在人類的歷史上，為了更好的生活於天地之間，人們一直製造各種工具，提高了生存技能，也提升了生活質量。
比如刀劍弓箭等武器的出現，讓人類變得更強，有了與兇猛野獸正面博斗的能力，從而走出了山洞，生活在廣闊的原野。
煲和鍋的出現，提高了人類的生活質量，延長壽命，可以說，一直是科技在促進人類進步，但是無論在東方和西方，都有勢力在壓制科技的進步，在東方是儒家學派，在西方則是宗教。
科學與宗教在西方曾一度處於水火不容、你死我活的對立關係中，但是這種對立狀態並非科學與宗教的全部關係。
而只是二者在一定歷史階段中所呈現出來的一種特定關係，正如它們曾經也在其他的歷史階段中呈現為一種水乳交融的同一關係一樣。在西方歷史中，科學與宗教的關係是一種動態的、隨著時代的發展而不斷調整和變化的關係。
比如現在，傳教士們發現單純的傳教並不能幫助人們進步，吸引到其它人的興趣，所以傳教士們搖身一變，成為了多面手，在宣傳科學的同時，也夾帶了不少私貨，所以他們與時俱進，活到了最後。
而儒家學派一直高高在上，固步自封，跟不上時代的腳步，最後被時代拋棄，跌落了神壇，回歸學術本質。
米柱在大明最大的敵人，其實就是這儒家學派的仕林中人，他們為人頑固，思想保守，對其它學派，大加打壓。
大明是仕農工商，讀書人高高在上，農民和商人還可以通過讀書晉級，工匠則是世代匠籍，沒有出頭的機會。
米柱利用廠衛系統的特殊性，提高了他們的地位，不過這依然是沒有改變多少，後世的米帝，可是把工程師作為國家的根本，國家的核心。
米帝人口不是世界上最多的，但工程師卻是最多的，這讓他們科技發達，遙遙領先，傲視群雄，稱霸世界，這一點是值得米柱學習的，他也決定走科技強國之路，目前在大明，根本做不到。
與其和這些人勾心鬥角，斗一個你死我活，不如另起灶爐，建立新的國度，這也是米柱決定揚帆南海的原因之一。
這時代的大明人，依然認為大明是世界正中，是天朝上國，對於海外，一直視為荒蠻之地，現在許多人還認為海外就只有三座仙山、蓬萊、東瀛、方丈呀！坐井觀天，那知世界之大。
連當朝精英葉向高等，都認為米柱封地，不過一州府之地，大是大了點，但是考慮到這麼遠，這就便宜了米家吧？這麼的遠，能不能抵達，能不能有效管理，這都是問題。
如果他們知道澳洲這麼大，不在大明之下，如果他們知道澳洲這麼大，南洋如此富饒，不知作何感想？但是有一點米柱可以確定，到了那一日，他己建立起足夠強大的軍隊，可以保護他的利益不受侵犯，就是大明皇帝和朝廷反悔也沒有用了。
因為大明最強的水師艦隊掌握在了他的手中，而且他是有計劃的剝離，這黑水艦隊本來就是新建，朝廷在其中影響力不大，更有甚者，他們一向不聽兵部和軍機處的調令，只是聽米利堅懂事會的，現在好了，米柱有意識剝離。
加上大明根本不重視海上權益，水師就是後娘養的，米柱乘機接管，水師盡入其控制之中。
米柱下南洋，看似是實力大幅倒退了，其實是轉到了海上，有朝一日，這些官員會發現，大明海權，盡在米柱控制之中，只要米柱不同意，他們寸板不得下海。
這在現在，不是什麼問題，大明本來就禁海，現在逐步開放，也不是多大的事，但到了那個海洋時代之時，就是欲哭無淚之時了。
米柱在擔任南洋大臣之後，便開招公開的大張旗鼓，招攬人手，為他揚帆南海作準備。
在此時他收到了葡萄牙人和西班牙人兵分兩路，進攻馬尼拉的消息，米柱立即下令黑水艦隊反擊，乘機對荷蘭人和葡萄牙人宣戰。
當馬尼拉在浴血奮戰之時，李旦率領主力艦隊南下，他坐鎮寶島，鄭芝龍率部進攻馬六甲，而顏思齊則在宿務甩開了葡萄牙艦隊，與事先潛伏的艦隊會合，進攻巴達維亞。
一百多年前，葡萄牙人占領了馬六甲城之後，便將它打造成為東方的前進基地。
