神盾局這些年畢竟經歷了不少的衝擊，在傑弗里·梅斯執掌之後，雖然看上去還算是平穩，但實際上卻是在每況愈下，從尼克·弗瑞時期，到科爾森時期，再到傑弗里·梅斯時期，神盾局對內對外的掌控力，每一次的變革，每一次都在急劇的下滑，到了現在，他們甚至連自家局長的安全都保護不了了！
自從上一次凌霄和神盾局的合作結束之後，神盾局的工作重心就轉移到了兩件事情上，一件是清空智慧機器人艾達的硬碟，一件就是納迪爾參議員涉嫌扣押一名異人的事件。
雖然說在前不久，納迪爾參議員利用神盾局協同斯凱和羅比·雷耶斯大鬧監獄為由，逼迫傑弗里·梅斯不得不派出西蒙斯幫她拯救一名異人，但是傑弗里·梅斯的應對也很快，他很快就同白宮中的一些強力人物達成共識，促成了神盾局和星際移民局的合作，從而解決了納迪爾參議員的威脅。
威脅既然已經解除，那麼之前他所受到的威脅逼迫，自然要報復回來，雖然說，那名剛剛變異的異人是納迪爾參議員的弟弟，但他畢竟是一名超能力者，而根據做索科維亞監管協議，那名異人必須要在神盾局進行登記註冊，否則的話，他和納迪爾參議員都將受到美國政府的通緝。
這件事傑弗里·梅斯親自前往處置，同時他也邀請了斯凱共同參與，作為神盾局和星際移民局合作的第一件案例，協助他們兩人的正是西蒙斯，而從梅斯的言談舉止當中，他多少有些示威的意思。
梅斯處理納迪爾參議員的事情，而另外一件事情，他卻交給了科爾森來負責，而這件事情更加的棘手。
艾達的確是一名智慧機器人，如果僅僅是如此的話，神盾局只要加強管控，就可以了，然而為了應對層出不窮的威脅，傑弗里·梅斯不知道是頭腦發暈還是怎麼回事，竟然讓艾達閱讀了黑暗神書。
或許他們是在實驗黑暗神書的威力，或許是迫於凌霄和伊萊·莫洛的威脅，或許是已經提前考慮好了要銷毀艾達，所以傑弗里·梅斯便讓艾達閱讀了黑暗神書，當然，這件事很可能科爾森也是同意了的。
不過在見識到伊萊·莫洛幾乎擁有核武器一樣的威脅之後，傑弗里·梅斯對此非常後悔，回來之後便立刻招集人手，商議清空艾達所有內存和硬碟的事情，實際上也就等同於將這個智能生命給直接摧毀。
對於這件事情，拉德克里夫博士雖然有些不滿，但最終卻也只能無奈的進行配合。
科爾森親自監督，梅琳達，拉德克里夫博士，還有菲茲負責執行，這件事情，拉德克里夫博士親自拍著胸脯作下了保證，當初在讓艾達閱讀黑暗神書之前，拉德克里夫博士就已經在她的系統程序內設置了多重的管理程序，只要他按下控制按鈕，艾達就只有乖乖接受被清空一切數據的命運。
然而他失敗了，當拉德克里夫博士按下按鈕之後，艾達突然抬起頭，一臉冷意的看向了拉德克里夫博士，她知道他想要做什麼，但她不能任由任何人終結自己的性命。
如果以前只是一個普通的智能程序，那麼在閱讀了黑暗神書之後，艾達擁有了屬於自己的靈魂。
接下來的事情自然很容易就猜得到，擁有了自我靈魂的艾達直接逃出了神盾局的圍捕，不知所蹤。
神盾局方面損失慘重，拉德克里夫博士和菲茲都被打暈了過去，而除了梅琳達，其他的幾名神盾局特工全部都被艾達毫不留情的擊殺，然後逃之夭夭。
就在梅琳達和拉德克利夫博士，還有菲茲回到神盾局的時候，艾達卻突然入侵了神盾局的電腦程式，並且親自打電話給科爾森，要求他主動交出黑暗神書，否則的話她就自己去取，那樣的話，一旦造成神盾局的人員損傷，一切責任都要歸到科爾森的頭上。
