鳴人和小櫻組隊，經歷卡卡西的測試，組成了新的卡卡西班。
砂隱村被曉組織襲擊，迪達拉的一個C3起爆黏土炸彈下去，半個砂隱村都沒了，風影也被抓了。風影奪回之章就此展開。
不過，在此之前，曉組織內部卻出現了問題。帶土竟然襲擊了長門的佩恩天道，準備奪取輪迴眼，但最終卻失敗了。帶土也離開了曉組織。
現在，曉組織便成了長門一個人掌管的了，原本的幕後掌控者帶土現在竟然離開了曉組織。
事情在這一刻變的撲朔迷離起來了。風影被迪達拉帶走了，而勘九郎也被赤沙之蠍的毒重傷，就在砂隱村陷入了空前的危機時刻，只能向外界求援了，所以，木葉那邊收到了砂隱村的緊急聯絡。
有了這個聯絡，木葉也緊急出動了忍者前去救援，去救迴風影我愛羅。
正好這個時候的鳴人和小櫻剛剛通過卡卡西的測試，準備迎接新的任務。而就在這時候，暗號班傳來了風影被劫走的消息。
卡卡西班也就先行前往救援了，而隨後趕過去的是木葉十二小強之中的另外幾個班。
與此同時，經過了幾年的修煉，佐助那邊也有了新的情況了，雖然蒼羽寧離開了大蛇丸並帶走了香磷以後已經過去了兩年多的時間，但是大蛇丸的附近一直有著蒼羽寧的分身存在。
佐助作為大蛇丸看重的身體，這兩年多的時間，大蛇丸一直都在教導佐助修行，同時也在教他如何控制咒印。不過大蛇丸企圖占據佐助身體的想法現在已經減少了很多，他一直在思考蒼羽寧曾經對他說過的話，可是現在過去了這麼久，大蛇丸還是沒有下定決心是否奪取佐助，畢竟，他並沒有奪取其他人，可以說現在的大蛇丸隨時都可以準備不屍轉生之術的。
但在的佐助，換上了一身與大蛇丸類似的和服，眼神也有了新的變化，雖然並沒有與大蛇丸衝突，很明顯，兩個人並不是單純的師徒關係，沒有敵對關係就已經是很不錯的了。
水之國的霧隱村因為帶土與曉組織的分裂，所以現在的帶土正在霧隱村之中，他很早就已經利用寫輪眼控制了四代目水影枸橘矢倉，同時在帶土的手中還控制著兩隻尾獸，其中一隻就是矢倉的三尾磯憮和泡沫的六尾犀犬。
蒼羽寧和香磷還有黑土三個人雖然生活在木葉村，但並非是木葉村的忍者，所以這一次的風影救援任務並沒有把蒼羽寧三人考慮在裡面。
他雖然在新中忍考試的時候臨時加入到了木葉村之中，可是在考試結束以後就離開了，現在回到木葉村以後也並沒有準備再次加入到木葉村。
鳴人和小櫻在卡卡西的帶領下離開了木葉，前往砂隱村幫忙救援了，凱的第三班也隨後前往砂隱村救援了。不過途中的第三班遇到了干柿鬼鮫的阻攔，死人陷入了苦戰之中。
第七班的卡卡西三人遇到了手鞠，在手鞠的帶領下來到了砂隱村，而這時候砂隱村已經是一片廢墟了，為了救援我愛羅，卡卡西班準備前往追擊迪達拉，途中遇到了蠍的阻攔，千代婆婆和小櫻留下來對付赤沙之蠍，而卡卡西和鳴人則是繼續追擊迪達拉而去。
這邊的風影奪回之章暫且不說（風影奪回之章蒼羽寧沒有參與，劇情與原著相同，不了解的可以去看動漫221-252），在木葉待著的蒼羽寧其實並沒有想像中的那麼安逸。
木葉村表面上看很平靜，但是背地裡還有這一個大陰謀家的存在呢，他一直都想要繼承火影，但是卻沒有火影應該有的氣量和包容，他只適合在陰暗的角落裡生存，或者是守護木葉吧。
