李旦在京城忙活時，南洋卻有風雲突變之勢。
對於呂宋的日漸壯大，他們實在是坐不住了，想坐山觀虎鬥，人家西班牙人根本不在乎，現在已呈皇帝不急太監急之勢，這是不可能的了。
所以他們決定自己出手，從海盜手上搶過呂宋，然後和西班牙人談判，記住，他們這是從海盜手中搶來的，不是從大明，也不是從西班牙人手中，以後某一天西班牙人想要，拿東西來換。
荷蘭總督現在還是有信心的，他的艦隊和火槍兵，都是精銳老兵，能征善戰的部隊，聯合上馬六甲的葡萄牙人，對付一群烏合之眾，應該是信心十足的。
現在呂宋己獲得大明承認，呂宋明年將會建國，李暮以王女身份，登基為呂宋女王。
大明定義為呂宋王族的復國運動，表示了承認。
不趁呂宋立足未穩將之擊潰，一旦他們將烏合之眾整合成精銳之師，那時要對付呂宋人，這可就難了。
為了對付呂宋，荷蘭人停止了建造巴還維亞城，抽調了大量的船隻軍艦和火槍手，組成了遠征軍，司令官就是燕·彼德爾斯遜·昆總督，海軍艦隊指揮官是阿姆斯特朗少將，陸軍則由特尼特少將指揮，不過打頭陣的是海軍，在海軍沒有取得勝利的情況下，陸軍不會出動。
葡萄牙人如同荷蘭人一樣，人口稀少，所以他們也組成了一支遠征軍，有各種軍艦船隻二百多艘，一萬五千多人，陸軍則有一萬人，五千葡萄牙火槍手，五千馬來人、爪哇人僱傭兵。
為了確保萬無一失，他們還從印度果阿調來了全部艦隊，他們確信，一旦占領了呂宋，西班牙人會和他們談判的。
葡萄牙人占領果阿己一百多年，葡萄牙在十五世紀擁有世界上最強大的海軍力量。達·伽馬於1498年經好望角航海發現印度後，葡萄牙人不斷以傳教、經商、探險形式進入印度，十五世紀初已在西海岸占領安傑迪瓦、坎那諾爾和科欽等地，設立副王總督。
1510年，葡總督阿方索·德·阿布奎克占領果阿。葡萄牙人提高了果阿在商業上的重要性，使它成為葡萄牙人在東方的大本營。同時阿布奎基鼓勵葡萄牙人與本地印度人通婚，以獲取永久居住權，並於次年從果阿發兵攻占馬六甲，從而建立起以果阿為中心、從奧穆茲起到馬六甲止的葡萄牙東方海上帝國，控制該地區的海洋貿易。
馬六甲在十六世紀大航海時代興起前，成為東亞不折不扣的海洋城市。每年吸引好幾百艘船隻順著季風前來貿易，大明人、印度人、阿拉伯人、歐洲人擠滿了港口。從大明來的樟腦、絲綢以及陶瓷，從印度來的織品，菲律賓蔗糖，摩鹿加群島的檀香、丁香、豆蔻等香料，蘇門答臘的金子以及胡椒，婆羅州的樟腦，帝汶的檀香，以及馬來西亞西部所盛產的錫，統統匯集到馬六甲，再轉運到世界各地，馬六甲儼然是當時商品的全球集散中心。
當馬六甲一躍成為地方霸主之時，大明朝廷採取了嚴厲的海禁政策，不僅停止政府龐大船隊出海的計劃，而且嚴厲制裁私自到東南亞等地的大明貿易商人。當明帝國自動放棄海洋，放棄馬六甲海峽的控制權之時，馬六甲王國逐漸擺脫明帝國影響之時，西方殖民勢力已經來到家門口，傳統的***王國已埋下滅亡的種子，大明真正退出馬六甲海峽的時代即將來臨。
在歷史上的歐洲，香料曾經多麼珍貴，多麼讓人魂牽夢縈，甚至無數人為其失去生命。這使得西班牙人，葡萄牙人，英國人，荷蘭人，法國人非常希望能夠找到一條新的航線到達香料群島。
十五世紀起，葡萄牙走在了向東方前進的前列，馬六甲是他們前進東亞最繁榮國家——大明——最近的橋頭堡。
十六世紀初終，盛極一時的馬六甲海峽，很快引起了西方新興海權國家的覬覦，葡萄牙、西班牙、荷蘭、英國相繼來到馬六甲。
此時，葡人的腳步已來到印度洋，並準備染指馬六甲。第一任葡屬印度總督阿爾梅達雖然在印度洋開創了局面，但他的政策僅將葡萄牙人的活動局限於印度洋沿岸。第二任葡屬印度總督阿爾布克爾克改變了阿爾梅達的保守政策，他設計了把***從香料運輸中完全排擠出去、控制三千五百英里印度洋的宏偉計劃。
1509年，葡萄牙人曾經到達過馬六甲，受到了當地人的猛烈襲擊，他們撤退了。但這場戰爭，讓葡萄牙人認識到要占領馬六甲，控制馬六甲海峽入海口，必須從軍事上先占領馬六甲河上的大橋。這是馬六甲城的咽喉之地。
