傑弗里·梅斯接管神盾局的事情，只在美國政府高層有一些人知道，普通的民眾對這一切根本毫無所知，甚至這幾年的時間裡，神盾局在科爾森的手裡越發的低調，不少人甚至都已經忘記了這個組織。
至於傑弗里·梅斯是一名異人的事情，知道的人就更少了，儘管有不少人都知道他擁有超強的能力，但並不知道這是因為他成為了一名異人，更甚至於以一名異人的身份接管了神盾局。
當傑弗里·梅斯以神盾局局長的身份公開現世的時候，外界更是引起了一片譁然。
尤其是在他以神盾局的局長身份保證，最近的一系列斷電事件都跟異人沒有關係，做下這一起恐怖事件的是一個叫監察者的組織。
即便是如此，以納迪爾議員為首的異人敵視派，依舊不停的對異人族進行抨擊，哪怕是傑弗里·梅斯拿出繳獲的電磁脈衝設備，但納迪爾議員仍舊視而不見，她依舊將整體斷電事件不停的扣到異人族的身上，甚至直接攻擊神盾局，提醒他們神盾局曾經是九頭蛇的傀儡，現在也已經成為了異人族的傀儡，這讓梅斯很是惱火。
不過納迪爾議員有句話的確說的沒錯，梅斯在某種程度上的確是一個傀儡，是科爾森的傀儡。
別看梅斯現在已經掌管了神盾局，接管了一切高層機密，但實際上科爾森的小隊依舊在按照他們自己的方式處理的神盾局內外的一切，尤其是在梅斯還沒有意識到的情況下，對神盾局內部再次展開了清查。
清查的結果很快就出來了，是有加密的第三方在設備收發信號的時候劫持了信息流，而一旦他們能夠閱讀這些信息流，那就意味著他們能夠獲得神盾局手裡所有異人的情報信息，西蒙斯立刻對所有的異人發出了警告。
與此同時，科爾森也在繼續調查那些鬼魂的事件，上一次行動的時候，他們傷及了梅琳達，最後導致西蒙斯不得不採取極度危險的手段，將梅琳達「死亡」了超過八分鐘，才將她救了回來，從來擺脫了靈魂上的傷害。
對於上一次發生在動力新能源實驗室的事件，科爾森在調查的時候發現，當年在動力新能源實驗室工作的那些人基本上全部都消失了，除了兩個人，一個這些年一直昏迷不醒，另外一個則因為攻擊他人被關入了監獄。
這個人的名字叫做伊萊·莫洛，他曾經是動力新能源實驗室的電氣工程師，那個這些年一直昏迷不醒的傢伙，就是他給揍的昏過去了，直到現在人也沒甦醒過來。
科爾森試圖從伊萊·莫洛的嘴裡獲得當年發生的事件經過，但是伊萊·莫洛對此卻諱莫如深，半句話也不想談，他直接拒絕了同科爾森繼續談話，重新回到了監獄裡。
然而就是科爾森離開監獄，站在路旁同阿方索·麥肯錫談話的時候，他們卻發現了羅比·雷耶斯從他們的身邊剛剛駛過，下一刻，兩人便直接追了上去，畢竟不管怎麼說，羅比·雷耶斯，現在是神盾局的通緝犯。
羅比·雷耶斯被科爾森逼入到了大橋底下，同時科爾森還在後面緊緊的追趕著，就在他準備繼續加速的時候，就聽見「砰」的一聲，他的車子像是撞到了什麼東西一樣，一下子停了下來。
強烈的衝擊讓羅比·雷耶斯一下子撞在了方向盤上，下一刻，他整個人已經昏迷了過去。
羅比·雷耶斯撞上的，正是神盾局的開啟了隱形反射板的昆氏飛機，用鈦金合金支撐的昆氏飛機那裡是他的那輛汽車能夠比擬的，更何況開著車的他根本沒有開啟自己的特殊能力，在這種情況下，他根本來不及反應過來，就已經撞暈了過來，而等他甦醒過來之後，他人已經被關在了神盾局的隔離艙里。