沒錯，這個人就是團藏，為什麼說蒼羽寧在木葉並不安逸，就是因為團藏因為知道了蒼羽寧的強大，認為他在木葉就是對木葉的危害，會給木葉帶來災難，但是他又不敢正面的面對蒼羽寧，所以只能在背地裡搞一些小動作。
他調查了蒼羽寧在來木葉之前都接觸過什麼人，在得知了蒼羽寧竟然接觸過曉組織，甚至是跟曉組織還有這一些不清不楚的關係，頓時讓團藏找到了對付蒼羽寧的機會。
他在鳴人自來也等人都離開了木葉村以後，連報告火影都沒有就命令木葉的暗部，根組織對蒼羽寧展開了抓捕行動。
對於團藏來說，不管你有多麼強大，如果沒有利用價值，那麼一切都不會被他放在眼裡，但是蒼羽寧其實擁有著團藏想要得到的東西的。
他從岩隱村的密探口中得到了消息，蒼羽寧身邊的一個弟子就是岩隱村的人，而因為這個人，岩隱村竟然在蒼羽寧的身上換取了血繼限界，遁術血繼限界，這吸引力可不是一般的巨大了。
團藏知道，如果自己能夠掌握了蒼羽寧手中的血繼限界培養方法，那麼自己將會擁有一支怎樣的軍隊？別說是木葉了，恐怕這整個忍界都有可能是他團藏的了。
殊不知，如果真能如此，蒼羽寧為什麼不去實施呢？又或者說，岩隱村為什麼不去實施呢？
月黑風高夜，蒼羽寧所住的小屋四周已經布滿了帶著貓臉面具的暗部根組。
團藏更是親自前來對付蒼羽寧，蒼羽寧此時正在自己的房間之中冥想修煉精神力，突然他感覺到外面有動靜，利用魔方的掃描能力對外面空間進行掃描，發現了不同尋常的地方。
「現在木葉村不是都前去救援砂隱村了嗎？怎麼還有人想要對付我不成？」蒼羽寧有些奇怪是什麼人想要對付自己？「能夠在木葉村調動這麼多人的人恐怕只有兩個人吧？一個是火影綱手，不過她沒有對付自己的理由啊？那麼就只剩下最後一個人了。根的團藏？」
團藏這個人，蒼羽寧是了解的，他就是木葉的黑暗面，不能說他壞，只是守護木葉的方式有些極端罷了。
「團藏盯上我什麼了呢？還有團藏想要如何對付我呢？」蒼羽寧的眉頭深深的皺了起來，要知道，他並不是十分了解團藏，所以也並不知道團藏要如何對付自己，這可不是一個好消息。
瞬身來到了香磷和黑土的房間，叫醒了二人，打開了傳送門，讓分身帶著二人先離開了木葉村以後，他則一個人回到了自己的房間之中，等待著團藏的到來。
既然他敢對自己出手，那麼絕對是有著十足的把握才對，這也是蒼羽寧很好奇的一點了，是什麼給了團藏這麼大的勇氣呢？難道自己的資料他還沒有看到不成？最開始的能夠跟凱的八門遁甲之陣對戰就能夠看得出來強悍了吧？
等待沒有多久，他的房門就被人暴力的破開了。
「喂！房門又沒有鎖，為什麼非要踹開啊？」蒼羽寧坐在椅子上，看著衝進房間的暗部忍者，搖了搖頭，整個人消失在了房間裡。
在房間裡面跟忍者打架，總歸不好，破壞了房子不好。
來到了外面屋頂，蒼羽寧便看到了四周足足幾十名臉上帶著面具的暗部根組成員。
「團藏？」蒼羽寧掃視了四周，看到了站在遠處看向這邊情況的人，這個人身上穿著和服，並且頭上右眼和右臂都纏滿了綁帶。
「動手！」團藏那邊也開口了。