朱棣表面相信朱允炆死了，這是因為只有朱允死了，他才可以合法的登上皇位，但並不意味著他相信朱允炆己死，他暗地裡投入巨大的人力物力，就是為了追殺建文帝。
朱棣繼承了老爹的多疑性格，對於人們傳說的朱允炆出逃十分上心，害怕這個侄子將來積蓄力量又翻了自己的天或是自己子孫的天下，於是從他上位後就開始派人尋找朱允炆下落，而關於朱允炆的下落，有這樣兩個說法，一是在皇宮的大火中喪生，那場大火就是他自己點的。
當年朱棣到達南京金川門，當他進入皇宮中時，這裡已經是一片火海，建文帝也消失在此，甚至連他手中的玉璽也不見蹤影，在正史中，建文帝就是葬身火海，而在朱棣上位後按照皇帝的待遇將自己這個侄子厚葬。
在朱棣與朝鮮王國的文書中，朱棣說自己侄子是在奸臣的威逼下放火自殺的，但是在皇宮大火熄滅後，這裡只有馬皇后和朱文奎二人的屍體，再沒有找到第三個皇家人員，當年朱棣為了讓天下的人相信自己侄子已經死了，曾親自寫過一篇祭文，但是將他埋在了哪，大概只有朱棣知道了。
這個墓只是一個衣冠冢，朱棣心中是清楚地，所以他沒有公布地點，在他登基後不止一次派人前往各地區探查，不管有打著官方旗號的，就像是鄭和，也有很多他私下派出去的民間搜查隊，甚至每個錦衣衛所都有尋找的責任在身上，他甚至還下令整合天下的寺院和道觀，為的就是了解每一個他認為可能是朱允炆的人，光是宗教人口整合就花了他20年時間。
據傳他任命了胡瀅去尋找建文帝，胡濙為建文二年進士，授兵科給事中。永樂元年遷戶科都給事中。建文帝生死不明，一說削髮為僧外逃，朱棣派遣胡濙四處訪查建文帝的下落，以行醫名義進行私訪，永樂十四年乃還。
永樂十六年六月，成祖又遣禮部左侍郎胡濙巡江浙，臨行前，皇帝告訴他：「人言東宮多失德」，胡濙暗中調查結果認為並無此事，「以皇太子誠敬曉謹七事密奏之，自是上疑始釋」。
永樂二十一年，胡濙似乎已知道建文帝的下落，史載：「帝已就寢，聞濙至，急起召入。濙悉以所聞對，漏下四鼓乃出。先濙未至，傳言建文帝蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩浮海下西洋，至是疑始釋」
從正史上來說，朱棣應該是知道了朱允炆下落，此時他己坐穩皇位，朱允炆又不具威脅，所以命人監視居住，畢竟是皇室一脈，所以饒其一命。
但從皇室秘檔來說，建文帝下落另有說法，米柱身為東廠、錦衣衛提督，有權限調閱和知道許多事情，所以對於這秘聞也聽到一些風聲。
現在據他推測，這駱思恭居然是皇室指定的監視人員，難怪他們駱家三代，可以擔任指揮使一職，掌錦衣衛五十年，原來人家是高級看護人呢？
米柱覺得這幫人另有所圖，捧高級看護人是假，分他的權是真，掌管東廠和錦衣衛，米柱的勢力擴張得極快，其它的人忌憚不己，這事不能再拖了。
米柱離開軍機處，立即去找魏忠賢，說起了此事，魏忠賢完全當米柱是心腹，自己人，他為之大怒，喝道：「無恥！把手伸到內廷來了！」
王體乾也有一種領地受到侵犯的感覺，他不悅道：「這隻怕是軍機處緩和與內閣關係的手段。」
有機構就有權斗，軍機處的出現，等於把內閣的軍事大權分走，這是真正的大頭，權力的核心，內閣不著急，不眼紅才怪。
但軍機處有內廷、兵部、戶部的支持，強力部門都在一塊兒了，他們不走內閣的路子，加上皇帝陛下也喜歡呆在軍機處，確是讓內閣十分尷尬，所以他麼給了軍機處幾位大佬非常大的壓力，有鑑於此，孫承宗拋出這位子討好內閣，也不道什麼稀奇事。
一個東廠己是厲害，東廠加錦衣衛，這太令人恐懼了，不應該出現這等權臣。
朝廷運營下去的基本是平衡，然後皇帝居中調度。
魏忠賢道：「王公！這是咱們內廷的事，輪不到內閣的人插手，錦衣衛不聽話，咱們的聲音傳不出宮牆之外。」
米柱道：「就是這個理。」
王體乾道：「著！咱們去面聖，把這件事定下來，省得有人老是掂記著。」