科爾森當然不會因為艾達的小小威脅就把黑暗神書交出去，他也是經過了大風大浪的，當然知道一旦艾達擁有了黑暗神書，所可能造成的威脅，而且他也有足夠的信心摧毀進犯神盾局的艾達。
艾達的確擁有不遜色於人類的智能，甚至還要更強，但是智能並不等同於智慧，在陰謀算計方面，艾達遠遠不如科爾森，儘管最後艾達的確在梅斯的辦公室里找到里黑暗神書，但是她本人也被早就埋伏好的阿方索·麥肯錫一刀梟首，直接被毀掉了。
科爾森這邊雖然有些波折，但最後卻還是成功的完成了任務，然而傑弗里·梅斯方面，他們才算是遇到了真正的大麻煩，那名異人，他再將神盾局擋住之後，最終選擇的和自己的姐姐一起走。
梅斯他們通過種種手段，最終鎖定了納迪爾參議員的位置，然而他們趕到的時候，卻發現納迪爾參議員正在試圖殺死自己的弟弟，而站在她身邊的赫然正是對變異人深惡痛絕的監察者的成員。
然而不管是監察者，還是納迪爾參議員，他們都失敗了，因為這名名叫維傑·納迪爾的異人擁有超強的神經反應速度，甚至能在別人開槍之前，及時躲掉射來的子彈。
正是他的異人能力的突然爆發，讓他避開了監察者的槍口，而當神盾局的人趕來的時候，他卻在神盾局的人面前保護了自己的姐姐，並且選擇跟他一起走。
維傑做出了自己的選擇，他同樣承受了這個選擇所帶來的代價，就在他乘坐直升機和姐姐一起離開的時候，近在咫尺的納迪爾參議員，卻是突然一槍擊中了他的胸口，然後在哭泣聲中，將他從高空中推了下去。
原來納迪爾參議員的父母，死在了奇瑞塔人入侵地球的那一天，而她沒有將這一切歸罪到外星人的頭上，反而怪罪起了幫助人類將奇瑞塔人趕出地球的復仇者和他們的幫凶神盾局。
對於復仇者，納迪爾做不了多少，但她是整個參議院裡，最積極推動索科威亞監管協議的人。
而面對重新歸來的神盾局，她也從來沒有停止對他們的輿論打擊，更甚至於和監察者攪和在一起。
而當發現自己的弟弟在沉睡了七個月歸來，擁有了超能力之後，她不是選擇將這種能力納為己用，而是選擇徹底摧毀這種能力，徹底摧毀她自己的親弟弟，可想而知她心裡的仇恨究竟有多強。
監察者已經被神盾局和美國政府定義為恐怖組織，而納迪爾參議員則是和監察者攪和在一起，儘管手上沒有太過實質性的證據，但是傑弗里·梅斯還是選擇對納迪爾參議員開始採取行動，監控她的一舉一動。
還沒有等神盾局找到納迪爾參議員和監察者勾結的實際證據，監察者已經先一步攻擊了傑弗里·梅斯。
就在傑弗里·梅斯在洛杉磯代表神盾局接受市政府的頒獎時，他卻遭到了監察者的突然襲擊，而這一次，在躲過了襲擊之後，傑弗里·梅斯並沒有選擇和其他人追查襲擊者，而是在克爾森和阿方索·麥肯錫的保護下，執行掩體應急計劃，乘坐蝶式飛機，帶著手下伯恩斯，離開了洛杉磯。
而在同一天接受市政府頒獎的，還有代表星際移民局的斯凱，凌霄因為自身修行沒辦法出現，所以只能由她來代表，而當她一躍而起，躍到高樓樓頂抓住槍手的時候，卻發現梅斯已經乘坐蝶式飛機離開了！
等到事情稍稍平息，斯凱也趕到神盾局總部的時候，他們卻突然發現梅斯乘坐的蝶式飛機突然在雷達上失去了信號，而從被抓住槍手的口中，他們也知道了之前的襲擊不過是第一階段的計劃而已。
而就是這一次的飛機失事，讓凌霄終於知道了傑弗里·梅斯的真正身份。