由於明廷採取了剿撫並用的手段，在崇禎十二年四月前，「義軍」的形勢出現了極度低沉的局面，但「義軍」的低谷期沒有持續多久，崇禎十二年五月起，「義軍」再一次活躍起來，並且是空前的活躍----練餉的徵收如火上澆油一樣，讓明末「農民起義」迅速進入了高三朝階段。【,無錯章節閱讀】
而這一切的改變首先是從張獻忠、羅汝才兩部的再次叛亂開始的。
崇禎十二年五月，一度因為形勢所迫才被迫受撫的張獻忠，發現北上勤王的明軍剿寇軍主力並沒有南返，因此膽氣復壯，遂於該月上旬於谷城以「毀城、劫庫、放囚」的形勢發動了叛亂，並殺死了谷城知縣阮之鈿，並在縣衙牆壁上留下了「以告楚人，言發，由總理（熊文燦）酷取其貨」的聲明，還「列具上官姓名，疏取（來信索取）賄多寡、日月」，「唯襄陽道王瑞栴不取一錢」等字眼，以證明自己是被迫再次造反的。
隨即，張獻忠率部離開谷城開往房縣，與正在那裡「解甲耕屯為觀望」的羅汝才部匯合；
見到張獻忠部開到，早就不甘心種地的羅汝才立刻響應，也舉起了再度反明的旗幟，並與張獻忠部聯手攻下了房縣縣城。
張獻忠部與羅汝才部再次叛亂的消息，以及張獻忠留下的所謂官逼民反的證言證物，讓熊文燦惱羞成怒，便命令左良玉部加以討伐。
得知左良玉部開來，自知不敵的張獻忠和羅汝才部經過商議，於當年七月二十二日，放棄房縣西進秦嶺深處；接到收復房縣消息的熊文燦對於左良玉部行動緩慢，導致張獻忠和羅汝才兩部逃脫非常不滿，便勒令左良玉繼續追擊。
左良玉「謂路險餉艱，不可追」，然「文燦身入禍門，不暇審計，強使行」。
在熊文燦的逼迫下，左良玉於七月二十六日，與豫將羅岱部一起出發，並以羅岱部位前軍，左部躡行其後，「逾房縣八十里，至羅猴山」，「軍乏食」，且遇張獻忠並羅汝才部的伏擊，羅岱當場戰死，左良玉便「大敗奔回，軍符印信盡失，棄軍資千萬餘，士卒死者萬人」。
羅猴山之戰後，擺脫了追兵的張羅聯軍「欲入狹西」，但陝西明軍扼守要隘興安，張羅兩部無法突破，只能轉向進入川東，但又遭到四川明軍的抵禦，於是，同年九月，張、羅兩部分開行動，張獻忠部向陝西轉移，羅汝才部轉向湖廣。
而在張、羅兩部分開行動之前，崇禎皇帝已經對熊文燦的無能和貪鄙忍無可忍了，於是，將其「削官」、「戴罪自贖」，對此，熊文燦的舉薦人楊嗣昌未免心中著急，為了避免明廷內部的政治反動派，拿熊文燦的事來攻擊自己，楊嗣昌便「請自行以塞上意」。
楊嗣昌被重用，本就是崇禎皇帝的獨斷，因此眼下看到楊嗣昌出了問題，所以崇禎皇帝也希望「嗣昌立功、以靖眾口」，所以，楊嗣昌一提出「自行」，崇禎皇帝便「亟許之」，就此決定由楊嗣昌以大學士兼兵部尚書的身份出任督師，並「賜劍」、許以「便宜誅賞」。
九月六日，楊嗣昌陛辭離京，崇禎皇帝還「賜詩祖晏」，其詩為：「鹽梅今日作干城，上將威壓細柳營，一掃寇氛從此靖，還期教養遂民生。」
不說詩作的好不好，但這份恩寵是沒得說的，甚至還為了幫助楊嗣昌滅口，待楊嗣昌抵達熊文燦大營後，逮捕熊文燦入京，並坐以「大辟」······
「王乾，你報稱，『舞、葉間有妖民劉保兒作亂』、『柘城有土賊一斗谷為禍』、『梁（開封）、宋（歸德）間有一條龍、袁老山起事』，復有商丘黃老山、許州藍氏兄弟、商水哪吒等近五十多股土寇為禍全省，那河南府周邊有沒有呢？」
王乾回應道：「回世子爺的話，有的，永寧有張瞎子、馬保兒、黨三，澠池有郭鬼子、叫破天，嵩縣有一支香、血紅花，另外在汝州與河南的交接處，還有李福、李康兄弟及一條龍、艾一等部為禍。」
朱由崧皺了皺眉頭，問道：「少林寺不管周邊的匪盜嗎？」
王乾目光閃爍道：「奴婢懷疑，其中有幾支土寇就是少林寺扶持的。」
朱由崧冷笑起來：「好一個佛門聖地啊，不說少林寺了，說說看，這些土寇當中有本藩扶持的嗎？」
王乾搖頭道：「沒有！」
「真的沒有？」
「奴婢不敢欺瞞世子爺，的確沒有！」
朱由崧摸了摸上嘴唇的鬍子，對王乾說道：「這不太好，通知路通抽幾個絕對可靠的，在本藩撤人廢棄的王莊中找幾個地方，豎起旗幟來，或許關鍵時候有大用的。」
王乾提醒道：「世子爺，王莊都是在建在平原上的，雖然有遺棄的寨子可以堅守，但還是容易被官軍剿滅啊！再說了，維持他們，少不得又要糧食！」
朱由崧知道王乾擔心什麼，回應道：「樹旗也看樹什麼旗，完全可以打保境安民的旗幟嘛，即便真遇到朝廷來剿、流寇來討，也可以投進去，算是我們的伏子，至不濟也可以跟尚可喜唱一出雙簧，讓他得些功勞。」
王乾完全明白了朱由崧的用意，但還是擔心糧食問題：「那糧食這塊？」
朱由崧回復道：「一開始用不著那麼兵馬的，一處二、三百也就頂天了，是用不了多少糧食的。」
王乾考慮了一下，建議道：「既然如此，完全可以讓王莊管事組織那些不願意走的莊戶立旗，何必再派路通的人進去，萬一亂世中，路通的人被觸發了貪念野心，世子爺的用心豈不是白費了嗎？」
「糊塗，這種事，方便本藩直接出面嗎？」朱由崧的話聽起來是呵斥，其實是解釋。「至於路通的人日後會怎麼樣，的確是說不準，但就算其不背叛王府，誰能保證一定會在土寇兼併、流寇和官軍的討伐下倖存呢？」
朱由崧繼續道：「我這是廣收薄種，萬一有一個能在官軍中升上去，有一個能在流寇中占了高位，關鍵時候就能起到大作用啊。」
王乾恍然道：「是，奴婢糊塗，奴婢這就去安排······」
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