他們三人進宮，求見皇帝。
朱由校正在批閱奏章，他十分高興，說道：「朕想出了自家的涮鍋套餐，維新須得留下來嘗嘗。」
米柱笑道：「好呀！微臣今日前來，是為錦衣衛指揮使人選的事，這位子極其重要，不宜懸空過久。」
朱由校道：「正好，這裡有內閣的幾份票擬，他們是推薦前指揮使駱思恭再度出讓此職。」
米柱道：「大不妥，錦衣衛在駱某掌管之下，在韓戰期間表現良好，但是在後來的十幾年，只能是以庸碌無為而說，當年他就是以尸位素餐，庸碌無為而去職的。」
魏忠賢道：「咱內廷有三個合適人選，許顯純，打開白城城市，引大軍入城，擒林丹汗，拿傳國玉璽；曹隨，十八金剛砥礪出京華，一劍能擋百萬師；李旦，縱橫海上，他的艦隊運回了海量的糧食，現今糧食年年減產還可以令物價穩定，李同知居功至偉。」魏忠賢笑道：「每一位都是人中俊傑，不可多得之才，實在是難以取捨。」
朱由校道：「這裡有一份奏章，內閣推薦駱思恭，其實是另有意。」
王體乾接過密折，看了一次，他微微動容。
壬午年靖難之役中，谷王朱橞和李景隆打開金川門迎接燕王朱棣，朱棣攻入南京紫禁城內，建文帝朱允炆帶著大兒子朱文奎出逃，同年九月到達廣西柳州，得到柳州武德將軍楊祿安庇護，隨後楊祿安被新皇帝朱棣解職。
楊祿安帶著建文帝去永州找其江西老鄉、永州武德將軍王友慶。王友慶將建文帝暫時安置在永州城西郊的三丘田，楊、王、建文帝三人一起商量接下來的藏身處。建文帝說他有奶媽在寧遠農村，即新田縣金盆圩鄉駱銘孫村。王友慶在永州為官多年，熟悉當地情況，認為那裡地處偏遠、地廣人稀，適合躲藏。於是他們三人去了駱銘孫村。
駱氏家族因為和明朝皇室的關係，是當地數一數二的大戶人家，非常富裕。駱銘孫村的鄧氏接待了建文帝一行，由於鄧氏和建文帝的關係，怕招人耳目，於是議定建文帝及其隨從先去當和尚隱藏一段時間。
於是建文帝在洞心村建了龍池寺，帶著朱文奎入寺當了和尚，成了龍池寺主持。其隨從則在龍池寺附近建了景仙寺、三教寺等15座寺廟，以當和尚或道士為名隱跡當地。建文帝為這些寺廟、道觀的實際管理者或召集人，和隨從以師徒相稱，有鐵峰、西湖、淨濟、善堅等5個名號。
為了引開外人的注意力，鄧氏和小兒子駱婆保遷往鄧氏娘家廈源村，並在村後建永安堡，供建文帝躲藏和居住。為了營造更隱秘的藏身處，也為建文帝還俗後準備，駱家把大觀堡一帶的田產地產給了建文帝，楊祿安、王友慶就著以前的蕩寇將軍壘重建大觀堡，並在山下安家營造城堡。
這是說當年建文帝其實是逃至了偏遠的永州新田了。
另有說法，洪武年間，太祖朱元璋的太子長孫「歲無疾而終。太祖問方士，方土說，如再得一男，必獨乳奶婦哺乳之，方得太平。太祖遣官吏四處尋訪，等尋到駱銘孫村時，果有一獨乳婦人，名為三姑，又剛生駱姓一小兒叫駱寄保。官吏便帶其與駱寄保一起到京，與新生皇太孫一併哺之。這個皇太孫就是後為建文帝的朱允炆，皇帝感謝三姑的哺育之恩，封三姑為一品夫人……。
朱由校道：「奏摺上有一份乃駱氏族譜，以誠公（駱寄保之父），生於元至正九年己丑四月二十日戊時，明洪武戊申任指揮千戶侯，隨征明太祖戰陣而亡；妣鄧氏（駱寄保之母），生於元至正十一年辛卯十二月十四日已時，歿於宣德三年戊申二月初二曰，卜葬地名看牛嶺坤山艮，生二子，長子寄保，次子婆保；寄保公，邑武生，成祖時召募鄉勇掃蕩元氛，以軍功賜爵千戶侯，卜居京都順天府瓦窯頭，遺蹟具在駱銘孫村譜內；婆保公（駱寄保弟弟），生於洪武六年，歿於大明正統五年，卜葬地名蔥頭洞，從歷史時間、歷史空間和社會條件三個方面來看，鄧氏撫養過建文帝的傳說，並非無稽之談，駱氏三代守護建文帝，也是不易。「
明面上來說，朱棣是靖難不是造反，朱允炆死了，他才迫不得己當皇帝，所以，這皇位原本應該是建文一系的，駱氏侍俸先帝多年，有功有勞。