前面已經講到：三佛齊是個商業封建帝國，一直以確立海上霸權，擴大占領地作為它「擴大再生產」的手段的。在它統治地區以及屬國之內，生產形態一直停留在自給自足的原始農村公社基礎之上。它遭到南印度注輦王國幾次侵入和占領後(1030至1068年),於1077年又逐漸恢復過來。到十三世紀初期又曾一度向
南印度和斯里蘭卡侵入。但在1264年或1265年，般茶國強盛了，其王閣旺跋摩侵入注輦、錫蘭，並於其地擄閣婆迦王，即三佛齊主。
在這期間，三佛齊的都城已在占碑，在印度尼西亞本土文件中稱之為末羅游。但帝國的軍事和商業重鎮，似乎已移至馬來半島的北部六坤地區，當時稱之為單馬令。在六坤以北的查亞(即斜仔)地方，人們發現一座立於1230年的梵文碑銘，其內容為歌頌吉祥法王，單馬令之國君旃陀羅跋努(Candrabhanu)的倡導佛教。這個旃陀羅跋努王也就是1255年及1265年入侵錫蘭的閣婆迦王。之後，又在查亞地方(大概當時屬於加羅希國領土)發.現一個造像銘，時間大約是在1250年前後，造像銘在那裡的首府寺佛密之下，銘文為吉蔑語。它說，這個佛像是加羅希君主奉末羅游國王敕命製造的，而這個國王的名字是同發現於蘇門答臘西部巴丹盧卓平原的一塊1286年的古馬來碑銘上的國王名字一致的。但在這個時候，三佛齊國的首都顯然已搬到米南加保高原的錫戎戎那裡去了。其原因是爪畦的克爾塔納加臘於1275年初派了一支遠征軍到蘇門答臘和馬來亞等地侵略。三佛齊帝國終於碰上了沒落和崩潰的命運，不能不放棄它作為商業帝國的海口城市而避居於內陸了。
克爾塔納加臘對蘇門答臘三佛齊的遠征幾乎長達十多年，大概到了1285年或1286年為止，原屬三佛齊的巴唐哈里河流域的首都已完全為爪哇所征服，這是從那裡所遺留下來的一些古物可以得到證明的。據報導，人們在朗沙特(Langsat)河附近巴唐哈里地區發現一座石像的基石。這基石說明有一座不空器索觀世音石像和13座附從的石像，是從爪哇搬到「蘇瓦爾納布米」(即金地)的，也就是蘇門答臘。並且還說，它們以奉克爾塔納加臘王之命搬來和建立起來的。碑銘的原文如下：
塞迦紀元一二〇八年(1286年)婆達羅缽陀月，白分之十五日的第一日。唯時觀世音菩薩石像及其他附從石像計十三座，自爪哇攜來金地，建七寶像於護法城(Dharmashi-raja,在巴唐哈利河高原),是太子室利比首留波(Sri.Vis-varupa)所施也。諸王之大王室利葛達那加刺(從《元史》譯名，即克爾塔納加臘。Sri Maharajadhiraja Sri Vikra-ma Dharmamaha Tunggagdewa)敕命官吏……等隨從聖像而赴彼城。嗣後，末羅游全國之人，若婆羅門，若剎帝利，若吠舍，若首陀羅暨特里布瓦納臘查，毛利瓦爾馬提婆大王陛下(Sri Maha Tribhuwanaraja Maulivarmadeva)因此施捨，皆大歡喜。
在這碑銘中，值得我們注意的有如下兩點：其一，稱當地的國王為「大王」,而稱克爾塔納加臘則為「諸王之大王」。無疑自1275年克爾塔納加臘派遠征軍侵略蘇門答臘後，末羅游已為爪哇所征服，而成為爪哇的屬國了。其二，當時末羅游國國王為特墜布瓦納臘查·毛利瓦爾馬提婆，和在馬來半島北部加羅希地區所發現的造像銘上國王名號，即特萊洛克亞臘查·毛利布沙納瓦爾馬提婆(Trailokyaraja Maulibhusanawarmadeva)幾乎相同，人們都認為兩者是同一位國王。這是可信的。爪哇征服了末羅遊園，必然還領有加羅希以至單馬令等馬來亞的三佛齊屬國。按照《爪哇史頌》說法，在克爾塔納加臘王時代，爪哇曾征服末羅游、彭亨、科隆、巴庫拉普臘、新拖和馬都拉。彭亨即指馬來半島，可能其北部也為爪哇所侵入了。
