衛淵離開後的第二十天，東京人類倖存基地的人員開始從四個分基地向總基地匯聚。
因為這個世界的環境開始迅速的惡化，殘存的大概一千多萬的死體，竟然開始出現進化。
那些本就是紫金花體的特殊感染者，更是獲得了更進一步的進化。
那些植物也開始顯性變異，好些大型食肉植物開始出現在城市當中。
最為致命的是各種昆蟲的變異！
那些小蟲子本來並不是各種病毒的主要宿主，但是現在它們已經開始變異了。
尤其是巨型食肉蟑螂！
東京數萬的倖存者的生存開始受到威脅，經過了一翻抗爭之後，他們不得不做出將資源和人口都遷到一起，爭取最大力量抱團取暖的決定。
……
自從衛淵和郝萌萌離開這個幻界，這個幻界的「腐壞」就開始加速了。而且是越來越快！
當他離開三十天的時候，作為普通人的倖存者已經不能離開基地的高牆了，因為外邊的世界對於普通人來說，已經無比致命。
只有那些覺醒者和經過數次鞠川靜香強化的調查官，才能帶著各種庫因克武器，組隊去收集物資，維持日常消耗。
只是，就算是那些對於普通人來說，相當於是小超人存在覺醒者調查官，在外邊的折損率也極高。
這一個月里，就連特級調查官都折損了兩人，而且在一次屍潮進攻中，為了擊殺對高牆極有破壞力的坦克暴沖者，四名准特級調查官壯烈犧牲。生存環境越發的惡劣了！
雖然倖存者中，覺醒者的數量也開始變多，那些已經覺醒並經過強化的調查官們也在變得更強，那些人類的身體素質也在這種不正常的「進化」之中快速變強，但是和大自然的萬物相比，速度還是太慢了。
到了第四十天，倖存者基地用來防禦空中威脅，同時也是標誌性建築的巨型卡巴內金屬熱氣球——稽爆天星號，被3階上的覺醒變異金雕摧毀。
從此，倖存者基地對外界的探索越發的艱難，再也不能遠走。此時熱武器已經基本耗盡。
第五十天，幾乎走在人類進化最前沿的藤美四大天王折損兩人，藤女二雄和首山恥三郎為了掩護大部隊撤退而犧牲。
第五十六天，最高層之一，同時也是特級調查官，整個基地最高戰力之一的日下部聖炎與來犯的巨型寄生蟲猛獁象同歸於盡。
第六十一天，同樣是最高層的清水健一郎為了爭取時間搶運糧食，力戰三天三夜，最終被無窮的進化屍潮吞沒。
第六十五天，雀河名死戰死，臨死重創了不停偷襲人類倖存者的T病毒進化體獵殺劍齒虎。
第六十七天，春日六番與女友桐生蒼戰死。
此時無數的變異植物，已經開始侵蝕人類的造物。那些高樓大廈被各種植物紮根而垮塌，僅僅兩個月下來，人造痕跡就開始消退了。尤其是東京圈邊緣的地方，幾乎看不出有過人類建築的樣子。
第七十天，屍潮打破基地大門，險些攻破基地，不得已使用了爆破裝置，徹底的封死大門口，自此基地再無踏出高牆的能力。
為了能夠爆破大門，徹底的阻斷進攻的屍潮，井豪永以身做餌犧牲了自己。而按下爆破按鈕的是他的死黨小室孝。
之後小室孝和宮本麗抱頭痛哭，宮本麗說她從來都沒有忘記小時候說過要做小室孝新娘。以後要和小室孝相依為命。
第七十八天，血戰數日，艱難擊退進化屍潮，高牆下屍體堆疊形成斜坡。此次戰鬥後，基地內倖存者數量不足兩萬。
死者絕大多數是在城牆上戰死，也有小部分是被那些善於潛入和偷襲的生化怪物殺死，還有很多受不了這種必死無疑的絕望壓力，自殺了。
第八十八天，外城牆已經失守，被全面放棄，倖存的五千人進入地下內城。平野戶田和中岡麻美抱在一起引爆了自身的庫因克武器，為大部隊斷後。
第九十二天，為了防止巨型肉食蟑螂的騷擾，不得已堵死了各種地下通道。剩下的兩千多人已經是在苟延殘喘。庫因克狙擊手南里香重傷不治。
第一百天，一隻高達五十米，由無數屍體組成的超巨型融合體，實力達到4階的怪物，徹底的將倖存者基地夷為平地。
自此，倖存者數量不足十人，人類宣告滅絕。
天地開始模糊，變得混沌，東京圈邊緣的封鎖也開始消散。
天開始向下沉，地開始變得薄弱，天地之間開始如同混沌一樣變得模糊，如同霧氣，漸漸合攏……
殘存的幾個倖存者在不同的地方，看著這天通天地初開的一幕。
重傷瀕死，但是面無表情的桂言葉，靜靜地看著天空。她身上衛淵給的各種保命物品都已經用盡了。衛淵走後，再無人能夠指揮得了她，她只是在憑藉本能在戰鬥。
大胸校醫，運氣超好只受到了一些擦傷的鞠川靜香，倚在一塊斷裂的混凝土上，安靜的看著世界的變化。
斷了一隻手臂，但是憑藉著衛淵給的究極庫因克武裝和治療藥劑，硬是挺到了最後的竹取百合子，看著霧氣漸漸包裹而來。十天前，她的女兒高城沙耶因為重傷和病痛死在了她的懷裡。
一條陸人僅剩下上半身，卻也只有腦袋和一隻手臂露出在外，剩下的部位被垮塌的建築壓住。
……
衛淵在離開幻界之後，曾經花費了好些物資卡留了後手。
遠山良太能夠保存重置記憶，衛淵也要試一試讓其他人也保留記憶。
他前後和十幾個人說了這個幻界存在的真相，並且利用物資卡和靈魂源質，為其強化靈魂，爭取複製遠山良太的經歷。
如今居然只剩下四人。
此時，世界已經開始重置了。
倖存者們看到了遠處天邊是蔚藍的天空，幾絲雲彩散亂的在天上飄蕩。那邊的世界好像是東京外，又不太一樣。而東京圈一線之隔的這邊，卻如同天地重開一般混沌不明。
物質開始粉碎泯滅，黑暗和虛空降臨了……
等到塵埃落地，眾人再次睜眼回神，發現自己已經不在那廢墟中了。
看看周圍的一切，好像之前那兩百天經歷的，都只是一場噩夢一樣！
腦袋裡好些東西糾纏在一起，好像有什麼東西想不起來，又有很多記憶互相矛盾。
藤女二雄放下手中畫筆，拿起手機給自己的好友首山恥三郎打電話。
「喂，三郎啊！我剛才好像睡著了。做了一個很有意思的夢，但是我沒記住內容。」
那邊首山恥三郎回道：「巧了，剛才我也忽然來了靈感，有了好點子，要不咱倆一起花一本漫畫吧！」
「好呀！畫什麼題材的？」
「生化末日的如何？」
「正合我意！」