兩年後的7月1日，阿爾布克爾克率領一支由18艘艦船、1200名葡萄牙士兵及200多名馬爾巴拉援兵組成的艦隊到達馬六甲，提出了釋放戰俘、賠償以及割讓一塊土地來修建要塞的要求。
當時的馬六甲是一個十萬人的城市，由三萬馬來人和爪哇人守衛著，雙方兵力懸殊，因此當地蘇丹拒絕了葡萄牙人的要求。三日後，葡萄牙人發動了第一次攻擊，由於沒掌握潮水的關係，葡艦船無法進入河道，只好等待潮水的漲起。而馬六甲蘇丹組織了強大的抵抗，迫使阿爾布克爾克下令撤退。
八月10日阿爾布克爾克又組織了進行了第二次攻擊，成功占領了大橋，接下來他們又占領面向馬六甲河、依山建立的馬六甲王國與清真寺。蘇丹及其王子派出20頭大象企圖阻上葡人的攻勢。
黑夜降臨後，葡人終於占領了大橋兩側的制高點。
8月24日，沿著街道，葡兵並排清除來自各方的零星抵抗。馬六甲蘇丹見大勢遠去，黯然丟下富甲一方的馬六甲城，馬六甲圍城戰以葡萄牙人的勝利告終。蘇丹瑪（馬哈茂德沙阿）率領殘餘退到巴莪從事復國的運動，但在1526年的賓坦島之戰中，其重要據點賓坦島也被葡萄牙攻陷，他的後裔偏安柔佛，建立了柔佛王國，繼續馬六甲的王統。
攻陷馬六甲城時，阿爾布克爾克下達了搶掠的命令。搶掠行動持續了一整天，珍寶數以萬計，幾乎是馬六甲王國三分之二的財富，攻占了馬六甲的葡人，照例進行了屠城。
馬六甲城淪陷了，立國110多年的東南亞王國滅亡了。馬六甲城的陷落，對大明人來說有著更大歷史意義——扼守南華夏海的門戶徹底暴露，大明控制馬六甲海峽的海洋時代結束了，三百年之後，華夏遭遇了與馬六甲同樣的命運。
在馬六甲，葡葡牙人看到了前進東方的希望。
葡萄牙人獲得相對真實的華夏的印象是從馬六甲開始，邁向華夏的腳步也從馬六甲開始。
達伽馬的船隊抵達今印度半島西南部喀拉拉邦的科澤科德一帶的古里後，便大規模系統地搜集有關亞洲的地理和人文資料，主要目標是遠東的華夏。葡萄牙占據果阿後，更加關注華夏。
1508年葡萄牙國王唐·曼努埃爾一世要求艦隊司令塞格拉：「你必須探明有關秦人的情況，他們來自何方、路途有多遠？他們何時到滿剌加或他們進行貿易的其他地方？帶來些什麼貨物？……他們是基督徒還是異教徒？他們的國家大嗎？國內是否不止一個國王？是他們的國土擴展到什麼地方？與哪些國家為鄰？」
1512年，征服馬六甲的葡葡牙人開始把魔爪伸向了大明，並在四十年後獲得了澳門。
葡萄牙西方殖民者，他們看中明帝國的財富，而且幻想大明如同馬六甲一樣可以輕易落入葡人之手，儘管等到他們來到華沿海的幾百年中，發現明帝國並不是葡萄牙可以一口吞下的，大明是禁海，但禁海之下誕生的幾個大海盜也不是他們可輕易拿下的，林鳳、李旦就讓他們吃盡了苦頭，李旦與他們多次交戰，獨占日本的貿易，不交錢買金龍令旗，葡萄牙人的戰船一樣被擊沉。
但占領馬六甲確實開啟了葡萄牙海上帝國最燦爛的歷史。
馬六甲王朝的滅亡，除了遭遇強大的外敵之外，還有一個重要原因就是內部的衰落與紛爭。而當時名義的宗主國明王朝，皇帝與大臣同樣無能、短視，他們對馬六甲的陷落表現出無動於衷。
明朝廷得知馬六甲被侵占一事是在1520年，距馬六甲落入葡人之手已過了9年。而在這9年中，葡人的腳步早已穿過南華夏海，進入華夏廣東沿岸。
如果不是葡人的放肆，以及馬六甲王子賓塘王公的使者穆罕默德來到北京，向禮部送來馬六甲的求援信，馬六甲落入葡萄人之手一事，明廷就會一直被蒙在鼓裡。而武宗早已失去了解決此事的能力，這位荒誕的君主，在臥病三月後晏駕。
但在當時一批大臣的建議下，終於對馬六甲的淪陷做出回應：不許佛郎機（葡萄牙）入貢，同時葡萄牙出使大明的皮雷斯一行於同年春夏被押往廣州，並作為歸還馬六甲疆土之人質投入監牢。
面對馬六甲朝廷的屢次求援，明朝廷聲明要求葡萄牙歸還馬六甲，否則扣押使團直到歸還馬六甲為止。這種以扣押使節的方式來應對武裝占領的葡萄牙人，無疑是一種無能的表現。
不過畢竟明王朝在東南亞一帶並沒有軍事存在，它與東南亞國家的朝貢關係只是彼此的一紙政治承諾書，蒼白無力。當鄭和這樣的王師絕跡於東南亞之後，明王朝毫無力度的外交辭語與交涉，挽救不了馬六甲滅亡的命運。
但現在大明往南洋投放兵力，設置軍事存在，讓他們相當的不安。