多年以來，喬瑟夫·鮑爾和露西·鮑爾一直在追尋黑暗神書的腳步，從尼泊爾，到印度，巴基斯坦，再到中國的西藏，青海，一直到蒙古，俄羅斯，都沒有能夠找到黑暗神書的蹤跡。
然而就在他們不經意的在美國本土一名殺人犯的祖屋地窖之中，卻偏偏找到了黑暗神書。
這名殺人犯正是因為殺死了傳聞中黑暗神書的上一任持有者，而被判死刑，美國政府在他的所有物當中不知道搜查了多少遍，都沒能找到黑暗神書。
對於這東西，有心人怎麼可能不注意，就比如尼克·弗瑞。
不過很可惜，即便是以尼克·弗瑞都沒有能夠找到這本書，而並沒有抱有多少指望的喬瑟夫·鮑爾和露西·鮑爾夫婦，卻是這名殺手的鄉下祖屋地窖地底，找到了這件東西。
黑暗神書剛一現世，就顯露出了它的神奇之處，書內的頁面空白，但緊跟著文字顯示，然而文字卻是按照閱讀者的母語顯現，每個人看到的內容都不相同，喬瑟夫·鮑爾和露西·鮑爾接觸到書的時候，上面的內容以英語文本和德語文本分別展現給露西和喬瑟夫，這也在兩人之間造成了一定的隔閡。
有了黑暗神書，鮑爾夫妻立刻將它用於進行他們的從虛無中來創造物質的研究，兩個人一開始將黑暗深書的秘密保守的很嚴，一直到他們的實驗成功，以量子粒子發生器為基礎的實驗最終從虛無中提煉出了一枚石炭。
別看只是一枚小小的石炭，但是這卻是邁出了最關鍵的一步，打破了這一層瓶頸，那麼接下來的事情自然會水到渠成，到時候別說是石炭了，就是黃金鑽石也是隨手可成。
然而就在這個時候，變故發生了，起因就在於這一次實驗成功後的慶功會，喝多了酒的露西·鮑爾無意間露出了他們是得到了一本書的指點，才能最終邁出這一步的，而這句話偏偏被伊萊·莫洛深深的記在了心裡。
實驗的進展遠沒有他們想像的順利，第一步從虛無中製造出石炭，他們很就在第二步從虛無中提煉出了堅冰，但就在第三步準備從虛無中提煉鑽石時，他們的實驗卻是失敗了，而且始終無法跨出這一步。
喬瑟夫·鮑爾把自己一個人關在房間裡，拿著黑暗神書苦苦的思索，而在房門外的伊萊·莫洛卻是透露出了貪婪的目光，沒有人能夠避免這樣一件東西的誘惑，包括伊萊·莫洛。
尤其是露西·鮑爾將他們的幻想藍圖對他說出來的時候，他們依舊在進行從無到有的實驗，但根據黑暗神書上記載的知識，他們不再需要機器來進行創造了，他們可以憑藉自己的雙手來創造元素、化合物、材料以及生命，他們可以自己來當上帝，自己來創造一切。
露西·鮑爾一開始並沒有對伊萊·莫洛有多少的戒心，因為他總是在口口聲聲的說，要拿到那本書，然後毀了它，並且強調那本書不是由上帝寫的，寫它的是魔鬼，那本書它會毀了所有人的。
直到有一次露西·鮑爾發現伊萊·莫洛正在私自偷看他們的實驗筆記，並且在悄悄地進行實驗。
對，就是在悄悄的進行實驗，伊萊·莫洛將所有參與實驗的同伴一個個推進的實驗艙里，也包括發現了他的露西·鮑爾，而那個時候，實驗的設計還沒有最終完成，而強行實驗的最終結果就是導致整個實驗室爆炸，參與實驗的所有人全部都消失不見，直到八年後，她能重新出現，卻已經變成了厲鬼的模樣。
科爾森和梅琳達很快就找到了新的實驗室，露西·鮑爾和伊萊·莫洛已經重現了整個實驗，他們並沒有找到伊萊·莫洛，而是找到了那個黑暗神書。
科爾森在找到黑暗神書的第一刻，也不管正在進行當中的實驗，立刻便讓梅琳達，這個他唯一信任的人，拿著這本書趕緊離開水電站，將這本書藏在一個隱蔽安全的地方。