馬六甲現在處於全盛時期，是個聞名於世的港口及經貿中心。由於其位置處於航海及經貿的中心，又有良好的深水港口，東去資源豐饒的東方文明古國，西接印度、阿拉伯世界及歐洲西方列強，使得馬六甲不僅成為繁榮一時的商業中心，它也同時成為東西方多種文化互相碰面及交流的地方，大明朝的鄭和在七度下南洋的時候，就是以馬六甲為中轉基地，他在這裡設立了母港，建立了倉庫。
馬六甲可以看到馬來人、華裔、葡萄牙裔聚居的街區，可以看到葡萄牙人修建的聖地亞哥城門和聖保羅教堂、最近才修建的總督府、阿拉伯風格的清真寺以及大明式廟宇。
馬六甲在十六世紀大航海時代興起前，成為東亞不折不扣的海洋城市。每年吸引好幾百艘船隻順著季風前來貿易，大明人、印度人、阿拉伯人、歐洲人擠滿了港口。從大明來的樟腦、絲綢以及陶瓷，從印度來的織品，菲律賓蔗糖，摩鹿加群島的檀香、丁香、豆蔻等香料，蘇門答臘的金子以及胡椒，婆羅州的樟腦，帝汶的檀香，以及馬來西亞西部所盛產的錫，統統匯集到馬六甲，再轉運到世界各地，馬六甲儼然是當時商品的全球集散中心。
葡萄牙人占領了這裡，等於占領了一聚寶盆呀！這裡成為了他們在南洋最重要的基地，荷蘭人打了幾次主意，這都無功而返。
葡萄牙人的軍隊不僅有來自本國的軍人，還有不少歐洲的僱傭兵，還有大量當地人組成的步兵隊伍，除了一支艦隊外，他們還花費巨資修築護城的城牆，並在總督府附近建造了堅固的堡壘衛城。
由於城市本身被流入馬六甲海峽的河流分為兩部分，所以這座帶有清真寺的要塞本身還扼守這聯通兩處城區的沿海大橋。只有通過大橋和要塞的防禦火力，船隻才能進入安全的城市內港停泊。可以說馬六甲城對於任何想要攻克他的敵人來說，都是一塊難啃的骨頭。
這是一座國際化大都市，城裡雲集了當地的馬來人，印度的泰米爾人、孟加拉人和古吉拉特人，地中海和西亞來的土耳其人和亞美尼亞人，中南半島上的越南人、泰國人和緬甸人，東面的汶萊人和菲律賓人，甚至還有打破海禁政策南下的大明人。
當鄭芝龍艦隊出現在外海，造成了巨大的震動，亂成了一團，許多人都認為是海盜前來洗劫城市了。
鄭芝龍是打著大明水師的旗號，但是這年頭，兵和賊很難分開，況且這鄭芝龍本來就是大海盜，穿上官服沒多久，誰敢保證他不會脫下官服，幹上一票，撈些外快和打秋谷？
鄭芝龍讓使者傳來了宣戰書。
葡萄牙馬六甲總督阿齊茲驚得呆了，宣戰！開什麼玩笑？如果不是鄭芝龍的艦隊來了，還一字排開，升起了大炮，阿齊茲真的認為，有人是在開玩笑了。
阿齊茲一方面與鄭芝龍談判，另一方面則利用拖延的時間，組織軍隊準備抵抗。他的部下在內港入口上方的大橋上建立了防禦用的柵欄，並在內港聚集起了一支艦隊。
同時在馬六甲城內的葡萄牙商人蠱惑下，準備對城市內部發起一次特殊的肅反行動，將可能不站在他一邊堅持抵抗的非葡萄牙商人一網打盡。這樣一來，不僅不少來自印度和東南亞地區的商人可能遭殃，連當時正在港內的十艘大明商船也不能倖免。
阿齊茲派人前來責問：「兩國一向友好，為何突然開戰？」
鄭芝龍道：「你們攻擊大明屬國呂宋，這是對大明皇帝及大明朝廷的挑釁，必須承受大明的怒火。」
使者詭稱：「呂宋還沒有建國，大明還沒有正式承認呂宋國，所以我等並不算攻擊大明的屬國。」
鄭芝龍道：「這一點你們可以去北京，向大明皇帝陛下申訴，本官奉令攻打馬六甲，擋我者死。」
使者道：「我們馬上派使者去北京申訴，在此期間，你們不可以發動攻擊。」
鄭芝龍道：「本官的任務是拿下馬六甲，爾等不投降，立即發動進攻，爾等後果自負。」
使者再三勸說，鄭芝龍不為所動，只好灰溜溜的走了。
次日，經過大半天等待後的大明艦隊發起了第一次攻擊，他們幾十艘大型戰艦一字排開，對城市發動了炮火急襲，炸得馬六甲城沙石橫飛，烽煙四起。
葡萄牙人的艦隊，主力己率貝爾格總督的艦隊出征，剩下的小艦隊，打打海盜，捉捉走私，維持治安尚可，要對付鄭芝龍的大艦隊，根本不是對手，才剛交戰，他們就被擊沉了一半，余者亡魂大冒，逃入了港灣之中，在跨河大橋上的炮台掩護之下苟活。