不過為了表示誠意，也或許是因為之前羅比·雷耶斯是和斯凱在一起行動的，所以科爾森果斷的將他從隔離艙裡面放了出來，之後雙方便展開了一番還算是坦誠的對話。
到了這個時候，科爾森才知道，伊萊·莫洛竟然是羅比·雷耶斯的舅舅，他這一趟來監獄也是找伊萊詢問當年發生的事情的。
當年伊萊將負責動力新能源實驗室的喬瑟夫·鮑爾給揍的昏迷了八年，而最近科爾森他們所遇到的那群厲鬼，全是當年參與實驗，最後又失蹤的了人，而為首的，正是喬瑟夫的妻子，露西·鮑爾博士。
喬瑟夫和露西是一個私有智囊團的項目帶頭人，負責新一代能源的開發，而他們需要一個人建造他們的設計，所以他們找到了伊萊·莫洛，更切實的說，是一個不會多說什麼，也不會多問什麼的人。
伊萊根據他們的設計圖，建造了一個量子粒子發生器，是一台為了能夠無中生有而建造的機器，而就是這麼一個完全不符合物理規則的東西，而就是這麼一個東西，最後直接發生了爆炸，除了喬瑟夫·鮑爾和伊萊·莫洛之外，幾乎所有參與實驗的人都失蹤在那起爆炸裡面。
伊萊幸運的是，他那天並沒有去實驗室，警方說那是一起意外，但是伊萊心裡清楚，那是喬瑟夫逼他們繼續研究的，這才導致了量子粒子發生器爆炸，整個團隊都死了，甚至還包括喬瑟夫的妻子露西。
伊萊將所有的一切歸罪到喬瑟夫的身上，他認為是他害死了他們，生氣之下整個人都失控了，他才會將喬瑟夫打得昏迷了八年，到現在都沒有甦醒過來，而他自己也被關入了監獄，直到今天。
當年那些他認為已經死了的人，現在都回來了，科爾森並不認為那些人是什麼鬼魂，他從來不相信什麼神神鬼鬼的，即便是有，也是來自外星球的外星人。
至於露西·鮑爾和其他的那些人，科爾森認為他們是在當年的實驗中獲得的異能，科爾森讓羅比·雷耶斯進入監獄裡，向伊萊·莫洛詢問當年發生事件的經過的同時，也讓他詢問露西·鮑爾究竟在尋找什麼。
一本書，這就是伊萊·莫洛給出的答案，他也不知道那究竟是一本什麼書，只是知道書里的知識能夠讓他們得以搭建那台機器，裡面有任何人所需要的一切知識。
喬瑟夫和露西都閱讀過那本書，並且對它非常的痴迷，在伊萊·莫洛看來，那本書非常的邪惡。
儘管還不知道那本書的名字，但是僅僅從伊萊·莫洛對於它的描述來說，阿方索·麥肯錫就已經緊張了起來，然而他卻並沒有注意到科爾森臉上遠超一般的凝重。
就在這個時候，昆式飛機里的通訊器突然響起來，接通通訊器，是總部給他們新的命令指示，在洛杉磯的某一處倉庫里，兩名超能強者正在展開激烈的對戰，總部要求他們立刻前往進行處理。
對於這種突然冒出來的超能強者，按照神盾局和軍方的職責分別，這些事情是屬於神盾局處理範圍內的，如果神盾局沒法處理妥當，軍方立刻會調動大規模的軍隊，坦克和其他的重武器前往支援。
接到命令後，科爾森顧不上伊萊·莫洛，叫回監獄裡的羅比·雷耶斯，一群人立刻趕往洛杉磯東南的倉庫地帶，而他們沒有想到的是，他們說見到的赫然是斯凱和另外一名從沒見過的火系超能強者。
看到斯凱，羅比·雷耶斯想也不想，就直接衝上了上去進行幫忙，畢竟他們曾經是同伴。
這個時候，羅比·雷耶斯的能力也清晰的展現在科爾森和阿方索·麥肯錫的眼前。
最後他們徹底制服了那名陌生的火系超能強者，直到現在，他們才知道這名異人既然已經被監察者所收服，目前正在為監察者效力。