秦日綱率領的太平軍水師一直相信自軍實力遠在吳軍水師之上，也一直認定到了正面交戰之時，自軍只要出動全力，全殲兵力僅為三個營的吳軍水師易如反掌，此前如果不是擔心吳軍水師撤回田家鎮尋求那裡的永久性炮台保護，還有擔心躲在小池口的清軍水師乘機偷襲湖口，秦日綱早就帶著太平軍主力跑到單家洲來找吳軍水師決戰了。
吳軍水師滿足了太平軍水師的願望，咸豐七年正月初一的早上，此前一直躲在單家洲的吳軍水師突然傾巢出動，憑藉順風順水的優勢，以迅雷不及掩耳的速度突然加入激戰了一夜的九江戰場，出現在了同樣傾巢出動的太平軍水師主力面前。然而很可惜，太平軍水師這會卻沒辦法全力迎戰。
太平軍水師不能全力迎戰的原因朋友們都知道，就是必須得運送九江敗兵逃命，大量船隻被用於運載兵員，大量的小拔船也必須保護運兵船，就想被捆住了一支胳膊一樣，只能是拿單手迎戰。
不過還好，單就船隻數量而言，太平軍水師仍然占據絕對上風，所以秦日綱即便大罵清妖無恥狡猾也不慌張，馬上就把保護運兵船的任務交給了過於疲憊的韋俊船隊，自領中軍主力迎上，還果斷最為正確的選擇，「打旗號，衝上去，和吳妖船隊攪在一起，近舷放火燒船，先幹掉吳妖水師的兩條大船！」
旗號打出，經驗豐富的太平軍船隊立即一起搖櫓划槳，頂風逆水的殺向正面撲來的吳軍船隊。然而讓太平軍水師將士大失所望的是，一年多前田家鎮大戰時那支笨拙生疏的吳軍水師早已不復存在，面對著鋪天蓋地湧來的太平軍船隊，吳軍水師的駕船技巧不再生疏緩慢，士卒也不再慌亂緊張，還突然拿出了一個太平軍水師將士前所未見的戰術——稍微調整方向，全軍向太平軍的側翼迂迴。
「想迂迴過來衝擊我的側翼？還是想直接沖我們的運兵船？」
晚清土包子秦日綱一時有些猜不透吳軍水師的用意，然而吳軍水師既然主動讓出上風位置，秦日綱自然不會客氣推辭，稍一錯愕，馬上就下意識的大吼道：「打旗號，繼續前進，搶占上游順風位置！」
在旗號的指揮下，太平軍水師船隊繼續全速前進，不理向側翼迂迴的吳軍船隊只是沖向上游，然而就在秦日綱幻想著搶到上游順水位置後掉頭衝鋒以小船海淹沒吳軍船隊的生活。吳軍的兩條主力戰船忠誠號和仁義號卻先後發出怒吼，首先打出了兩發炮彈，接著不等秦日綱看清楚炮擊情況，忠誠號和仁義號卻又發出連續巨響，以十秒一發的節奏接連轟出炮火，還相當精確的主要轟擊太平軍的中大型船隻。
熟悉風帆時代海戰的朋友們想必都很清楚，吳軍水師用的是最典型的T字形戰術，盡最大限度發揮忠誠號和仁義號的舷炮數量優勢。然而秦日綱等土包子不要說是見過這種戰術了，就是連聽都沒有聽說過，他們所看到的，只是吳軍戰船的火炮象是會連發一樣，接連不斷的開炮，還快得就象不要裝藥填彈的一樣——事實上當然是輪流開炮和輪流裝藥填彈，側舷的二十二門火炮依次打完，首先發射的火炮早就已經裝好彈藥了。
見識少的下場當然是付出慘重代價，即便吳軍火炮的命中率並不是很高，然而一輪炮擊下來，十幾條太平軍大小船隻還是被吳軍火炮直接轟沉，受傷船隻和水手不計其數，同時太平軍水師原本整齊的隊形也不可避免的出現了混亂。
接受過當世海上霸主英國教官嚴格訓練的吳軍水手早已放下了風帆，全靠水流推動緩緩向下迂迴，延長太平軍水師檫肩並列的時間，期間乘機不斷接連開炮，把沉重炮彈接連不斷的轟進太平軍水師船隊，象敲錘一樣的不斷敲擊太平軍水師的側翼。全部裝備軍用舢板的吳軍第三營則嚴密保護忠誠號和仁義號的兩翼，防止太平軍小船偷襲。
