天天組織部隊進行訓練，偶爾派一些些的部隊，對大阪防線做一些試探進攻。幕府聯軍當然也不敢進攻，他們見識到了遠東的火力，知道和九州師團野戰就是送死，所以只能躲在嚴密的土木工事裡，緊張的等待著遠東的進攻。
他們沒有絲毫的放鬆，時時刻刻警惕九州師團的進攻，並不敢掉以輕心。畢竟上次被遠東的一通暴揍，打得膽戰心驚，只是寄望于堅固的土木工事，試圖擋住九州師團的進攻。
德川幕府也曾數次派人來到了九州師團，和島津忠恆見了面，希望雙方進行和談，並提出了與薩摩島津家共治天下的想法。但島津忠恆看到現在的形勢，哪還能放棄問鼎天下的野心，直接提出了極為苛刻的條件，打消了德川家的野望。
軍委會用九州師團在大阪牽制了德川家的主力，使得軍委會有了充足的時間，解決九州島和四國島上的各個大名藩主。
九州島的行動順利的完成以後，軍委會的矛頭，也指向了下一個目標，日本的四國島。
四國島位於本州西南部中國地方的南方，九州的東北方，與本州之間以瀨戶內海相隔。北臨瀨戶內海，南瀕太平洋，東隔鳴門海峽、紀伊水道與本州的近畿地方為鄰，西隔豐予海峽、豐後水道與九州相望。連同屬島面積約18800平方公里
幕府時代的四國島共有阿波、贊岐、伊予、土佐四國，分別有蜂須賀氏、生駒氏、山內家，以及松山、宇和島、大洲、今治等小藩共同統治。
軍委會進攻九州島期間，海軍部就派出了大批的戰艦，徹底的封鎖了四國島和本州島的沿海地區。只要發現船隻一律俘獲，敢於抵抗和逃走，馬上就會被擊沉，沿岸的船隻就算拖到了岸上，但是也大都被遠東軍登陸焚毀，使得四國島和本州島也失去了的所有聯繫。
另外，九州師團也派出了部隊，在海軍部的配合支援下，逐步占領了四國和九州之間海域的江田島、蒼橋島、能美島、大崎下島、大崎上島、大久野島、大三島、伯方島、弓削島、嚴城島、生口島等各個島嶼。
面對遠東艦隊的兇猛火力，九州師團並沒有費什麼力氣，僅用了不到一個月的時間，就將這些島嶼輕鬆的拿了下來。
這個時代這些島嶼上都沒有多少人，為了保證進攻四國島行動的順利實施，所以薩摩藩在遠東的授意下，將這些島上的居民，不分男女老少全部斬殺殆盡。
四國島上的蜂須賀氏、生駒氏、山內家，以及松山、宇和島、大洲、今治等小藩，雖然不知道遠東已經掃平了九州島，但是他們依然從中嗅到了危險的氣息，都不約而同的開始加強軍備。