胡國勝讓島津忠恆對薩摩藩和九州各地的武士和足輕，進行一番整編，所有部隊全部打亂編制，統一整編為薩摩敢死軍。
這裡的薩摩藩和九州各地大名的組成的九州聯軍，經過幾個月的鏖戰，最後剩下的只有不到兩萬人了，但都是薩摩和九州各藩最後的精銳。
薩摩藩的統一整編，其實也就算是吞併了九州各藩最後的精銳。雖然武士們還保留著對各自家主的效忠。但目前的形勢是，占據九州聯軍大多數的足輕，都是誰給我飯糰，我就跟著誰混。
足輕的心思很簡單，他們身處異地鏖戰了幾個月，好容易從死人堆里爬出來，遠東的強大，早就把他們震撼得五體投地，薩摩藩代表的是遠東的意志，他們當然知道，這個時候只有依靠遠東的力量，才能最後活著回到九州島。
九州各地的其他藩主，也不敢有絲毫的反抗，只能聽任薩摩將自己手下的足輕相繼吞併。好在此次整編，並不包括九州各地藩主的家族武士。
新編的薩摩敢死軍，分為兩個旅團，與遠東新訓的敢死軍旅團共同組建了敢死軍九州師團，總編制為兩萬多人。
九州師團的師團長，由島津忠恆擔任。但是三個副師團長都是遠東新訓敢死軍的骨幹擔任。而且師團的各個小隊、中隊、大隊、聯隊的主官，全部由遠東新訓旅團抽調的幹部、士官擔任，副手則是由薩摩藩的武士擔任。
九州師團整編結束後，就在播磨南部沿海的遠東南部軍團的基地里，進行了為期十天的集訓。得到了遠東的大規模補給，九州師團也迅速的恢復了戰鬥力，隨時都可以戰鬥。
遠東的突然介入，使得原本山窮水盡的九州聯軍起死回生，並依靠強大的火力，擊潰了幕府聯軍的主力。雖然僅僅擊斃了不到萬人，但是對德川幕府、九州叛軍和各地大名心理上的打擊，卻是極為致命的。
從播磨南部沿海逃回去幕府聯軍，無論是武士還是足輕，短期內已經基本喪失了戰鬥力，士氣非常的低迷，甚至出現了大批足輕逃跑的事情發生。德川幕府聯軍也大肆收縮防線，退到了交戰之初的地域，此次倒幕戰爭彷佛又回到了原點。
幕府聯軍放棄了大部分防線，卻加強了大阪和京都防禦，幾乎傾盡了所有的精銳，在大阪和京都附近大量建築土木工事，企圖依靠堅固的工事，阻擋遠東的進攻。
幾個月的消耗戰，幕府軍和九州聯軍的兵力都損耗了不少。兵力不足的雙方，只好用錢僱傭了很多的流浪武士，還招募了大批在戰爭中失去家園的平民，把他們訓練成臨時足輕。
尤其是德川幕府軍，在戰爭的初期，大批幕府控制區的平民被趕上了戰場，成千上萬的消耗在幕府軍的防線上。這也是幕府能熬過戰爭初期的主要原因。
這一次因為遠東的出現，德川幕府和一些日本大名再一次強行徵召了大批平民，讓他們在前線修築土木工事，還組織了起來，發給他們竹槍，讓他們充當幕府聯軍的炮灰。
德川幕府這一次也算是豁出去了，拿出了大批的錢糧，在日本各地僱傭了大批的流浪武士，組建了很多全部由武士組成的精英武士隊，加強幕府聯軍的戰鬥力。即便遠東再強大，他們也不能眼睜睜的看著德川家的基業，毀在他們這一代人的手上。
遠東的突然介入，也讓日本很多大名改變了以往的策略。他們開始支持薩摩藩，到後來當牆頭草，坐視薩摩島津家和德川幕府大肆戰鬥，都有著自己的個人目的。
他們趁著雙方鏖戰的這段期間，大肆徵兵加強軍備，征伐附近的小藩大名，擴大自己的地盤，然後坐等雙方拼的精疲力竭好坐收漁利。不管到時候誰勝誰敗，都會實力大損，此消彼長之下，他們就有了與勝利者談判的資格。
可是如今形勢就不同了，遠東出兵介入了這次倒幕戰爭，還一戰擊潰了幕府聯軍。各個大名派去的忍者，都把當時的情景原原本本的報告給了他們，強大的艦隊和兇悍的火力，讓日本所有的大名藩主都膽戰心驚。
如果薩摩在遠東的源源不斷的支持下，滅了幕府聯軍，最後讓薩摩藩島津家問鼎了天下，那並不是他們希望看到的。畢竟如今德川家光等幕府高層全軍覆沒，實力早已大不如前，就算戰勝了薩摩藩，也只能安撫各地大名藩主，不會出現之前德川幕府一家獨大的態勢。
所以日本各地的大名和藩主，都希望幕府聯軍能擋住薩摩藩和他身後強大的遠東。為此各地大名藩主，不惜派出了精銳前往京都和大阪前線，還強征了無數平民，並支援了大批糧食等物資，一起送到了前線，不遺餘力的支持幕府聯軍，加強德川家的實力。
在不到一個月的時間裡，幕府聯軍竟然在大阪和京都地區集結了二十餘萬部隊，並修建了大批堅固的土木工事，整個防線層層迭迭的砦寨連成了一片，無數從日本各地強征來的平民，沒日沒夜的在防線上忙碌。
在九州師團進行整編和簡單的集訓期間，遠東日本戰區司令部南部軍團，又向第二支隊派來了支援部隊。支援部隊是由健兒率領的遠東軍兩個老牌的敢死軍聯隊，也一起併入了九州師團，加強了南部軍團第二支隊的實力。
與之同來的還有大批的炮兵、工兵、輜重等戰鬥後勤支援分隊，空軍部還派來一個飛艇大隊、一個裝備了十二架**********飛機的飛行中隊，對第二支隊進行全方位的空中支援。
南部軍團第二支隊的任務非常關鍵，在遠東日本戰役司令部完成對九州島控制之前，第二支隊將打著薩摩藩島津家的旗號，將幕府聯軍的主力牽制在大阪和京都地區。
海軍部也將在這段時間，派出大批艦船徹底封鎖瀨戶內海、關門海峽，割裂九州島和本州島、四國島的聯繫，遠東日本戰役司令部，將匯聚東部軍團、西部軍團和南部軍團第一支隊的主力，登陸九州島，在最短的時間內掃蕩九州島的所有大名藩主以及其武士階層。