「大家雖然對初次見面的神奇寶貝不熟，但是有很好的表現，接下來也請各位享受與更多各式各樣的神奇寶貝認識相處的過程。」課程結束，山梨博士上台進行總結。
接著對於這場對戰山梨博士進行了打分，「那麼，現在要發表這次跟神奇寶貝感情交流最深的學生，那就是紅組的小光！」
「我嗎？！」小光不可思議的指著自己，然後歡呼雀躍的和臭泥抱在了一起，「太棒了，沒問題！」
小智點點頭，小光確實名副其實，雖然他也成功幫雷丘建立起了自信心，但與小光讓臭泥從人人嫌棄變的萬眾矚目，釋放出臭泥令人驚艷的魅力相比，確實不夠看！
「還有，把個人得分加在一起之後的結果，目前班級對抗排行第一的也是紅組！」
小光作為個人得分第一，而小智與小剛的表現也十分不俗，拿下小組第一當然是理所應當啦！
第二是考平帶領的藍組，武藏帶領的綠組自然是倒數第一了！
課程結束，眾人剛剛熟悉的新夥伴便被收了上去，自此暑期講座第二天圓滿落幕！
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第三天的課程是觀察水系神奇寶貝，在研究所分部的後院中的湖泊里飼養各種各樣的水系神奇寶貝，就算是有著活化石之稱的古空棘魚都存在。
讓小智震驚不已，要知道小智上次見到古空棘魚還是在他剛穿越不久，在豐緣地區的古辰鎮，那時候的小遙才剛剛領取到火稚雞，沒想到不知不覺下已經過了這麼久了。
只是小智一行人以及小葵並沒有觀察湖中的神奇寶貝，而是意外發現了一個洞穴，在這裡發現了湖中傳說的真相，見到了一隻十分漂亮的魚兒——霓虹魚！
於是四人決定課題就選擇它了，值得一提的是小葵的搭檔竟然是只小貓怪，也是它被吸引這才讓眾人找到了此處。
小智四人成功做出了出色的報告，本來每人應該是滿分的，卻由於擅自離開湖邊，每人都扣了四分，但紅組依舊遙遙領先！
翌日，金燦燦的陽光散落大地，小智一行人與小葵已經在教室里坐好了，此刻山梨博士的聲音從廣播裡響起。
「今天要進行的課程是學習與幽靈系神奇寶貝的正確接觸方式，這個課程的目的在於學會不論在何時何地碰到幽靈系神奇寶貝，都能採取正確的對應方法，詳細的內容將由各位導師告訴各位！」
小智他們的導師開始為眾人詳細的講解規則，「那麼由我來說明一下規則，每班都要個別分成兩人一組，請把放在山頂遺蹟裡面的這個獎牌拿到手，然後回到校園裡來！」
「我們會依照時間長短來打分數，出發時間是今天晚上七點，在那之前，請大家各自找人分好組！」
「這是要舉行試膽大會的意思啊！」來到操場上，小剛不由得笑道。
而小光自然而然的跑到小智面前，「小智，我們一起組隊吧！」
「沒問題！」小智毫不猶豫的答應了下來。
小剛則無所謂的與小葵組成了一隊。
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夜晚時分，幽靜的森林入口處，小智所在的紅組被帶到此處。
小次郎作為工作人員宣布道，「紅組是由這個門出發的，至於藍組跟綠組，則是從其它的門出發，每個門到遺蹟的路程都是一樣的。那麼，出發吧！」
紅組第一隊正是小智與小光，兩人率先出發，其它小隊再接連出發。
小智肩上帶著皮卡丘與伊布，而小光卻沒有放出波加曼反而派出她的閃光小火馬！
在小火馬身上燃燒的幽藍火焰加持下，讓小智兩人周圍瞬間亮了起來，但在外人看來卻顯得十分詭異，畢竟幽藍之炎大多都被稱之為鬼火！
小智兩人才剛走沒幾步，就有一隻鬼爪從草叢中探出抓住小光的腳踝，讓本來正在趕路的小光差點跌倒。
而小火馬當即衝上前將草叢扒開，發現是鬼斯、鬼斯通以及耿鬼這一條幽靈系的進化鏈。
小光也不害怕，反而氣勢洶洶的質問道，「你們要做什麼？不要搞這麼低級的惡作劇好嗎？」
嚇的這三隻幽靈神奇寶貝抱在一起縮成一團瑟瑟發抖，小智無奈的笑了笑，看來小光並不害怕幽靈神奇寶貝。
小智給它們留下些幽靈神奇寶貝食物，就拉著小光向山頂遺蹟趕去。
兩人不知道的是，此刻整片森林早已亂套，事件的起因便是，考平與一個小女孩來到了懸崖邊，而小女孩竟然詭異的飄在空中。
考平差一點就跌落懸崖，卻被一隻黑夜魔靈救下，考平也被黑夜魔靈嚇暈過去，這時小剛與小葵趕了過來，並且誤會了黑夜魔靈。
自此每當小女孩想要蠱惑人心時，黑夜魔靈就出來搗亂，而眾人卻都被黑夜魔靈嚇到了，可以說除了小智與小光這一組，所有人都已經返回山梨研究所分部了！
小剛與小葵已經將事情的經過告訴了山梨博士，山梨博士也滿臉疑惑，「真是奇怪，這座山上的幽靈神奇寶貝都是由我們研究所管理的，但是並沒有黑夜魔靈，而且附近也沒有野生的幽靈神奇寶貝才對，還有你們說的小女孩」
說到這，山梨博士好像突然想到什麼，臉色一變，「前幾天進行遺蹟修復工作的時候，發生了些意外，在遺蹟石壁的後方有一個洞窟，有人猜測那可能是通往傳說中靈界的入口。」
小剛聞言頓時意識到事情嚴重性，不由得驚呼道，「遭了，小智與小光還在裡面！」
不再猶豫山梨博士與小剛、小葵向山頂遺蹟趕去，同時小剛雖然覺得小智沒什麼問題，畢竟小智身邊可是跟著幽靈屬性的神明瑪夏多，而且還可以召喚騎拉帝納，但就怕萬一啊！
未完待續