這段時間裡，科爾森的新神盾局，工作是卓有成效的，他們不僅摧毀了九頭蛇企圖毀滅新神盾局的陰謀，而且還跟美國政府達成了一定程度上的共識，神盾局將不會再遭受美國政府的通緝。
不僅如此，科爾森還從檔案里找到了在他之前接受過GH血清的幾名前神盾局探員，他們都是因為得到了絕症或者是身受重傷，在不得已的情況下接受了GH血清的治療。
他們這些人根據腦海之中殘留的外星人記憶，各自得到了不同的刻紋，而科爾森最後將所有的刻紋全部都組合在了一起，最後得到了一座城市地圖，一座古老的城市地圖。
新神盾局用於搜索地圖所在城市的衛星網絡位於夏威夷歐胡島的卡依納角，而那裡卻是由美國空軍所控制，守衛森嚴，一般人根本無法輕易潛入，所以科爾森帶著斯凱、霍普，還有菲茲一行人來到了澳大利亞。
一旦卡依納角基地信號癱瘓，澳大利亞這處小基地的就會上線，然後他們便可以在這裡進行搜索。
所以在這之前，科爾森已經提前進行了準備，他悄悄的替代了兩名即將進行職務交替的軍方官員的手錶和紐扣，而當這兩人在卡依納角基地進行職務交替時，分開無害的手錶和紐扣在這個時候，就會形成完整的特洛伊木馬病毒信號，上傳並將整座基地的信號癱瘓。
然而就在他們趕到澳大利亞基地的時候，卻發現九頭蛇的人的提前一步抵達了這裡，不過科爾森他們還是很快就清除了九頭蛇的人，不過戰鬥中霍普被人擊中胸膛。
而這個時候，一個自稱醫生樣貌粗狂的男人站了出來，如果凌霄在這裡一定能夠認得出他就是斯凱的父親。
雖然斯凱的父親做了許多的遮掩，但是他一句無心的話，卻暴露了他的身份，不過他還是以崔普的性命作為要挾，順利的從科爾森的手裡脫逃，而科爾森也從他的嘴裡得知了許多懷特霍爾最新的動向。
與此同時，斯凱也在這段時間裡將所有的熱成像和探底成像的衛星地圖都下載了下來，畢竟那座城市現在並不在地表之上，而在地面之下，正是因為如此，他們才不得不跑這一趟。
事後，科爾森也告訴了斯凱他父親曾經在基地出現過的事情，兩人緊緊相距不到幾百米，還有他利用受傷的崔普威脅科爾森的事，科爾森也沒有隱瞞，斯凱聽了之後情緒十分複雜。
之後經過對衛星地圖數小時的搜索，對地球多譜地形掃描地圖搜索，甚至深入海洋地殼數英里，他們終於找到了3D模型與城市吻合的古岩層，最後確定了城市所在的位置就在波多黎各首都聖·胡安市。
古老城市大部分接近地表的通風井都已經陷入了地底或者是大海中，只有在聖·胡安市的老城區還有一處通道可以通行，而他們也將從那裡進入地下古城，當然，他們得先派一支測量隊檢測隧道結構的完整性。
而根據科爾森的計劃，他們在找到神廟之後，將會直接炸毀它，但是真神盾局的那些人卻有不同的意見。
凌霄對於科爾森的神廟計劃並沒有興趣，神廟當中能有什麼，什麼都沒有，那裡只是方尖碑發揮效用的地方，沒有方尖碑，沒有神廟，沒有能夠觸發血脈能力的異族人，凌霄很難從那裡面得到什麼價值。
而現在他真正感興趣的瑞娜，瑞娜是除斯凱以外，第二個能夠碰觸方尖碑的人，毫無疑問，她的體內也擁有異族人的血脈，相比於被其他人牢牢守護著的斯凱，瑞娜要好下手多了！
在這段時間裡，經過了凌霄改造的格蘭特·沃德已經見到了懷特霍爾，儘管巴克希失蹤的事情讓所有人都有些緊張，但是很明顯懷特霍爾並不知道是沃德將巴克希送到科爾森手上的。
