「是雷吉洛克，波飛彈！」
瑪夏多與路卡利歐同時起手波飛彈，一發抵消破壞死光，一發將雷吉洛克擊退。
雷吉洛克卻毫不在意的重新起身，在小智等人頭頂凝聚出巨大落石！
「再來，波飛彈！」
瑪夏多與路卡利歐對著落石轟擊，大量碎石掉落，頓時沙塵四起。
趁此機會，小智趕緊帶著眾人離開了此處，畢竟他們是來接皮卡丘它們的可不是來對戰的。
穿過充滿水晶的山洞，小智等人順利抵達了世界初始之樹底部，而在小智的波導感應下皮卡丘它們正在世界初始之樹最上面。
「它說不準我們靠近！」此時，路卡利歐出聲道，顯然它指的正是剛剛雷吉洛克。
「這是警告嗎？」小智思索道，「看來雷吉洛克是世界初始之樹的守護者！」
現在小智這才打量著此處，這裡陽光明媚，水流潺潺，神奇寶貝們在此處安居樂業。
這裡甚至生活著早已滅絕的神奇寶貝，多刺菊石獸、化石翼龍等等，此處的場景不知道會讓多少研究化石神奇寶貝的研究員們，徹底瘋狂！！
琪朵戴上眼鏡，開啟上面的攝像頭，「這裡就是世界初始之樹正下方嗎？」
說完更是拿出小型調查飛行器，但是還未啟動，瑪夏多一個橫掃全都摧毀了！
「瑪夏！」瑪夏多充滿警告的對琪朵喊道，身為擁有神職的它自然明白世界初始之樹的重要性，怎麼可能讓她亂來！
路卡利歐充當翻譯道，「瑪夏多說如果不想死就不要亂動，尤其是那些水晶！」
小智也對琪朵警告道，「那些水晶都有些波導，說明整個世界初始之樹都是個生命，我們僅僅只是來接皮卡丘它們的，不要節外生枝！」
「好吧！」看著一臉嚴肅的注視自己的小智，琪朵只好打消了這個主意。
接著小智與路卡利歐帶領著眾人繼續向上前往，大約在中部位置另一隻永恆神奇寶貝全身由冰柱組成的雷吉艾斯擋在了眾人面前。
急冰光線激射而出，路卡利歐全力發動波飛彈與之對抗，而瑪夏多則遁入到影子中，暗影偷盜發動，頓時將雷吉艾斯擊倒！
「走！這幾個傢伙根本無法溝通，撤退！」小智當即帶著眾人離開絲毫沒有戀戰！
小智等人迅速逃離此處，而雷吉艾斯重新站起來的追擊小智等人。
小智等人最終逃到了一處山洞中，從而遇到了同樣逃離的火箭隊，追擊火箭隊的正是雷吉洛克與最後的一隻永恆神奇寶貝雷吉斯奇魯！
這下小智等人被三神柱包圍了！
「小鬼頭，拜託你了！」武藏與小次郎請求道。
「既然如此，那就戰吧！」小智充滿戰意的看著三神柱，「拜託你們了，瑪夏多、路卡利歐！」
「瑪夏！」「路卡！」
三神柱它們有著同共的弱點，那就是被格鬥屬性克制。
「波飛彈！」
兩顆波飛彈同時發動，而三神柱同時凝聚破壞死光！
轟！！！但還是波飛彈更勝一籌，將破壞死光擊饋，命中了最中央的雷吉斯奇魯。
但水晶頓時發出光芒，雷吉斯奇魯很快就重新站了起來！
「這是世界初始之樹的力量！」琪朵震驚道，「這就證明世界初始之樹真的是活的！」
「如果是這樣的話，瑪夏多、路卡利歐使用發勁！」
路卡利歐頓時與岩神柱雷吉洛克纏鬥在一起。
而瑪夏多那邊卻遁入影中穿梭輕鬆擊敗了雷吉斯奇魯與雷吉艾斯，接著與路卡利歐一起擊敗了雷吉洛克。
「瑪夏多，展開神職氣場！將夢幻引下來！」小智指揮道。
「瑪夏！」瑪夏多神職氣場展開，與世界初始之樹共存的夢幻自然感受到了，夢幻當即帶著皮卡丘與伊布還有喵喵瞬間移動到小智身邊。
「皮卡～皮～」「布伊～」皮卡丘與伊布跳進了小智懷中。
「小次郎，武藏！」「喵喵！」火箭隊三人組興奮的抱在了一起。
「妙～」夢幻見狀全身散發出綠光，在與世界初始之樹溝通後，三神柱也退去了。
然後興奮的圍著瑪夏多轉圈圈，和自己同一級別的幻獸它都好久沒見了！
「瑪夏！」可惜，瑪夏多卻不想搭理夢幻，直接遁入小智的影子中了。
而琪朵感嘆道，「這棵世界初始之樹跟夢幻之間好像有彼此分享力量、相互共存的關係！」
「謝謝你，夢幻！」小智道謝一聲。
「妙～」夢幻圍著小智，高興的蹭了蹭小智。
「夢幻，你知道千年前的波導勇者亞朗嗎？」小智等人來此的第一個目標已經完成了，接下來就是調查清楚亞朗的真相了！
「妙～」夢幻思索片刻向著一個方向飛去，小智等人見狀連忙跟上。
沒想到的是夢幻竟然帶著它們深入世界初始之樹內部，來到一個明亮的空間！
在空間的正中央，有著一塊巨大水晶，從中散發著綠色光芒。
「這裡應該就是世界初始之樹的心臟地帶了！」小智感嘆道。
「這.這是！」路卡利歐餘光看到一旁有一雙熟悉的手套，而在那也有著一塊水晶，可以隱隱約約可以看到一個人的殘影！
路卡利歐見狀心底有些猜測，躥過去查看，此刻它多麼希望它的猜測是錯的！
但是當它來到此處，波導之力注入其中，身影漸漸清晰了起來，頓時讓它認清了現實，痛喊道，「亞朗大人！」
「原來如此，亞朗把路卡利歐封印起來之後，一個人來到了這裡！如果我沒有猜錯的話，亞朗恐怕藉助了世界初始之樹的力量，才平息的戰爭！」
說完，小智看到中央水晶不遠處的時間之花，毫不猶豫的將波導之力注入其中，真相即將揭露！
未完待續