即便是已經正在逐步淘汰的風帆戰船，忠誠號和仁義號裝備的英國艦炮在射程和威力方面，仍然甩開太平軍的戰船火炮八條街都不止，太平軍水師光挨打還不了手，直被吳軍水師轟得是大呼小叫，鬼哭狼嚎，船沉人亡死傷不斷，隊形也逐漸混亂到了難以收拾的地步。
汗水也在風雪中出現在了秦日綱的額頭上，有心想要放棄搶占上游順風的機會，立即掉頭突襲吳軍船隊側翼，但稍一盤算後，秦日綱又斷然放棄了這個打算——目前吳軍船隊仍然還有順風順水的優勢，太平軍水師主力即便掉頭去沖吳軍側翼，吳軍只要重新張起風帆，馬上就能脫離戰場，到時候太平軍船隊不但追不上，相反還得犧牲整體隊形。
「再打旗號！繼續前進，堅決搶占上風！」大聲吼出了應對命令後，秦日綱又在心裡補充了一句，道：「反正小拔船又多又便宜，丟多少老子都不心疼！」
混亂的隊形註定了秦日綱的最新命令無法得到迅速而又堅決的執行，炮火硝煙中，亂成一團的太平軍船隊連保持船頭一致向前都無法做到，波浪起伏船隻碰撞不斷，既難以控制船隻，更無法保持全速前進，也註定了必須繼續給吳軍戰船充當活靶子，與太平軍船隊擦身而過的期間，忠誠號和仁義號也乘機打出了整整五波輪射，擊沉太平軍的大小船隻將近百條。
好不容易熬到脫離忠誠號和仁義號的射程範圍，還沒等秦日綱鬆口氣，瞭望台上卻又傳來了噩耗，「秦王殿下，吳妖水師張帆了！目標似乎是九江北門！」
「狗RI的吳妖！」秦日綱破口大罵，這才想起吳軍船隊還有一個值得炮擊的目標是九江北門碼頭，焦急之下，秦日綱趕緊大吼道：「馬上打旗號，全軍掉頭整隊！」
秦日綱軍匆匆掉頭的時候，吳軍水師船隊早已借著風向和水流的優勢全速東下，轉眼間就已經逼近了九江北門碼頭，還二話不說就是用火炮狂轟濫炸，還十分無恥的打出了苦味酸開花炮彈，炮彈爆炸間火焰四射，滿載著兵員輜重的太平軍運兵船頓時連連中彈，還即便沒有中彈也很快就要面臨苦味酸火焰的威脅，能夠漂浮在水面上燃燒的苦味酸火焰隨波逐浪，把太平軍的運兵船燒得陣陣驚叫慘叫，慌忙躲避火焰間互相碰撞，亂成一團，運兵速度大受影響。
這時，韋俊率領的太平軍水師偏師也趕緊撲了上來，全部裝備軍用舢板的吳軍水師第三營嚴陣以待間，超越號和仁義號上也接連飛出了八支康格里夫火箭，目標還全都指向主動進入射程範圍的韋俊旗艦。而經過火器名匠邵彥烺改進的康格里夫火箭在準確度上已經有了大幅度提升，八支火箭有兩支準確命中韋俊乘座的拖罟船，箭頭攜帶的苦味酸猛烈爆炸間，韋俊軍旗艦也馬上桅斷杆裂，並且立即燃起了沖天大火，直接處於報廢邊緣。韋俊大聲叫苦，也只能是一邊向其他船隻轉移，一邊讓旗艦打出最後一道命令，「衝上去！和吳妖水師攪在一起！」
再沒那麼容易了，當太平軍水手辛苦駕駛著小拔船迎上吳軍第三營時，吳軍第三營軍用舢板裝備的船首炮突然一起開火，當即命中十數條小拔船，還一邊開炮一邊保護著忠誠號和仁義號向下游疾馳，太平軍小拔船開炮還擊，兩軍之間炮擊不斷，雖各有死傷，太平軍小拔船卻無法像想像中那樣輕易衝進吳軍船隊，施展拿手的近舷戰。——當然，這也和韋俊軍昨晚激戰了一夜，水手體力下降比較嚴重有不少關係。
還是在第一波小拔船真正獲得與吳軍舢板打近舷戰的機會，太平軍水師才發現打近舷戰其實是自己吃虧——原因無他，吳軍水手裝備了擊針槍和苦味酸手雷。高速射擊的擊針槍可以有效殺死殺傷小拔船的太平軍水手，突然拋出的苦味酸手雷只要砸到小拔船上，直接就能把一條小拔船連人帶船一起報銷。連綿槍聲和間歇響起的爆炸聲中，太平軍的小拔船不斷起火燃燒，甚至直接粉碎，船上的水手中槍中彈落水不斷，攻勢迅速被擊退。
在此期間，忠誠號和仁義號始終沒忘了用苦味酸炮彈轟擊九江北門的碼頭，爆炸的衝擊波和猛烈的火焰迅速橫掃北門碼頭，大大小小的太平軍運兵船也迅速冒煙起火，碼頭逐漸籠罩在了一片烈火濃煙之中。
