神龍元年，秦素剛好四十歲，秦清已經是年過花甲。
秦清登基稱帝，向上追封三代，立白繡裳為皇后，秦道遠為遼王、秦道方為奉王， 司徒玄策異姓封王為齊王。不過對於群臣眾將而言，封王都是細枝末節，關鍵在於太子人選，秦清膝下無子，唯有一女，按照常理來說，秦清要麼是廣納嬪妃繼續生兒子，要麼是選擇從兄弟的子嗣中過繼一子，再就是直接立皇太弟，可是考慮到秦清的年齡，再生兒子也不現實，關鍵是秦素威望太高，功勞太大，於是秦清選擇立秦素為皇太女，秦素則是過繼了二叔秦道遠的幼孫為子，是為皇孫。
如此一來，秦素雖然會以女子之身登基為帝，但皇位傳承還是在秦家男丁之中，不會落到外姓之中，群臣雖有誹議，但也沒有激烈反對。
在秦清稱帝之後，許多府縣幾乎是望風而降，幾有不戰而下之勢。唯有坐鎮西京的張肅卿和秦襄並不響應。
此時天下棋局，只剩下三個棋手，分別是秦素、張肅卿、宋政，已經是進入最後階段。
神龍二載，秦清坐鎮帝京，奉王秦道方坐鎮遼東，防範金帳，秦素親自領兵進逼金陵府。
戰事持續一年有餘，直到神龍三載，秦素已經收複錢塘府、廣陵府等重鎮，金陵府成為孤城，宋政棄城出走，不知所蹤，秦素攻克金陵府，曾經鼎盛一時的青陽教終於走向窮途末路。秦素率軍沿江而上，坐鎮白帝城的澹臺雲出降，被秦清封為蜀王，也是第二位異姓王。繼而大天師張靜沉請降，秦素允之，仍保留其大天師稱號，加封顯化大真人。
最後，只剩下張肅卿和秦襄，大勢之下，兩人也不得不降。
至此，天下太平。神龍四載，秦清在帝京議功，除去諸王之外，景修、胡良、雲承宗、司徒玄略、張肅卿、秦襄等七人封國公爵位。封侯者三十六人，封伯者七十二人。在秦素的建議下，秦清仍舊沿襲前朝舊制，組建內閣，統攝六部，以雲承宗為內閣首輔，以張肅卿為內閣次輔。雲承宗老邁不堪，只是掛名，實則是張肅卿主事。設立大都督府，景修出任大都督，秦襄出任左都督。
此時的秦清已經年近古稀，無心政事，由秦素監國。秦素開始推行現世中張肅卿的新政，包括針對吏治的考成法，以及針對天下士紳的攤丁入畝和官紳一體納糧制，此舉自然引起無數人反對，秦素任命心腹為青鸞衛都督府左都督，掀起大案，株連達數萬人之多，家產悉數抄沒入公。
與此同時，秦素又修改稅法，增加商稅。
早在大晉年間時，朝廷稅收中商稅所比重已經超過了農稅，每年商稅收入兩千萬貫。不過大魏太祖輕賤商人，大魏太祖下令：「商賈之家只許穿布，農民之家但有一人為商賈者，亦不許穿紗」。又將商貿比同於農田耕作，「凡商稅，三十而取一，過著以違令論。」
要知道，
商貿與農耕不同，農田耕作由於周期長，又有著層層盤剝，所以農稅在十分之一是正常，但是商業流通，一般來說，按照行業和規模的不同，稅收也有所不同，少則二十取一，多則半數，太祖一概論之三十取一，實則是聊勝於無。
如此一來，商人不得不投靠士大夫，也就是官商結合，士大夫為了自己的利益，堅決抗稅、逃稅，皇帝如要把心思放在商稅上，就是「與民爭利」。
所謂「大魏失之於財」，不是商貿薄弱，而是朝廷根本收不到商稅，被士林和商人共同瓜分了。
大幽繼承前朝舊制，便連同前朝的稅制也一併繼承了，秦素自然要修改商稅。此舉自然又影響到了許多人的切身利益，甚至連補天宗、清微宗、慈航宗中都有些許反對聲音，不過這三家的根本還是在海貿，秦素沒有對海貿動手，反對的聲音並不大。
經過這麼多年的歷練之後，秦素早已不是當年寄情於山水之間的小姑娘了，若論手腕，不遜於當年的徐無鬼，她是不會讓政事變為戰事的。
在殺人這方面，秦素，或者說弈棋之人李玄都，深諳一個道理，因政殺人，不是戰場上的攻城掠地，而是要拉攏一派，穩一派，殺一派。
