大明朝實行的省、府、州、縣制，登州歸屬山東承宣布政使司，洪武九年登州由歸屬萊州府之下的州升登州府，治蓬萊，轄寧海州、蓬萊縣、黃縣、福山縣、棲霞縣、招遠縣、萊陽縣和文登縣，自此形成東登西萊的局面。
天啟元年設登萊巡撫於此，登萊巡撫袁可立曾在此操練水師，登萊成為關防重鎮。
登州昇州為府的原因：時以登、萊二州皆瀕大海，為高麗、日本往來要道，非建府治，增兵衛，不足以鎮之。」
山東半島三面環海，擁有長達約二千五百公里的漫長海岸線。漫長的海岸線及其東突入海的地理環境使得山東的海防極為困難，極易成為倭寇襲擊的對象。在本明山東六府中，登州、萊州、濟南和青州四府轄有臨海區域。
山東自兗州、東昌而外，其當大海一面之險者，濟南東北境也；當兩面之險者，青州府北及府東南境也；當三面之險者，登、萊二府之東、南、北皆以海為境也，所以特別容易受到來自海上的攻擊，倭患特別的嚴重。
元末明初壹岐島、對馬島又是倭寇盤踞的巢穴，對於倭寇而言，從日本出發，輕易就能渡海到朝鮮半島，然後再渡海到山東等地登陸，轉掠大明沿海，此條路線在當時航海條件下無疑是安全度最高、成本最低的選擇，故山東成了首當其衝之地。
至明初情況更為嚴重，倭寇借明初江山動盪不穩，從太祖朱元璋二年開始就頻繁劫掠山東，浙江沿海，倭人之患愈烈。
海防已經成為關係大明之初政權穩固的大問題，太祖皇帝朱元璋在此建立十一衛、六所。
但山東都司要管的地方很多（還管著遼東，整個東北地區），都指揮使司工作繁多，己造成無暇顧及海防之態，於是成祖於永樂六年在登州水城增設了備倭都司，以統領山東沿海衛所諸軍，抗擊倭寇，山東海防也因此逐步完善，最高指揮官為登州總兵。
成祖朱棣先後在即墨、登州、文登三地組建了海防守備三大營：即墨營、登州營和文登營。
海防三大營各有具體的防務範圍，即墨營協防大嵩、鰲山、靈山、安東4衛，登州營協防轄登、萊2衛和青州左衛，文登營協防寧海、威海、成山、靖海4衛，三大營的建立有效的增強了山東海防力量，三營之間相互支援，形成區域戰鬥力量，不再是單打獨鬥。
名人周如砥所說:「永樂間，又立即墨等三營，以分控二十四衛所，故其建營之地與所控制之衛所遠近相均。（大約二百里）
山東備倭都司全稱為「總督登萊沿海兵馬備倭都指揮使司」，設府衙於登州水城。
登州水城是天然的防護港且地勢高，進可攻，退可守，遊刃有餘，且有內陸衛所防護，可以稱為抵禦海上敵人的山海關，山東備倭都司是山東都指揮使司的下屬軍事機構，是行都司，下轄三營二十四衛所，一開始歸山東都司管，後沒登萊巡撫後，改歸登萊巡撫管轄。
登州這裡是行都司，比都司低了一級的，所以就連他這位總兵也算是低了一級，他是地方級的總兵，而劉澤清則是省一級的總兵。
其實現在大明的總兵，他是相當於後世司令一一樣的頭銜，意思就是市軍分區司令，大市軍區司令，省軍區司令，鄭芝豹相當於大市軍區司令，雖然不及劉澤清那麼牛逼，但是因為他所掌管的地方算是獨處一方的，獨霸區域的，所以說勢力也都相當的大，可以跟對方相抗衡了，只是它上面有巡撫在直管著，不是自己完全當家，當然劉澤清上面也有人管，也飛不了天。
這就是登州總兵的由來，也是他管轄的範圍。
登萊巡撫他是奉朝廷的命令負責協調東三府的所有力量的官員，其手下的頭號大將自然就是這一位登州行都司的總兵。
本來這一位如果是國初之時，也是坐擁重兵，雄霸一方的人物，但是隨著大明軍事制度的崩潰和衛所軍事制度的崩潰，根本都沒有什麼可用之兵的。
比如說其轄下三大營二十四衛所，在以前制度沒有崩潰之前，每一處拉出來都能守衛一方，但是嘉靖年間，能打的部隊真心的不多了，就差不多是三大營了，但是三大營也是各有山頭。
比如說現即墨營救由劉家來控制，自從劉家控制以後，根本就不鳥登州總兵了，而登州營更是死傷慘重，因為吳橋兵變之中，登州是重點，被叛軍占領的兩年之久，登州營是徹底的完蛋了，不是戰死了就是隨孔友德叛逃。
而文登營也是差不多，可以說在吳橋兵變以後，僅剩的三大營也算是完了。
但是劉布憑著強大的財力迅速地對即墨營進行的重建，只是重建以後的即墨營已經不太鳥登州行都司這一塊了，如果是由他岳父來擔任登州總兵的話，他第一時間的前來聽用。
只不過令人意外的就是在鄭芝豹就職典禮之上劉布，並沒有出現在這裡，也並沒有第一時間的向他的岳父表示了祝賀。
而是他自己也跟著鄭紫寧出發去了，去海上進行觀戰。
不過他手下幾個重要的將領都來到了鄭芝豹的跟前進行報到。
以前總兵高若望可以說差不多是有名無實的，手上可掌控的兵力不多，他手上有的也是一大堆雜牌兵，都是吃乾飯的。
而勢力最為龐大的即墨營就在劉家的掌控之內，劉布根本就不鳥他。
連陳應元他們都收到了消息，賑災之時劉家軍進行了擴張，目前為止，據說他們家丁軍數量，已經不低於四千人了，已經算是登萊地區最強大的一支武力。
但是不要說是高若望，就是陳應元也控制不了這支部隊，也命令不了這支部隊，因為當兵就是吃糧，他們一直就拖欠著糧餉，而即墨營也沒有向他問，說白了就是雙方已經是各自分離的了，他們自己控制著部隊。
但是鄭芝豹擔任了登州總兵以後，掌管行都司，他就不同的，他就可以命令即墨營為他所用了。
不管陳應元他高興與否，這一任的登州總兵總算是手上有一些兵力了，有一些人可以做一些事情，不像上一任的高若望，根本就做不了任何的事情。
在登州之內駐紮的就是登州營，不過是空殼子而已，這跟當年名聞天下的登州營是遠遠不如的，但是劉布命令他手下大將之一肖寧率領的1000名精銳的士兵進駐，歸現任總兵鄭芝豹指揮，鄭芝豹就命令他們駐紮在城內，負責起一部分城防，然後他自己就親自的率領的主力艦隊出發。
鄭芝豹同樣也是一個強勢的人，他知道自己南方人來北方當武官，地方的官員官軍許多人都是不服，唯一的方法那就是拿出成績來，這些人就無話可說了。