廣東地區的劉香，也趁著遠東入主中原，江南一片大亂之際，打著自己的旗號，引領遠東軍一個海外師登陸了海南島，並占據了廣東南部的廉州府、雷州府和高州府等地區。
當時廣東各地的軍頭都有擁兵自立的心思，所以雖然廣東布政使一再發文催促，但是各地軍頭卻始終按兵不動，使得打著劉香旗號的遠東軍在很短的時間裡，就在廣東南部和海南島站穩了腳跟。
海南島在這個時代還屬於邊荒之地，所以遠東公司乾脆直接占據了海南，在這裡推行遠東公司的一系列政策，然後在廣東南部的三個州府借用劉香的旗號，對當地的士紳階層強自性的推行土地改革和稅務改革，深入基層開展工作。
海匪出身的劉香當然不怕背鍋，借著他的旗號，所有敢於抵制改革的士紳地主，都遭到了野蠻的清洗。面對帶血的鋼刀，當地傳統封建勢力認清了形勢。
經過一段時間的努力，遠東公司的員工在很短的時間裡，就在海南和廣東南部三個州府打開了局面，各項工作甚至比中原北方各地開展的都好。
另外，遠東軍當年培植的羅汝才等十幾股流賊勢力，在遠東公司的支援下，也紛紛在各地站住了腳，雖然各自的地盤沒有廣東、福建那麼大，但是也都至少占據著一個州府的地盤。
遠東公司情報部向這些流賊勢力派駐了人員，按照公司的指導方針，不斷的向周圍地區蠶食蔓延，對各地的土豪劣紳和土匪惡霸進行血腥清洗，儘可能的為遠東公司未來南下江南掃清障礙。
江南地區在遠東入主中原的初期，混亂了相當長的一段時間，各地軍閥、地主武裝力量、流賊、土匪為了爭奪各種利益，打成了一鍋粥，經過一段時間大魚吃小魚的血腥兼併，如今江南地區已經逐漸平靜了下來。
整個江南地區，各地軍頭已經形成了割據的狀態，南明政權只能控制浙江和江西，好在其他地區的軍閥，雖然占據著自己的地盤做土皇帝，但還都名義上的屬於南明的屬地。
但是那些流賊、土匪和惡霸就不管那麼多了，自從張獻忠建立大西政權稱帝以後，各地的嘎雜流痞紛紛稱王稱帝，哪怕占據一個縣也能稱王，占據一個州府就特麼敢稱帝。
但是這種平靜的局面很快就被打破了。由於大明失去了長江以南，南明政權對江南大部分地區的影響力，也失去了影響力。西南滇、黔、蜀、楚等省偏遠山區的土司也開始蠢蠢欲動，紛紛開始叛亂，江南短暫的平靜迅速被打破。
首先爆發的就是滇、川、黔交界水西地區，這裡是彝族土司勢力比較集中的地區，政治局勢錯綜複雜，諸土司「往往出為邊害」。
貴州的水西與四川的永寧、烏撒、烏蒙、東川和雲南的霑益等毗鄰，這一帶的土司均為彝族且有血緣或姻親關係
天啟元年九月，這個地區就曾發生過土司叛亂，四川永寧宣撫使奢崇明，乘明朝募兵援遼之機反於重慶。占領重慶後，隨即進陷遵義，圍攻成都，造成全川震動，史稱奢安之亂。
參與「奢安之亂」的眾多彝族土司上層之間，都有密切的姻親關係，他們正是利用這種聯繫，同氣連枝，報著一損俱損，一榮俱榮的思想，相互聲援，不為邊界所限，在具有共同階級利益的基礎上聯合起來反叛，此消彼長。
雖然奢安之亂最後被平定了，但是水西地區的彝族勢力仍然非常大。當年很多彝族部落和其他少數民族的部落，在奢安之亂中損失很大，如今南明勢弱，江南各地軍閥、流賊割據，所以安西地區的彝族頭人紛紛聯合在一起，與這個地區的其他少數民族部落再次發動叛亂。
水西地區的彝族土司發動叛亂以後，元謀土司吾必奎率兵發動叛亂，先後攻下大姚、定遠、姚安，全滇震動。
緊接著雲南地區的石屏土司龍在田、嶍峨土司王揚祖、蒙自土司沙定洲、寧州土司祿永命、景東土司刁勛等部相繼發動叛亂。
這幾處土司叛亂，就像點燃了導火索一樣，西南滇、黔、蜀、楚等偏遠山區的眾多土司全都率領部下發動了叛亂，各地土司的少數民族叛軍，人數達到了數十萬之多。
西南的局勢之所以迅速糜爛，原因不外有兩個，一個是南明勢弱，其實從明朝後期，朝廷已經就非常虛弱了。政府要糧沒糧，要兵沒兵，西南諸省的地方政府，除了貪官不缺，別的什麼都缺。
西南各省的地方政府，平定各地土司叛亂都要依靠土司，土司蠻兵不僅戰鬥力強，還不占財政編制。而且明末朝廷也經常徵用西南的土司蠻兵四處作戰。
因為明朝朝廷和地方政府沒錢，於是就與土司達成了一種默契，土司幫朝廷平叛，打贏之后土司可以盡情地搜刮戰利品。說白了就是攻破叛亂的村寨，搶錢，搶糧，搶女人。
所以西南各地的明軍衛所基本都是擺設，而土司蠻兵的戰鬥力卻極為強悍。遠東入主中原之前，朝廷的餘威猶在，所以各地的土司還不敢怎麼樣，如今長江以南呈軍閥、流賊割據的態勢，所以各地土司的野心，全都膨脹了起來。
以前搶少數民族的村寨能搶到什麼啊，下山搶漢人不是更好，誰不知道漢人有錢，漢女水靈漂亮，漢人的絲綢、瓷器等東西更是精美絕倫。
至於另外一個原因，就是為緩解日久相沿的土司割據的積弊，自明代中葉，朝廷一直在西南推行改土歸流的政策。
所謂改土歸流，是指改土司制為流官制，土司是原民族的首領，流官由中央政府委派。即在條件成熟的地方，取消土司世襲制度，設立府、廳、州、縣，派遣有一定任期的流官進行管理。
土司制度在西南已經延續了數百年，土司在當地那就是一個世襲的土皇帝，哪是朝廷的流官可以相比。所以西南滇、黔、蜀、楚等偏遠山區很多土司都被，部分上層土司不甘心失敗，時刻圖謀復辟。
很多西南土司領主，看到滇、黔兩地相繼叛亂，也都趁江南局面混亂之際，率領他們治下的彝、苗、瑤、壯等少數民族，紛紛殺出了大山。