醫療聯隊分為兩部，跟隨戰鬥部隊作戰的醫療忍者們被打散進每個忍者班跟隨作戰部隊一起行動，這部分醫療忍者的隊長是……角都。
角都的地怨虞之術其實具有強大的醫療能力，縫個斷胳膊斷腿完一樣，連腦袋掉了只要角都在一邊都能給及時接上，讓他客串下醫療忍者，算人盡其用。再說了，總得有人保護脆弱的醫療忍者們不是。
而另一部分醫療忍者則是以八十艘大型空忍戰艦為基地所建立戰地醫院，這部分醫療忍者的隊長是德高望重的醫療忍者千代婆婆，千代婆婆的助手是靜音，以及負責管理普通人醫師的伢子，還有空忍村首領神農，以及一個中隊的空忍忍者作為輔助。
原著中只是龍套的空忍村被岩隱兼併掉之後，反而迎來了發展與壯大，空忍的力量在匠忍村的技術和岩隱的財力支持下，實力已遠超空忍曾經的全盛時期。
上原大力助力發展空中力量所帶來的結果是，空忍建造的大大小小的艦隻有一千多艘，戰艦比空忍的人數都多了，多到找不到足夠的人手來操縱那些空中巨獸。
有大約一百艘加裝了厚重裝甲以及撞角和查克拉炮，攜帶了大量航空炸彈的空忍戰艦被編成了空中支援聯隊，主要給忍者聯軍提供查克拉大炮開路，地毯轟炸，神風衝撞，等等支援。
作戰部隊被鹿久按照作戰職能，劃分了近距離作戰部隊，中距離作戰部隊，遠距離作戰部隊，支援部隊，以及奇襲部隊。
第一大隊為近距離作戰部隊，隊長為岩隱村的爆遁忍者，狩，副隊長為灼遁葉倉，還有黃土。近距離作戰部隊人數約有十一萬人，其中包括忍武者軍團全部，以及一萬名擅長近身格鬥的忍者組成。
第二作戰大隊為中距離作戰部隊，忍者數目為一萬人，這部分忍者中集中了大量擅長手裏劍術的忍者，諸如岩隱風魔一族的忍者，大部分都被編在這裡。第二大隊隊長為旗木卡卡西，各副隊長也都是一些很強力的忍者，比如桃地再不斬，砂隱的風遁忍者馬基，霧隱的長十郎等等。
遠距離作戰部隊的忍者數目有兩萬人，數量是作戰部隊中忍者數量最多的，這是忍者聯軍中最具有戰術性的部隊，大規模施展聯合忍術將是遠距離作戰部隊的主要攻擊方式。岩隱村大型土遁術，加上木葉的大型火遁，或者雲隱的大型聯合忍術加上霧隱的聯合水遁術，諸如此類。
以聯合忍術來稱呼以村為單位相互配合而施展的忍術已經不太合適了，更確切的稱呼，應該是——聯軍忍術，動輒發動萬人以上規模的戰略級的聯合忍術。
支援部隊在戰場上主要負責支援中距離和近距離作戰的部隊，而要及時支援各部，必須要有足夠的體力和速度。擁有充沛體力和速度的忍者，幾乎都等同於精銳了。所以支援部隊強力的忍者很多。
而且，支援部隊有一個更重要的任務，聯軍可能遇到各種擁有特殊能力的忍者，當其他部隊遭遇能力特殊的敵人時，支援部隊要有解決麻煩能力。所以支援部隊也聚集了與絕敵人對等的很多能力特殊的忍者，血繼忍者和秘術忍者大多都集中在了支援部隊之中。岩隱的血繼收集部隊水無月組，現存唯一的屍骨脈血繼者君麻呂，日向寧次，油女志乃，宇智波佐助，漩渦鳴人，還有上原的學生龍舌和無垢，他們都在支援部隊之中。
除作戰大隊以外，還有其的輔助作戰部隊。
保護大名的聯隊，除了保護大名，還需要保護各國政要和關鍵人物，聯隊的隊長是火之國大名兼任火影的日向汢。
輔助部隊中岩隱的工程大隊和爆破部隊會給聯軍構造出利於己方的地形之後，順勢編入臨近的作戰大隊。而且工程大隊和爆破部隊還將作為較為獨立的分隊發揮職能，工程大隊極為擅長的大規模土遁防禦工事的構建能大大減少聯軍傷亡；爆破部隊則是另一個極端——或是設下陷阱，把山脈炸成平地，抑或是把平地炸成峽谷，把峽谷炸成更大更深的峽谷，破壞是爆破部隊極為擅長的。
各村忍者都被打亂編到各作戰部隊，人員散亂的一塌糊塗，能保留一定規模的也就岩隱的工程大隊和爆破部隊了，畢竟岩隱最擅長的就是大規模作戰，也只有這兩隻部隊，鹿久認為只有保留建制才能發揮更大的作用。
而像其他忍村比如霧隱，也有成規模的雨聲殺人術部隊，卻不適合現在的戰場。讓一大群水遁忍者製造大片區域的濃霧，然後讓精通無聲殺人術的忍者在霧裡和敵人捉迷藏嗎？這太拖延時間了。
再說了，感知力和隱遁能力都超強的白絕，再加上穢土轉生的忍者們沒有要害的身體，講究暗地偷襲一擊致命的戰術，會很不好用。
特殊的作戰部隊還有奇襲部隊，隊長是風影的學生勘九郎，勘九郎的能力毋庸置疑，而且現在的勘九郎比原著中強的不止一點。赤沙之蠍把自己的傀儡技藝傾囊相授，千代婆婆也不會吝嗇對後輩的慷慨，現在勘九郎同時身負蠍的赤秘技，和千代婆婆的黑秘技，千代婆婆賴以成名的近松十人眾，那十個強大無比的傀儡，勘九郎有其中五個……
奇襲部隊或者說是忍者聯軍的斬首部隊，是各個部隊中人數最少，但是最人員精銳的一部，奇襲部隊中不乏上忍，岩隱的紅蜘蛛部隊約四分之一都分入了奇襲部隊。
要知道，在四代目土影時代，岩隱一方面擴軍的同時，一方面把大量戰力不突出的土遁忍者轉入工程部隊，只留下了少部分最精銳的忍者作為村子的作戰力量。一萬餘名的岩忍中選出了不到一千的精銳，這部分精銳也就是紅蜘蛛軍團。
紅蜘蛛軍團有多難纏，卡卡西很有發言權。志村團藏時期，卡卡西被多次派遣去忍者聯盟所屬成員忍村進行破壞，作為一個整體，忍者聯盟守衛漫長水脈線的各村忍者都有。其他忍村的忍者或許會很難纏，但唯獨遭遇紅蜘蛛，每次卡卡西都必然經歷苦戰，多數情況下都會負傷。
忍者世界傳奇的忍者部隊很多，比如砂忍傀儡軍團，岩隱爆破部隊，雲隱金角銀角部隊等等，無一例外，這些都是經歷過戰爭洗禮才有的赫赫威名。
唯獨紅蜘蛛軍團，於戰爭時期只是展露頭角，在和平時期發展至壯大，畢露鋒芒。迪達拉曾屬於紅蜘蛛軍團，君麻呂也是。