小智帶著皮卡丘和小霞繼續前進，來到了全是岩石山原的地方，稱之為大溪谷，大傻谷的化石遺蹟發掘地。
在這裡遇到了帶著小春在這挖掘化石的小茂，小智也記得在這裡有菊石獸，多刺菊石獸，化石盔，鐮刀盔，還有化石翼龍，三種族群的精靈，還有波克比的蛋。
「咦，小智你怎麼也來到這裡了」，小茂牽著小春的手，看著小智帶著小霞，但是沒有小剛在時
「咦，那個尼比道館主呢，不會是你嫌他礙眼，離開了吧」，小茂有些擠眉弄眼看向小智，小春也是略帶曖昧的看向了一旁抱著皮丘的小霞。
看著小智的「青梅竹馬」的調侃，小霞耳根有些泛紅，但是也沒有說什麼，反而是小智肩膀上的皮卡丘顯得很興奮。
「皮卡皮卡皮卡丘」（沒錯沒錯了，就是這樣的）還點了點頭。
「怎麼回事，小茂」，小智看著小茂的小動作有些無語，很直白的開口，不過看著小茂和小春的手牽在一起，突然就有點想莎莉娜了。突然想起自己還有一隻很有潛力的皮丘沒有送給莎莉娜，準備下次精靈中心去轉給莎莉娜。
而小霞也是看著很直男回答的小智，也是很無語，曖昧的氣息也在這裡消散了。
「小茂，小春，我利用波導之力發現了許多的生命波導，你們要和我和小霞，皮卡丘他們一起去看看嘛」，小智不知道為什麼看著生氣的小霞，直接轉移話題
「在哪裡，我們要去看」，小茂，小春以及小霞開口道
「對了，小智，爺爺和我說你沒有把自己的精靈傳送回研究所」，小茂幾人跟著小智去地下遺蹟的路上。
「你忘了，我有一個小世界的，可以放很多精靈的」，小智很無語，畢竟自己的小世界被大木博士研究過很多次了，小茂，小春，莎莉娜他們都很清楚，也許也只有他們幾人知道。
想起這個，小茂更是酸了，怎麼可以見到阿爾宙斯，還送給小智一個小世界這種神奇的東西，直接就冷哼了一聲，小春也是很無奈，拍了拍小茂的肩膀表示安慰。
「好了，到了」，就在這時，跟著小智，幾人走到了一處被人一起很久的洞窟深處，又在科斯特地貌的溶洞七轉八轉的，洞裡都是可以勉強可以看清三四米的視線。
「小智這裡真的有，神奇寶貝嘛」，小霞有些疑惑，抱著皮丘更緊了一些，小春，小茂也是有些疑惑看向小智。
「噴火龍，出來照亮一下吧」，小智沒有理會幾人的視線，直接派出噴火龍，讓噴火龍的尾部火焰照亮了整個洞窟，在照亮洞窟後，幾人發現很多沉睡著的精靈。
小茂拿出精靈圖鑑，查看是什麼精靈。
小智在一旁開口，「是菊石獸，多刺菊石獸，化石盔還有鐮刀盔」
「都是化石寶可夢，很久以前精靈學界就以為不存在的精靈，只是受不了外界環境，在這裡棲息」
「小茂，你聯繫一下大木博士過來，小春你也可以聯繫你的父親，櫻木博士，這裡要建立保護區，我去聯繫一下聯盟那面」
小茂也沒有反駁，只是掏出自己的通訊裝置聯繫自己的爺爺，小春也聯繫了自己的父親櫻木博士過來。
在幾人和各自聯繫的人交流好後，小智發現這些精靈似乎是無法適應外界環境，在這裡進化出可以適應外界環境的器官。
在幾人交流後，噴火龍突然向洞窟上方，吼了一聲.小智幾人也是看向上方，發現好幾隻化石翼龍。
而下面的精靈們也都被噴火龍的叫聲給吵醒了，它們開始變得煩躁不安起來。小智見狀連忙對小霞、小剛等人解釋道：「我想也許是因為化石翼龍感受到了我們的到來，它想要保護這些小精靈才會如此緊張。」說完後他便釋放出了自己的常磐之力，試圖去安撫這些精靈。
在小智常磐之力的作用下，那些原本焦躁的小精靈們逐漸安靜了下來。而此時的化石翼龍也感受到了這股來自大自然的力量，它停下了攻擊並緩緩降落到地面，落在小智幾人的面前。
小智然後從小世界拿出大量的精靈食物，給化石翼龍他們遞了過去，讓他們自己分發食物。畢竟收到外界影響的他們，已經陷入沉睡，沒有食物來源。
化石翼龍也是感知到小智幾人沒有惡意，開始給自己這些夥伴們，分發食物。小智想了想，讓超古代快龍出來，畢竟這些精靈，也是從超古代那時候就有了的精靈，和超古代快龍可能還有些許聯繫。
超古代快龍出來後，縮小自己的體型，便感知了很多帶著自己年代氣息的精靈，也是很開心，飛了過去和他們交流。
在一番交流後，超古代快龍和小智提出了請求，希望小智可以利用這個時代的常磐之力的給這些精靈輸入這個時代的氣息，讓他們快速誕生自己的適應這個時代的器官。（個人解釋一下，常磐之力什麼時代都存在，但是帶著時代的氣息，不可能指望超古代的常磐之力，和現代常磐之力一模一樣吧，都是時代的森林產生的神奇力量，超古代的森林不可能和現代的森林一模一樣吧）
小智也沒有多說什麼，直接是波動之力和常磐之力混合使用，讓這些精靈感知這新時代的自然氣息，在感受這些氣息後，都變得精神了起來。
……
「小茂，怎麼樣了」，大木博士帶著一群聯盟的人過來，還有經常在電視上出現的達馬嵐其會長也跟著過來
「小春，我的乖女兒，終於想起我這個老父親了呀」，櫻木博士一過來就看到了，自己的女兒被大木博士的孫子牽著手，有些不滿意
小春有些尬笑，畢竟不是小智提醒，自己也沒有想到叫自己的父親過來，看著自己的爸爸一直盯著自己的手，才反應過來，急忙撒開了手跑到櫻木博士身邊撒嬌，然後和聯盟的人說了這裡發生的一切的事。
在場的人都是，很尊敬的看向了正在給洞窟里精靈輸入自然能量的小智。經過一個多小時後，在超古代快龍利用波導之力的幫助下，小智冠軍巔峰的常磐之力和波導之力也是消耗的差不多了，終於讓自己所有精靈都感受到了新時代的氣息，可以在很短時間裡來進化出可以在外界生存的器官。
小智結束後也是看向了大木博士，以及大木博士身邊的達馬蘭奇會長