秦素自然是拉攏遼東老人，以景修、胡良、雲承宗等人為首，穩住後來歸附之人，以張肅卿、秦襄等人為首，這兩派人都屬於勛貴，也就是於問鼎天下有功之人。所殺之人，可以視之為前朝的既得利益之人，正應了司空道玄所言的得國正與不正的說法，與前朝貴族士紳牽連不大，重開天地，自然得國正，國祚綿長，反之就是得國不正。對於一眾勛貴而言，秦素對這些前朝之人動手，他們不但不會兔死狐悲，反而會幸災樂禍，你瞧，太女殿下還是向著我們這些老人，那些後來見風使舵之輩，不過是趨炎附勢的小人罷了。
正因為如此，秦素不會像徐無鬼那樣處處受制，反而能有所作為。
這場風波持續三年之久，直到神龍七載，才算天下大定。
只是在這場大案中，秦素徹底得罪了地方的眾多世家豪閥，再加上先前秦素放鬆禮教對女子束縛等種種舉動，使得這些地方豪族逐漸圍繞在儒門的周圍，一場針對秦素的陰謀開始醞釀。
秦家人口龐大，但多是遠房旁支，真正的嫡系只有兄弟三人，兄長秦道正，也就是秦清，膝下只有獨女秦素。三弟秦道方，早年膝下無子，直到知天命的年紀才老來得子。唯有二弟秦道遠子孫繁茂，膝下有五子三女，孫輩更有十幾人之多，故而秦素才會選擇從二叔的孫子中選擇一人過繼到自己的膝下。
到了神龍七載的時候，秦素四十六歲，秦道遠的長子也就是秦素的堂兄，已經五十歲，於神龍六年病故，次子也體弱多病，唯有三子秦為成年富力強，在宗室之中很有影響，逐漸掌握實權。
與此同時，儒門、世家
也團結在秦為成的周圍，形成了一方不可小覷的勢力。不過張肅卿、秦襄、景修、司徒玄略等七位國公還是以秦素為首，秦為成也不敢在明面上忤逆秦素。
秦清年老，感悟天人造化，因為「太上忘情經」的緣故，逐漸生出厭世之念，沉溺於鍊氣修道，故而將大權全部交由秦素之手。秦素執掌大權，如何不知暗流涌動，曾幾次召見心腹親信，言道：「知人知面不知心，不但君臣，便是兄弟亦難知其心術行事也。」眾心腹深知主上所言之人，更明白主上之意，於是帝京城中局勢愈發變化莫測。
神龍八載，秦清感覺飛升之期臨近，不欲久留人間，親自返回遼東祭祖，秦素照例留在帝京監國。在動身離京之前，秦清流露出提前傳位於皇太女而自己退位為太上皇的想法，使得秦為成一眾人等決定冒險一搏。
儒門大批高手抵達帝京，各地世家大族、宗門高手也相繼潛入帝京，決定除掉秦素，擁戴秦為成取而代之。在此之前，儒門中人已經開始造勢，聲稱女子登基稱帝乃是牝雞司晨之舉，定會禍國殃民，只要秦素一死，秦為成登基便是順理成章之事。
秦素也早有察覺，秘密調補天宗、清微宗、慈航宗、忘情宗、太平會、以及軍伍精銳高手入京，充入青鸞衛中，嚴陣以待。
九月初九，秦為成發難，趁秦素回宮之際，麾下高手盡出，圍殺秦素。儒門七隱士悉數到齊，又有當年宋政麾下的無道宗高手，包括極天王等人。不過秦素也早有準備，除了被秦素密調入京的眾多高手之外，許多公侯伯勛貴本身就是當世屈指可數的高手，便是面對儒門高手，也有一戰之力。
這便是書中世界的帝京之變了，只是相較於現世，來遲了將近三十年。
不同於現世帝京之變時的李玄都，此時的秦素已經躋身長生境多年，又有「陰陽仙衣」庇護，不僅不需要旁人保護，甚至親自出手平亂，所向披靡。
就在關鍵時刻，失蹤多年的宋政突然現身，偷襲秦素。
這便是宋政的最後一搏了。棋局以天下歸心為勝利方式，自古以來，二世而亡的朝代也不在少數，所以李玄都還未贏下棋局，不過也為期不遠。若是宋政繼續蟄伏下去，毫無勝算，所以只能在最後這個關頭嘗試捨命一搏，若是成功擊殺秦素，不說取勝，一個平局還是不難，這也是當初宋政棄城而走的原因所在。
宋政這些年來一意精進修為，而秦素要忙於政事，疏於修為，兩者高下立判，不過秦素早有準備。在關鍵時刻，原本已經返回遼東的秦清突然現身，還有齊王司徒玄策，一時間形勢逆轉，齊王司徒玄策連同其他高手擋下了儒門七隱士，秦素父女二人聯手圍攻宋政。
最終，宋政當場身死，儒門高手死傷慘重，狼狽逃出帝京，十不存一。秦素處死叛亂的秦為成，秦清退位成為太上皇，秦素登基稱帝。