既然幕府把壓力施加給了自己，板倉重昌就只能請九州的諸侯們替自己分擔了，於是，他將任務分解給了九州聯軍，命令兵力最多的佐賀藩及佐賀藩的支藩蓮池藩、小城藩承擔進攻島原城的任務，又命令擁兵1100勢的小倉藩和擁兵1250勢的中津藩負責進攻四阿山砦、擁兵1000勢的石岡藩和擁兵1500勢的柳河藩進攻南崩山砦，其餘唐津、久留米、森藩、高鍋藩等為預備隊，視情況分別支援各處戰場。【寫到這裡我希望讀者記一下我們域名】
除了安排先期抵達島原城周邊的部隊展開第三輪進攻外，板倉重昌還根據幕府物見隊（偵查隊）的報告，命令福岡藩、秋月藩、東蓮寺藩、小倉藩等部沿島原半島西海岸南下，籍此迂迴到半年南端，直撲原城周邊地帶，進而阻止起義軍修建各處山砦，對原城一線來個黑虎掏心、一擊必殺。
而在南九州方向，板倉重昌也致信充當南線討伐軍指揮官的薩摩藩繼承人松平（島津）薩摩守光久，催促他率兵出擊天草群島，剿滅南線的叛亂百姓。
按說，板倉重昌的計劃還是周全的，但問題是，島原半島西線山谷縱橫、道路極其不便，除非板倉重昌調來足夠的船隻運輸，否則想要實現其快速南下、直撲起義軍心腹要地的圖謀是沒辦法實現的。
可船在哪呢？
別說，那些坐擁大型「回船」的日本豪商們對支援前線的義務避之不及，就算這些豪商們迫於幕府的壓力，老老實實的向西路討伐軍提供船隻，時間上也不及的----很多豪商聽說幕府討伐軍出擊後，就已經把己方在九州地區船隻調回本州了，等他們在接受幕府嚴令後，再把船調回來，黃花菜都已經涼透了。
既然沒有船，山路又難走，所以，福岡等藩自然樂得敷衍了事，就這樣，快速進軍變成了慢速進軍，所謂黑虎掏心的計劃，自然是落實不下去了。
至於南九州方面，島津守光肯定是要聽命的，但他也有很好的藉口，這就是天草群島中除了上天草島、下天草島等2個主島外，還有長島、伊唐島、獅子島、御所浦島、橫浦島、樋島、湯島、永浦島、樋合島、維和島、大矢野島、戶馳島、野釜島等多個有人島嶼，至於無人島的數量就更多了，因此為了避免有「漏網之魚」，南線討伐軍需要逐一清查，但船一樣沒有那麼多，因此沒那麼快「滌盪」乾淨了叛亂百姓的，也沒那麼快就直奔富岡城而去了。
兩路兵馬都在磨洋工，自是讓板倉重昌氣得吐血，但他又不能分身飛到西南兩路去親自押陣，所以，板倉重昌就只能把怒氣撒在了近在眼前的東路討伐軍頭上。
由於板倉重昌的不斷逼迫，懾於幕府壓力的東路諸侯便只好放棄了划水的企圖，開始不惜代價的攻打起島原城內外的起義軍來了。
在諸侯拼上全力後，起義軍果然支持不住，這不，崇禎十年十二月二十三日，小倉藩和中津藩以傷亡150人的代價，奪取了四阿山砦，守備四阿山砦的島原百姓350人，全軍覆沒；兩天後，石岡藩和柳河藩也以180人傷亡為代價奪取了南崩山砦，並殺死了山砦中的300男女百姓；至此島原城的支城全部陷落，守軍陷入了孤立無援的境地。qqxsnew
然而就在板倉重昌自以為即將攻陷島原城之際，守軍卻憑藉著花山京雄半賣半送給起義軍的幾門「地銃」的威力，再一次擋住了佐賀三藩的進攻，以至於替代身在江戶的佐賀藩藩主鍋島勝茂指揮佐賀三藩聯軍的，蓮池藩藩主鍋島直澄直接抱怨稱「只有大筒才能壓制大筒，所以需要幕府調撥大筒出戰」。
板倉重昌怒不可遏之餘，發現佐賀藩中有人與島原城內的起義軍暗通曲款----佐賀藩軍中有基督教的同情者----當下撤下了佐賀三藩所部，調用唐津、久留米、森藩、高鍋等藩部隊出戰。
說起來，唐津等藩加起來兵力還不如佐賀一藩為多----只有佐賀藩的一半不到----原也是拿不下島原城的，但島原藩藩主松倉勝家戴罪立功，找到一條沒有被起義軍發現的密道，然後通過這條只能供一人通行的密道，直接深入到了島原城的本丸。
等趁著守軍被唐津等藩聯軍的進攻所吸引之際，板倉勝家領著10餘個隨從自本丸殺出，一時間突襲得手，殺死了起義軍在島原城內的指揮官，失去指揮的起義在腹背受敵、士氣消散的情況下並沒有能堅持多久，就這樣，島原城落入了幕府討伐軍之手。
儘管最終勝利的奪取了島原城，斬殺了留守島原周邊的3000百姓，但二十多天就這麼耽擱了，以至於起義軍已經順利的在各處設立起了山砦，幕府討伐軍速決速戰的企圖卻是徹底破產了。
按理說，此番出動的都是諸侯的部隊，消耗的都是諸侯的力量，打得快打得慢對幕府來說沒有什麼大的損失，可問題是，總指揮官是江戶幕府派去的，外人總覺得討伐軍打的不好是因為總指揮官手藝太潮了，這就讓德川幕府丟了面子，於是，為了嚴肅軍心，即便得知討伐軍已經收復島原城了，江戶老中會議還是做出了解除板倉重昌討伐軍總指揮的決議，並任命忍藩藩主、三代將軍家光小姓出身的老中松平信綱為新任討伐軍總指揮，立刻趕往九州接替板倉重昌。
得到自己被幕府解職的消息，板倉重昌內心中的那根弦斷了，於是他便親自上了一線，指揮部隊攻打龍石海岸線邊的須川山砦，結果自然是求仁得仁，死在了守軍的流彈之下。
板倉重昌戰死了，島原北線的戰事自然就自動停止了下來，但起義軍的局面並未真正得到改善，相反，隨著西路討伐軍出現在了濡川上遊河谷及島原西鄉等地，起義軍迴旋的餘地已經越來越小了，一旦松平信綱就位，一場更加血腥的戰鬥必然不可避免······
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