而且在懷特霍爾這裡，沃德見到了斯凱的父親，經過了特殊改造的格蘭特·沃德清晰的感受到了斯凱父親心裡深深壓抑著的是對懷特霍爾的強烈憎恨！
正是斯凱的父親，向懷特霍爾提供了瑞娜能夠拿起方尖碑的事實，這才派出人手來圍捕她。
格蘭特·沃德並沒有親自參與這件事情，畢竟現在的他還沒有完全獲得懷特霍爾的信任，這個時候，他的行動還被拘束在懷特霍爾的九頭蛇秘密基地里。
此時的瑞娜還不知道危險的逼近，她現在在加拿大溫哥華，最近的她以一名在全世界旅遊的孤獨女子的身份傍上了一個有錢的美國佬，並且勸說他下一步去亞洲，去上海。
就在美國佬暈暈乎乎的，被答應之際，一個熟悉的聲音突然響起：「你好啊，瑞娜！」
「是梅特工啊！」瑞娜對著這個帶著墨鏡，側對著她的梅琳達有些不耐煩的說道：「既然你們已經給我植入了追蹤器，就不用再追蹤我了。還是說你是特意過來打招呼的……」
瑞娜的話有些說不下去了，因為她眼前的這個「梅琳達」已經摘下了眼鏡，露出了半張梅琳達的面孔，還有半張被電流燒傷的左臉，同時如同惡魔一樣的獰笑聲說道：「瑞娜，懷特霍爾博士想要見你一面。」
瑞娜原本是在為斯凱的父親在工作的，之前她從九頭蛇和神盾局雙方的手裡搶走的方尖碑，就是交給了斯凱的父親，可是她也因此而同時得罪了九頭蛇和神盾局。
科爾森的新神盾局倒也還好，君子可欺之以方，可懷特霍爾的九頭蛇就沒有那麼好對付了，懷特霍爾博士親自出面找上了她，威脅她必須要將方尖碑交出來，不然就殺了她，這個時候，瑞娜不得不回去找斯凱的父親。
瑞娜和斯凱的父親之間的關係比較複雜，瑞娜早年是一個流浪兒，是斯凱的父親在她被餓死的邊緣救了她，而斯凱的父親本身是一名醫生，他通過化學實驗讓自己變得更加的強大，但是也更加的不穩定。
而瑞娜的存在卻能很好的平息他的這種不穩定，所以在瑞娜成長的那幾年，斯凱的父親倒也沒有怎麼爆發過，直到瑞娜長大之後，斯凱的父親便派她出去尋找他的親生女兒，而他自己則是待在一個老舊社區里，很少離開。
雙方是一種相互依存，相互需要的關係，在懷特霍爾的威脅下，瑞娜不得不回頭來斯凱的父親，想要從他手裡拿走方尖碑，然後交給懷特霍爾，但是她卻被一心想要找回女兒的斯凱父親給拒絕了，但也最後留下了一個希望給她，想要拿走方尖碑，把斯凱帶來見他。
瑞娜無意中在九頭蛇大樓里看見西蒙斯，西蒙斯正將信息傳送給神盾局，在一旁的瑞娜看在眼裡。
確定了西蒙斯是科爾森派在九頭蛇的臥底，拿到了這一把柄，瑞娜便直接打來電話約見科爾森。
很快兩人就見面了，科爾森希望瑞娜能夠將方尖碑給他，但瑞娜卻是將西蒙斯是臥底九頭蛇的照片給科爾森看，並且提出想要讓她刪掉照片，科爾森就得讓她帶走斯凱去見她的親生父親，但科爾森並沒有答應。
談判無果，惱怒之下的瑞娜將西蒙斯的照片發給了九頭蛇的所有雇員，西蒙斯被人追殺，沒想到被同樣臥底在九頭蛇的芭芭拉所救，兩人同時回歸神盾局，瑞娜的計劃失敗。
瑞娜眼看自己計劃失敗，想要投靠神盾局，來擺脫九頭蛇的威脅，但是科爾森並不答應。他希望瑞娜能夠將斯凱父親的地址告訴他，然後利用瑞娜設法接近懷特霍爾，瑞娜沒有辦法，只能將地址告訴給科爾森。
等他們來到那座老社區時，斯凱的父親已不見了蹤影，而斯凱則是在地下室見到了許多她父親為非作歹的證據，決定有親自捉拿他，而在暗中監視這一切的斯凱父親，則是眼見到自己的親生女兒如此憎恨自己，一時痛苦萬分。
他將這一切都歸於科爾森的蠱惑，發誓一定要殺了他。