熒幕上，托尼被奧創控制的機器人引走，隊長三人以及雷神跟那群忍者交戰，這群忍者除了石原里美以外都蒙著面，身上背著武士刀，不知道從哪裡冒出來一大堆，當陳鋒一刀劈死一個的時候原地炸開一團煙霧，而屍體則消失不見。
娜塔莎找上了石原里美，鷹眼四處射箭，雷神一錘子下來雷蛇四散，蘇紫懸浮在空中，紫發飄動，狂風涌動，而陳澤化身齊天大聖，分身無數，一棒子一個，這群忍者被打的節節敗退，只有娜塔莎那裡占據下風。
石原里美掃視戰場，神色冷靜，就在這時，一道同樣身穿黑色武士服，帶著面罩的男人忽然出現在了她身旁不遠處，淡漠說道：「可以走了。」
「OK。」石原里美點了點頭，說的同時，她用武士刀格擋下娜塔莎的一刀，平淡說道：「你們真可悲。」
「什麼？」娜塔莎皺眉，然而石原里美沒有再多說，單手結了一個印，整個人化作煙霧散開，當娜塔莎衝過來時石原里美已經消失不見，甚至不一會的功夫，那群忍者留下一堆屍體後也有大批人成功撤離。
陳澤跟雷神想追，那個後來出現的男人回頭，雙手結印，冷漠的說了一句日語，意思大概是：「爆！」
隨著他的話音落，整個廠房各處的牆壁上都出現符籙一樣的紋路，一張張起爆符紋路亮起然後發生爆炸，徹底的擋住了他們追擊的腳步。
當煙塵散去時現場一片狼藉，到處都是焦黑的痕跡，但聯盟眾人卻沒有受到什麼太嚴重的傷勢。
「這到底是怎麼回事？為什麼這裡有這麼多人？」托爾怒問道，蘇紫從空中降下來。皺眉說道：「他們可能早就知道我們要來。」
「那他們這麼做有什麼目的？這點埋伏也對付不了我們。」陳澤問道。
「托尼？」娜塔莎疑惑說道，隨後臉色一變，對著耳麥溝通道：「托尼？」
鏡頭切換，托尼跟奧創一追一逃，在空中互相攻擊，最後托尼成功將那具機器人打落下來，托尼居高臨下的看著它，機器人好整以暇的倚靠著一個大岩石，嘴裡出現出現本大人的聲音：「你以為你贏了嗎托尼？」
「起碼現在來看是的。」托尼嘴上當然是不會輸，淡淡說完，抬手對準那機器人。
「哦？我們會再見的。」本大人的聲音充滿惡意，托尼手心發出一發能量炮將對方轟成渣，然後才頗為冷傲的說道：「是的，我會去找你的。」
「托尼。」
這時，托尼的耳麥里傳來娜塔莎擔心的聲音，托尼回復道：「娜塔莎。」
「你還好吧？」
「當然，我很好，怎麼？」
「我們懷疑他們早就知道我們要來。」
「所以你們懷疑他們的目標是我？但是我這裡沒事。」
「那他們的目的是……？」
兩人沉默了片刻，忽然神情一變，異口同聲說道：「神盾局！」
……
鏡頭切換，神盾局紐約基地內，也是忽然爆發起衝突，伴隨著一個光頭男人的一聲行動，很多神盾局內部的人紛紛將槍口對準自己原本的同事，一場騷亂瞬間爆發，尼克弗瑞在人的掩護下拼命逃脫出了基地，但開著車也被堵在了路上。
一頓機槍掃射後，車載系統播報：「系統受損。」
尼克弗瑞一連說了幾個功能後都是如此，他不由憤怒的說道：「還有什麼系統沒有受損？」
一首歌忽然在車裡播放了出來，語音不緊不慢的說道：「車載音響可以正常播放。」
「啪。」尼克弗瑞氣的直拍方向盤。
劇場裡頓時響起一片笑聲，在這種激烈的情況下還能搞笑也是他們沒想到的，隨後系統重啟完畢，眼看尼克就要突出重圍，三台機械戰甲從天而降，將汽車打翻，尼克爬出來就看到其中一個機器人手中拿著洛基的權杖。
權杖上面是心靈寶石，在《聯盟一》以後就一直被放在神盾局保管，現在會落到本大人的手裡，也說明神盾里早就有了九頭蛇的人，甚至還不少。
「我早該知道的。」尼克弗瑞自嘲的說道，這一次的失敗看起來一點都不冤。
「沒關係，你以後也會是我們的一份子。」其中一個機器人說道，是本大人的聲音。
「之前的消息實力故意放出去的？目的是為了調開守望者聯盟。」尼克陳述道，事到如今還有什麼不清楚的？
「你猜的很對，可惜沒有獎勵。」
「他們會回來的。」
「我等著他們。」本大人說完，那戰甲將權杖點了一下尼克弗瑞的胸口，剎那間尼克的瞳孔冒出一陣紅光。
「帶他走。」
一群人架住尼克弗瑞離開了街道。
後面的劇情看的影迷們揪心不已，聯盟眾人回到紐約前往神盾局的時候就察覺到了不對，但還是陷入了埋伏中，一番大戰炸毀了紐約神盾局，無數人看到了鋼鐵俠等人的戰鬥，在神盾局的宣傳中，鋼鐵俠等人成為了恐怖分子，想要占領神盾局，憑藉力量統治美利堅。
聯盟眾人被狠狠的擺了一道，而且神盾局也已經陷落，神盾局的態度也影響到了美國高層。
雖然有很多人不信，但形式已經對他們極為不利，而且他們內部也有了一些矛盾，托尼說早就應該聽他的，不要按照神盾局的指令倉促出動，應該調查出本大人的位置後一次性解決。
而陳鋒堅持應該有計劃有組織的去行動，只不過沒想到的是這個組織被端了……
「這是神盾局的問題。」陳鋒皺眉說道。
因為行動的失敗，眾人的心情都不怎麼好，然而這時，新的人工智慧星期五匯報，它找到了本大人的位置——日本東京。
對於本大人來說，他多年的謀劃已經近乎於成功了，神盾局完全落入掌控，全世界都布滿他的勢力，現在唯一的阻礙就是守望者聯盟的英雄們，只要幹掉他們，他本大人就可以憑藉神盾局去統治美利堅。
而日本，就是他給他們準備的殉葬場。
聯盟眾人收拾好裝備，全體前往日本，而電影也進入了中後期，一場大戰即將展開。