還是在秦日綱的主力掉頭追了上來時，吳軍水師才放棄對碼頭的炮擊，改為向下游的寬闊處迂迴，準備掉過頭再去搶占上風順水。水戰經驗豐富的秦日綱一眼識破吳軍水師打算，咬著牙齒指揮船隊緊追不止，可是到了這個時候，秦日綱卻又無比鬱悶的發現，已經被吳軍水師將士徹底熟悉了戰船性能操作的忠誠號和仁義號，在船速方面又甩開了太平軍船隊一大截，很快就拉開了距離從容掉頭，絲毫沒給太平軍水師任何乘機突襲的機會。
對秦日綱來說更糟糕的還在後面，這時，已經從龍感湖撤回來的清軍水師鮑超也已經回到了九江戰場，還主動打出旗號表示願意接受吳軍水師主將王孚的指揮號令。王孚見了大喜，毫不客氣的命令王孚率軍迎上秦日綱，給自軍爭取回頭搶占上風的機會，欠著吳軍無數人情的鮑超見了也沒猶豫，馬上揮軍直進，不顧實力和戰鬥力都不及太平軍水師，堅持咬牙迎上，逼著秦日綱和自軍交戰。
真正的水上惡戰就此展開，炮聲連綿中，鮑超軍不惜代價的迎面撞上了太平軍主力船隊，以血肉為盾為吳軍船隊創造迂迴機會。吳軍船隊則乘機迂迴到了北面開闊處，憑藉三角帆呈『之』形前進，逆水行駛的同時始終保持船舷對敵，不斷以優勢火炮猛轟太平軍船隊，期間還不斷放出火箭補強火力。秦日綱則一邊與鮑超激戰，一邊不斷派出船隊攔截吳軍船隊，始終不忘攔住吳軍大船爭取打近舷戰。雙方你來我往，各有目的，炮來槍往對轟得天翻地覆，日月無光。
與此同時，陸地上的清軍當然也加強了巷戰力度，圍魏救趙為水師分擔壓力，逼迫太平軍水師回頭來救九江太平軍。結果到了此時此刻，清軍準備充足的優勢也展現無遺，隨身帶著充足乾糧隨時都可以吃飯，清軍士卒的體力即便下降也不多。而太平軍方面則既是一夜未眠粒米未進，又是準備不足沒有隨身食物可以充飢，體力下降遠比清軍為大，力量不支下戰鬥力下降十分嚴重。
九江太平軍還有一件麻煩事，那就是清軍方面在巷戰中遭到了頑強抵抗後，左宗棠迅速做出了戰術調整，專門分出了兩個營去搶占城牆戰場，沿著城牆前進從兩翼包抄北門。而隨著一個營的吳軍陸師強行突擊到了北門城牆上後，太平軍的壓力也陡然加大，在城中巷戰的太平軍背後受敵，在城外準備上船逃命的太平軍婦孺家眷更是亂成一團，哭喊震天，聲傳數里。
見情況危急，羅大綱也只好匆匆派出快船與秦日綱聯絡，要求秦日綱立即給出答覆，水師到底還能不能迅速結束戰鬥撤回北門救人？如果不能，那九江太平軍就得立即棄城逃往楊家場，到那裡登船過湖逃命，秦日綱也得馬上回師湖口，到那裡去救人過湖！
天大的難題再一次被放到了秦日綱的面前，立即結束水上戰事回師北門救人，這一點秦日綱當然做不到。可是撤回湖口救人，到時候太平軍水師照樣得面臨吳軍水師的巨大威脅。進退維谷，左右為難，已經習慣了在楊秀清手把手指點下打仗的秦日綱真不知道該如何選擇了。
這時，面孔被熏得黝黑的韋俊突然出現在了秦日綱的面前，還一見面就沒大沒小的怒吼道：「燕王殿下，這仗你怎麼指揮的？」
「我怎麼了？」秦日綱被韋俊吼得一楞。
「你自己看！」韋俊往水上戰場一指，咆哮道：「怎麼亂成了這樣？我們的水師船隊分散得這麼厲害，還怎麼發揮數量優勢？」
得韋俊提醒，秦日綱才猛然發現自己犯下了兵家大忌——過於分兵！為了攔截吳軍大船，自軍的小拔船隊過於分散，不但無法發揮數量優勢，還被有質量優勢的吳軍水師逐隊逐隊的殺散殺亂，大大小小的戰船完全分散於寬闊的長江水面。而呈之字形的吳軍船隊則始終保持統一行動，雖然沒有搶占上風，卻也在自軍的鬆散船隊中來回縱橫，如入無人之地，一邊前進一邊以優勢火力和精良武器不斷打擊自軍。