三佛齊退守至錫戎戎的護法城這一事實，也反映在大約是十三世紀末葉的賽德所修撰的《托勒密地誌》節本中。他講到閣婆島「東西諸山皆產樟樹。島之中心，諸樟樹山上，闔婆都會在焉。島王兼統治諸島之王。」所謂山中的都會顯系指錫戎戎的護法城。但當時是否還兼統治諸島，已大成問題了。
但不論怎樣，十三世紀術以末羅游命名自已國家的三佛齊已至於分崩離析的境地了。從元蒙王朝在中國建立起來以後，二佛齊帝國這個稱號事實上已不存在了。當時見之於中國史籍上的，不是末羅游或三佛齊，而是木刺由。儘管《明史》還有三佛齊傳，但顯然已非有15個屬國時期的三佛齊，而是僅僅侷促於占碑和巨港一些舊有領土的小國，並且是服屬於爪哇的麻喏巴歇王朝的諸國的代稱吧了。
據《元史》卷十一《世祖本紀》所載「至元十七年十二月戊寅(應在1281年初),以奉使木刺由國速刺蠻等為招討使，佩金符。」又同捲雲至元十八年六月(1281年),「奉使木刺由國苦思丁至占城，船壞，使人來言，乞給舟糧及益兵，詔給米一千四百餘石。」看它所奉之使，一日速刺蠻，又曰苦思丁，則元蒙帝國正也利用阿拉伯人作為使節，用以「招討」當時尚名聞遐邇的末羅游國，即三佛齊。但爪哇遠征軍已於1275年派出，到1286年爪哇最後征服了三佛齊，元蒙遣使至木刺由，或者只概言馬來半島和蘇門答臘而已。
1292年馬可波羅曾經由海道去波斯，到過蘇門答臘。據他的《行紀》報導：他從水手中得悉，從占婆航行千五百哩可抵一大島名為爪哇。島周圖有五千哩,屬一大王而不納貢他國。這島出產極富，有黑胡椒、肉豆蔻、高良姜、革澄茄、丁香及其他種種香料。在這島中，有船舶、商賈甚眾，運輸貨物往來，獲取大利。「大汗始終未能奪取此島，蓋因其距離甚遠，而海上遠征需費甚巨也。刺桐(即泉州)及蠻子(南中國人)之商人，在此獲大利」。
這一報導僅憑水乎之言，但也可見當時爪哇的統一和富強，已遠遠超過三佛齊。在馬可波羅的《行紀》中始終未提及三佛齊；但提到麻里予兒(Maliur)。據他報導：「自羅迦克(Loc-hac)首途，向南航行五百哩，抵一島，名稱朋丹(Pontain),地甚荒野，一切樹林滿布香味之樹。……又在上言二島問航行六十哩,此六十哩中水深僅有四步,由是大船經過者必須起舵。行此六十哩畢，又行三十哩,見一島，是為一國，名麻里予兒。居民自有國王，並其特別語言。其城大而美，商業繁盛。有種種香料，此外一切食糧皆饒。」
這一麻里予兒，注釋家認為是在馬來半島的西岸。他們引用阿拉伯人的資德《地誌》說：「麻刺予兒是一世人熟知之城，是一停船之地，經度與哥羅同，緯度與南巫里同，此島諸城皆在河口，島長約八百哩。左右皆有岬，海水經過其中，寬有二哩，海水不深，人稱此峽曰萬丹。」他們又以為這個萬丹島，即馬可波羅所說之朋丹島，為今日之新加坡島。因之有人聯繫《元史》的暹羅傳。在1295年前後，暹羅與麻里予兒相仇，推論兩者必為鄰國，並認為其地應在馬六甲。我們認為當時馬六甲尚未建國，且僅系一荒港。而自十一世紀至十三世紀初期三佛齊已擁有馬來半島許多城市和屬國，如蓬半，登牙依、凌牙斯加、吉蘭丹，佛羅安，日羅亭、單馬令，加羅希。在十三世紀中葉以後，三佛齊首都已移至占碑高原，改名為末羅游。單馬令、加羅希亦以末羅游國名命其地，為三佛齊之一重鎮。就賽德的經度與緯度而言，經度既與哥羅(即吉打)相同，緯度又與藍無里相當，則其地應在今日的北大年一帶，而北大年之北的六坤，一向為三佛齊國重鎮之一，又與當時的暹羅相鄰接，其地又為末羅游之屬地，因而也以其國命名其地，日麻里予兒。這樣的推定似乎更合理些。
《馬可波羅行紀》中更多談到小爪哇島各國。小爪哇島即蘇門答臘。但他也只限於該島的西北部。他說，在那裡有八個小國，第一是八刺兒(Ferleck),即帕拉。其地在金剛石角南約五十公里。金剛石角本名帕拉角。現在地圖上有伯留拉河和伯留拉城。據他報導，這個國家時常有伊斯蘭教徒到來，曾勸國人歸化，信摩訶末教(即伊斯蘭教)。但又說，這也僅限於城居之入，而山居之人還是信拜佛教的。
