小智等人乘船來到伊呂波三島，在這裡意外遇到前來調查珍珠貝為何在特定島上，只會進化成獵斑魚或櫻花魚的謎題的小田卷博士！
根據博士的研究，解開進化的秘密的關鍵，在於深海之牙與深海之鱗上。於是小智等人為了解開海底謎題，與島上的觀念不同，卻又相互喜歡對立進化型的奈美子小妹妹和菊間小弟弟一起前往古老傳說中的洞窟探索！
最終在兩座島嶼上，分別找到了深海之鱗與深海之牙，奈美子的珍珠貝進化成她喜歡的櫻花魚，菊間的珍珠貝進化成他喜歡的獵斑魚！成功化解了呂島與波島的矛盾！
告別小田卷博士，小智等人離開了伊呂波三島來到了剛迦島，在這裡小智與岩清水來了場雙打比賽，以過動猿與美納斯組合輕鬆打敗了岩清水，美納斯成功進階普通頂峰。
在這裡還碰到了，不知道發什麼瘋要鍛鍊肌肉的火箭隊，因為他們沒有搗亂小智也就沒管他們！
可是他們前往綠嶺市時，卻搭上了火箭隊的船，讓小智直呼大意了，好久沒見火箭隊使他竟然放鬆了警惕，被抓住的皮卡丘在兩隊爭奪，皮卡丘煩的直接一發十萬伏特，火箭隊飛天，小智等人落海！
現在小智一行人正在抱著一塊浮板，漂泊在海上，小智一直在發動全力波導之力，希望能找到船隻，他們就可以獲救了！
這時，小智的波導之力發現了一個熟悉的波導向他們靠近，小智嘴角一抽，突然不想被救了，因為這個熟悉的波導，小智沒記錯的話好像是火村！
真是怕什麼來什麼，就在這時，海面一陣顫動，從小智等人下方升上來一隻紅色的潛水艇！
小遙驚喜道：「太棒了！是潛水艇！」
「說不定，我們可以請這些人救救我們。」
小智連忙阻止道：「等一下，這個潛水艇不出意外的話是火岩隊的！大家快躲起來！」
「火岩隊！」x3，連忙跟著小智藏了起來。
果然火岩隊的隊員正在眺望塔上觀察，小智等人便潛伏在潛水艇上，一路來到了火岩隊的海上基地！
「報告，第三行動隊，巡邏任務已經執行完畢。」其中一名火岩隊隊員向著一位紅頭髮的大叔報告著，而旁邊站著的正是小智的老相識火村！
不過那個大叔也是有些本事，竟然發現了隱藏的小智等人，既然被發現了，小智乾脆大大方方領著眾人走了出來，有烈空坐與代歐奇希斯在小智絲毫不慫他！
「是你！」火村見到小智，當即怒視的看著小智，他還沒去找小智麻煩，先被小智摸到基地來！
小智沒有理會他，反而認真的打量著紅髮大叔道：「你應該就是火岩隊的老大——赤焰松吧！」
而幾隻大狼犬正怒視著小智等人，只要他們有什麼異常就會立刻發動進攻！
赤焰松絲毫瞧不起小智等人，雖然打敗了火村，但還能與自然之力與神對峙？！不過是幾個少年少女而已：「雖然你多次妨礙火村行動，但我們無意加害你們，只是我們現在非常忙碌，在這一場作戰計劃結束之前，請你們在這一艘艦上乖一點！」
就在赤焰松的注意全都被小智等人吸引時，一個身穿火岩隊隊服的女人趁機跳出潛艇，向著基地跑去！
而在小智手上吃過不少虧的火村，還想提醒一個老大赤焰松，反而被赤焰松毫不在意的打斷道：「水艦隊那邊的狀況如何？」
「是！」火村嘆了口氣，開始匯報情況，「我想他們應該潛航在這附近，在目前這個時間點，夢斯島近海並沒有辦法得到確認。」
「嗯！是嘛！」赤焰松點了點頭，在他看來現在能和他對抗的只有得到固拉多的水艦隊了！
只是他的火岩隊真的漏洞百出，真是所有的臥底都潛進來了，不僅小智等人潛入，就連水艦隊臥底與聯盟臥底都潛入了！
甚至水艦隊臥底行動隊隊長泉美，已經打暈了看守人員，見到了她，不！整個水艦隊夢寐以求的超古代神奇寶貝——蓋歐卡！
也不知道蓋歐卡與固拉多怎麼搞的，明明有強大的神獸實力，竟然還被火岩隊與水艦隊抓住了，真丟神獸的臉！
泉美不再猶豫，連忙開始幫助蓋歐卡解除封印！
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小智等人被赤焰松帶到了一個辦公室，赤焰松如同勝利者般坐在中央，笑道：「好了，你們坐下來吧！這樣站著實在很難跟你們談話。」
小智也不客氣拉著小遙小勝，與小剛坐了下來，只是小遙姐弟被大狼犬盯的有些瑟瑟發抖，不斷的朝小智身上靠。
小智忍住將小勝推到一邊去的想法，這時赤焰鬆開口問道：「你應該對我們的事情稍微有點了解吧！」
「當然了解，你們的目的都是超古代神奇寶貝，你們的目標是固拉多，而水艦隊的的目標是蓋歐卡而已！你們其實都差不多吧，都為此來達到各自的某些目的！」小智直言不諱道。
頓時，大狼犬怒視起了小智等人，但小智絲毫不慫！
「你這小鬼，放尊重點！」火村氣憤道。
就連赤焰松都皺了皺眉頭，但依舊隨意道：「你好像對我們有點誤會，我們火岩隊設立的目的是為了解開這個星球的謎題，為了創造更美好的世界！跟海洋隊那些流氓無賴集團完全不一樣！」
小智則輕笑一聲，這句話鬼才信呢！不應該是鬼都不信。
「不管怎麼說，超古代神奇寶貝都只是傳說，沒有那麼容易就找到的！」小剛也在一旁發言道。
要知道傳說中的神奇寶貝多稀有啊！要不是跟著小智那滔天的氣運，普通人一輩子都見不到，一直以為只是個傳說而已。
赤焰松則輕笑一聲：「哈哈！不好意思，超古代神奇寶貝早已落入我們的手中了！」
「什麼？！」小剛三人大驚，只有小智早就知道表情很淡定！
這讓赤焰松心裡有點沒底，難道這個少年還有能對抗傳說神奇寶貝的能力？
未完待續
PS：這裡設定這次的固拉多與蓋歐卡是真正擁有司職的神職神獸，不像烈空坐那樣藉助翠綠寶珠有機率突破擁有神職的實力，而且藍色之珠與紅色之珠只是可以控制它們的道具並不是靛藍色寶珠與朱紅色寶珠。
神職分兩種，一種就是當世擁有司職與神職實力，它們維持著世界的正常運轉，每個司職是不可能被人類收服！另一種是擁有大機緣雖無司職但卻突破神職的實力，這種比較自由，如果人類得到它們的認可被收服也是可以的。當然黑白雙龍除外，畢竟它們的司職就是選擇理想與真實的勇者。