順便說一句，這也是吳軍水師的刻意為之，仔細研究了太平軍的拿手小船海戰術，又得到英法等國海軍教官的指點，吳軍水師從一開始就憋足了壞，決心憑藉順風順水和戰船質量的優勢儘可能拉長戰線，拉長太平軍水師的隊列，稀釋敵人兵力，然後再回過頭來以整擊散，以質量破數量。而意外出現的鮑超水師，也讓吳軍水師這一戰術獲得了更加理想和顯著的效果。
言歸正傳，發現自軍不知不覺落入了圈套，秦日綱敲頭懊惱之餘，又馬上下定了決心，衝著羅大綱派來的信使吼道：「去告訴羅丞相，叫他馬上棄城去楊家場，我撤回湖口接應他！」
打發走了羅大綱的信使，秦日綱又大吼道：「快打旗號，全軍撤退，撤回湖口重新整隊！」
匆忙撤退的太平軍水師給了吳軍水師和清軍水師以痛打落水狗的機會，歡呼聲中，還沒出夠惡氣的吳軍水師當然是立即掉頭追擊，鮑超也不顧自己的船隻已經損失過半，同樣吼叫著加入了追擊行列。然而沒過多久，左宗棠卻派人送來急令，命令吳軍水師和鮑超不得追擊進梅家洲南面的狹窄江面，追擊到孫家竹林一帶就必須停止前進，等待與陸師會合統一行動。
宣布完了左宗棠的決定，見王孚的臉色不善，信使又趕緊補充道：「王將軍，季高先生知道你肯定想不通為什麼錯過這樣的機會。季高先生他說，現在雖是你擴大戰果的最好機會，但長毛的小破船不管打沉多少都沒用，純粹就是浪費彈藥，那一帶江面太狹窄，長毛只要跳下水想往那逃都行，但你們的忠誠號和仁義號那怕被長毛打中一炮都不值得。」
「季高先生還說，想多立功，一會有的是機會，等九江長毛過湖的時候你們再出手，打中一條船就是一船長毛，戰果要多得多。」
信使在耐心對王孚解釋左宗棠要求停止追擊的原因時，九江太平軍也開始突圍撤退的行動，先行從北門出城的老弱婦孺直接向東逃命，主力戰兵則且戰且退，逐漸退出北門也是向東撤走。摩拳擦掌等了許久的曹炎忠本營立即北上攔截，然而左宗棠卻再次派人攔住了曹炎忠，要求曹炎忠不許阻殺老弱婦孺刷人頭，只許截殺最後出城的太平軍主力戰兵。末了左宗棠還讓信使告訴曹炎忠，「那些女人孩子反正跑不快，以後想怎麼抓怎麼抓，何必要浪費彈藥多造殺孽？留下千古罵名？」
被吳超越洗腦洗得很嚴重的曹炎忠果斷服從了命令，任由太平軍的家眷從前方逃走而沒開一槍一炮，然而就在左宗棠看到這一情景滿意點頭的時候，一個意外卻突然出現——湘軍營地那邊突然傾巢出動，氣勢洶洶的殺向了九江東北方向。左宗棠見了大驚，趕緊拉上楊文定打馬直追，花了不少力氣才追上帶隊的胡林翼，喝問道：「胡林翼，沒有命令，你們為什麼擅自出動？」
「為大帥報仇！」胡林翼紅著眼睛大吼，他身旁的湘軍將士也是紛紛大吼，「殺長毛！為大帥報仇！」
知道勸說阻攔不住胡林翼等人的濫殺無辜，左宗棠只能是換了個辦法，向胡林翼說道：「貺生，關於吳撫台彈劾江西巡撫文俊見死不救，坐視曾部堂遇害一事，朝廷其實已經有了答覆，只是我怕影響軍心士氣，沒有提前公布，你知道朝廷給文俊什麼處分嗎？」
「什麼處分？」
胡林翼趕緊追問，旁邊的湘軍將士也個個抬頭，緊張來看左宗棠，左宗棠面色陰鬱，半晌才答道：「罰俸三年，降三級原職留用。」
胡林翼手裡的鋼刀落地，滿臉的難以置信，眼中也忍不住有淚花閃爍。左宗棠這才又問道：「貺生，四百六十五兩銀子，四百六十五斛糧食，就換曾部堂和幾千三湘子弟的命，如果你覺得值得，現在就去報仇吧，我不攔你。」
註：歷史上九江戰後，湘軍是屠城報復。歷史上湘軍屠城九江、安慶和南京，李鴻章蘇州殺俘兩萬餘，惟獨左宗棠沒有類似惡行。但也很可惜，左宗棠的善良也導致了……