梅琳達拿著黑暗神書離開了，斯凱和阿方索·麥肯錫則是前往和風一號去拿電磁脈衝設備，順帶也將其他的特戰隊員都叫了上去，此時的水電站的只剩下控制室里的菲茲，通道中的羅比·雷耶斯，實驗室裡面的科爾森，對了，還有伊萊·莫洛，突然出現在實驗室科爾森身後的伊萊·莫洛。
科爾森正在檢查實驗艙，並且試圖同菲茲建立通訊聯繫，但是不知道什麼原因，在水電站內部，所有的電子通訊全部失靈，而就在這個時候，伊萊·莫洛突然出現。
對於科爾森出現在水電站，尤其是還站在實驗室裡面，伊萊·莫洛心裡感到一沉，不過這個時候的科爾森還不知道伊萊·莫洛的真正面目，他用急切的語氣對伊萊·莫洛說要帶他離開。
伊萊·莫洛眼珠一轉，先是點了點頭，就要說些什麼，可他突然發現放在桌上的黑暗神書不見了。他以為是露西·鮑爾把書給帶走了，但科爾森卻是毫無防範的告訴他，是神盾局拿走的那本書，並且已經將它保管了起來，然而詢問伊萊·莫洛是否能夠幫助他拆除這些裝備，以免發生意外爆炸，摧毀水壩。
伊萊·莫洛先是讓科爾森遠離這些設備，他告訴他這些東西很危險，然而就在科爾森的時候，伊萊·莫洛直接大跨一步進入了實驗艙，並且緊緊的關上了艙門，這個時候，科爾森終於意識到了伊萊·莫洛的不對勁。
一直都是伊萊·莫洛想要那本黑暗神書，這些年他小心翼翼的在監獄裡暗中策劃，是他僱傭黑幫將裝有露西·鮑爾的那些箱子走私進來，他知道以那些黑幫的個性，他們一定會獨吞掉那些箱子的，而在他們打開箱子的一瞬間，露西·鮑爾終於再度回到了這個世界，這才有了之後的一切。
甚至於當年喬瑟夫·鮑爾之所以會陷入長達八年的昏迷，也是因為伊萊·莫洛想要從他嘴裡得知黑暗神書的隱藏地，但很可惜，即便是他將喬瑟夫·鮑爾打個半死，對方也沒有說出這個秘密。
結果這一等就是八年，等到八年之後，算計之下，露西·鮑爾終於回到了這個世界，也從她的丈夫嘴裡問得了黑暗神書的隱藏地，也終於將這本書拿了出來。
說實話，那天在監獄裡面，伊萊·莫洛是故意被露西·鮑爾給抓走的，如果不是他自己願意，他早就會神盾局的人匯合在一起了，他之所以要這麼做，是因為從外甥的嘴裡得知露西·鮑爾已經拿到了黑暗之書。
來到了水電站的實驗室，伊萊·莫洛終於見到了他夢寐以求的黑暗神書，並且從裡面獲得了無數的知識。
「砰」的一聲，伊萊·莫洛關閉了艙門，他輕舒一口氣，說道：「這一切所花的時間比我希望的要長好多，我蹲監獄的這些年，只能小心計劃，才能達成自己的夢想。
科爾森，如果我是你，就趕緊的離開這裡。」
說完，伊萊·莫洛直接在實驗艙內輸入了啟動密碼，下一刻，「嗡嗡」的聲響不停的傳來，海量的電流被輸入到了實驗艙內，哪怕是科爾森拔掉了輸電管，但是整套設備依舊還在運行，控制室內的菲茲同樣察覺到了那些錶盤上面的瘋狂讀數，他的心裡越發的不安了起來。
對於科爾森所做的一切，伊萊·莫洛根本毫不為意，他站在實驗艙里，任由頭頂射出的白光越來越盛，然後就聽「轟」的一聲真相，無數的白光匯聚到了他的身上，然後眾人爆開，一圈白光眨眼間已經淹沒了此刻水電站內部的所有人，科爾森，菲茲，羅比·雷耶斯。
當梅琳達，斯凱，阿方索·麥肯錫三個人再度進入水電站內的時候，水電站內已經是只剩下了伊萊·莫洛一個人。