第二是巴思馬(Basma,Basman)國這大概在今天帕西(Pasei)河流鹼一帶。自中國唐朝以來的書志中有南海「波斯」,不少人認為即指此國。南海波斯之名，首見於《蠻書》,次見於《嶺外代答》。其文云：「西南海上波斯國，其人肌理甚黑，龔發皆拳，兩手鈐以金串，縵身以青花布。無城郭。其王早朝以虎皮蒙杌，疊足坐，群下禮拜。出則乘軟布兜，或乘象。從者百餘人，執劍呵護，食餅肉飯，盛以瓷器，掬而昭之。」(《嶺外代答》卷三波斯條),馬可波羅的巴思馬國或即為這個國家的繼續。據報導：巴思馬是個獨立的國家，居民自有其語言，不信任何宗教。
雖說也是隸屬於大汗(元蒙帝國)的，但從不納貢賦。其地多象，亦有犀牛。並報導這裡有剝製小猴，類似小人而出售於印度及西歐以逞奇的事。
第三為須文答刺國(Sumatra).他在此停留了五個月。登陸築木寨以居。其地多魚，產世界最良之魚。無小麥而恃米為食。足見稻子種植已極普遍。須文答刺國原作沙穆達臘，梵文海洋之意，故亦可名之曰「海國」。在帕西之西，有一停泊處，不畏風浪。斡朵里克曾指出：這裡男女有用熱鐵烙面之奇習。伊本·巴圖塔於1346年曾於此停留十五日，有記云：此處人民買賣，用錫片及未熔化之中國金塊為之。此島香料產地多在異教徒所占之地域中，伊斯蘭教徒所居之地產量極少……吾人入其都城，即Sumutra城。於此可見在十四世紀中其地已傳入了伊斯蘭教，但仍未深入內地。
第四，離須文答刺後別入一國，名達羅伊安(Dagroian)。
有人認為即元明人行記中之淡洋。淡洋原名為Tamiang。在阿魯灣附近，須文答刺之東。若依行程來看，馬可波羅似乎沒有回向東航行之理。故更可能或深入巴塔人的一個氏族部落居住之地。馬可波羅指出，它也是一個獨立的小國，居民信偶像教，即印度教，也是屬於「大汗」的。疾病求巫醫。有食人肉風習。「若得俘虜」而「不能買贖時」「殺而食之」。更證明它是巴塔人內地的一個氏族部落。
第五，南巫里國，即今日的大亞齊。自九世紀阿拉伯人東來貿易以來，這裡便成為活躍的重要商港。南巫里正如就泥之名一樣，都是來自阿拉伯人。大概當時已有橫渡大洋的大舶，錫蘭與南巫里就日益見其重要。馬可波羅報導，該國居民也自稱隸屬於大汗，為偶像教徒。地多產樟腦及其他香料，蘇木也甚多，又多犀牛；並且還報導有「生尾巴之人，尾長至少有一掌而毛」,顯系胡說。
第六，班卒兒(Fansour)。即義淨所謂的婆魯師國故地。據《馬可波羅行紀》報導，其國亦自稱隸屬「大汗」。出產世界最良之樟腦，「質極細，其量值等黃金」。「無小麥，然有米，共乳肉而食。」又談及沙糊樹等。
《馬可波羅行紀》於小爪哇章後，稱又有兩國「在島之彼方，未能言之。」想系指馬來半島上的國家。
馬可波羅的報導以其始終沒有同當地國家的首腦接觸，其所謂「獨立之國」者，事實上看來是一個部落而已。所有各國皆自稱隸屬於「大汗」,即元蒙帝國，大概也是事實。因為元蒙自1280年起，即幾次遣使與印度沿海諸國保持接觸。在1286年印度及蘇門答臘和馬來亞等地受元蒙招諭的國家就有10個，其中就有蘇木都刺(即須文答刺)。在1292年入侵爪哇時又開始宣撫蘇門答臘諸國，當他們軍次占城之時，即先遣郝成，劉淵諭降南巫里、速木都刺、不魯不都、八刺刺即蘇門答臘東北沿海一帶。至1293年，正在爪哇用兵之際，又遣鄭珪招諭木由來(顯系木來由之誤)。馬可波羅除非在同年或較後於郝成等到達蘇門答臘東北沿岸諸國，否則便無所謂「隸屬大汗」之理。
從馬可波羅之記載以及元蒙之招諭蘇門答臘各國情況著來，可以斷言，在十三世紀末，三佛齊這個商業封建帝國業已完全崩落，蘇門答臘及馬來亞各地，小國紛自崛起。由於帝國始終以擴張掠奪為目標，生產毫無改進，因而也缺乏統一的基礎，一到外力突入，便也自行瓦解。帝國的子孫只能負隅自活：占碑高原上出現的末羅游國，僅是三佛齊的一絲殘喘吧了。爪哇的麻喏巴歇帝國的興起，就囊括了它所有的屬地和屬國了。