這支艦隊雖然都是新手，但實力卻不容小覷。從艦長到普通水兵都是慣於海上搏擊的疍民出身，又經過蒙蒂尼中校半年的正規化訓練，已經有了相當的戰鬥力，只是未經過戰火洗禮，仍舊只能算是新兵。
比起艦隊實力的大幅提升，陸軍就略有些寒酸了。畢竟劉磊需要低調，將人手全都分散駐紮，訓練不足也就可以理解了。如今劉磊手上雖然有數千人馬，真正長期接受葡萄牙教官訓練的只有復國軍第一團，也就是駐紮在獅頭寨和猛虎寨的隊伍。
儘管劉磊為了加強訓練，將第一團額定的兵員擴充了一倍，仍舊只有兩千四百人罷了。至於在銅山守御千戶所的三千人，在船廠的三千人，九江學院保安隊三千人，山寨藏兵的一千人，以及駐紮在蝦夷島的一千兩百人皆是訓練不足。
這其中蝦夷島和海參崴的士兵還好些，畢竟軍官都是出自復國軍，也能受到較為系統的訓練，其他三處的人就差遠了。銅山守御千戶所和船廠的人都只是進行了基本訓練，因為火器缺乏射擊訓練並不多，但隊列訓練得相當熟悉還算可用。
戰鬥力最差的是保安隊的三千人，為了避免有心人的窺探，這支半明面上的隊伍連火槍也不敢發，每天只能扛著棍子訓練隊列，現在要想參戰至少需訓練半個月如何裝彈擊發火繩槍才行。
面對如今的局面，劉磊決定重新整編軍隊，給各部隊整訓的時間，以便發揮出戰鬥力。很快復國軍第一團就被拆分了，多出來的一千二百人被抽到出來，充實到了三支部隊中作為軍官使用。
銅山守御千戶所的部隊被整編成復國軍第一旅，由聶雲擔任旅長，船廠後來新招募的三千護衛被整編為第二旅，由牛強擔任旅長，保安隊在發放火器之後，整編為復國軍第三旅，由郭繼峰擔任旅長。
因為保安隊戰鬥力差，短時間內無法形成戰鬥力，劉磊特地為其加強了炮兵。第一旅和第二旅都只有一個炮兵連，而第三旅則編制了一個炮兵營，由江宏擔任營長。
為了避免編制的混亂，復國軍最有戰鬥力的第一團更名為教導團，由吳躍擔任團長，將在未來一段時期內擔負起訓練基層軍官的角色，也是劉磊手中最強的機動力量。
原本銅山守御千戶所的千戶陳菫元在女兒小蓮嫁給聶雲之後，算是被牢牢捆綁在了劉磊的戰車上，他也只好死心塌地的跟著劉磊了。劉磊對這個人也算有仁有義，直接讓他到漳州府城擔任了復國軍後勤總管，應付各部隊一應軍需。
這個工作始終在後方駐守，安全性絕對有保證，也讓劉磊能就近監視。何況後勤軍官都是劉磊的親信，帳目另有人負責，也不怕陳堇元從中弄鬼。至於蝦夷島的一千多人加上後來訓練的三千預備兵劉磊是鞭長莫及的，他乾脆將其整編為海軍陸戰隊第一團，由馮子超擔任團長，三千人訓練的預備兵為海軍陸戰隊三個補充團，算是確立起了這個對外作戰急先鋒的軍種。
劉磊另外派出部分軍官給萬子平，授命他重新建立海軍陸戰隊第二團，作為跟隨艦隊作戰和守衛東山島之用。不過這支部隊需要重新招募，至少一年內根本派不上用場。
在大整編之中，劉磊唯一沒有動的就只有讓孫興霸拉起來的五千民團。這些人仍舊以舊制訓練而成，武器都是猛虎寨另外製造的冷兵器，火繩槍數量不足五百。
這支民團訓練也算刻苦，不過是給耿精忠看的，劉磊卻是並不關心，甚至連軍官也沒有派過，其內部從上到下都從士兵中甄選而出，總體來說沒人對他們報以多大希望，但之後的戰鬥卻令眾人對他們刮目相看。這些都是後話，在劉磊秘密整編部隊之後，他突然發現了一個嚴重問題，服裝不統一。復國軍教導團原本是有統一服裝的，他們全都採用了護衛們所穿的青衣，為此幾乎將福建青色布料買絕了。
後面徵召的九千人，卻沒有這麼好的待遇了，一來是為了隱蔽起見，劉磊不想讓他們太過惹眼，二來是楚風反對，九千人如果都穿青衣，所花費的實在太多了。
這個時代染色都是利用植物進行的，青色主要應用從蘭草中提取的靛藍洗染，這也是青出於藍這句話的出處了。只是植物染料耗費巨大，往往需要大量種植才行，這就造成染色的布料往往比白布貴了許多倍。給全軍製作青衣，比製作白衣的造價要多了三十倍不止，可是軍隊又不能身穿白衣，否則按照華夏的習慣那就變成披麻戴孝的送葬隊伍了。
如何解決這個問題，劉磊第一個想到的當然是化學，他一面向猛虎寨發出命令，製造幾種特殊的容器，一面讓化工廠採買各種所需原料，同時與張百萬聯繫，購買了大量廉價白布。
這一次的化學生產劉磊輕鬆了許多，因為有化工廠的存在，許多基礎原料都已經足備了。例如以煤焦油為原料，依靠蒸餾塔生產出來的苯，利用硫酸加入食鹽生成的鹽酸，以及硫酸加入硝石生成的硝酸。利用金屬鋅和硫酸反應生成氫氣，再與焦炭爐尾氣燃燒後水洗獲取的甲醇。
劉磊依舊在鹽酸中加入軟錳礦粉生成氯氣，再與廢鐵屑在封閉容器內煅燒反應，生成了氯化鐵蒸汽，冷凝後便能得到三氯化鐵。以三氯化鐵為催化劑，將苯和氯氣反應，能夠生成氯苯和氯化氫。將氯苯與濃硫酸和硝酸混合溶液反應，劉磊得到了一種淡黃色結晶粉末，這就是二硝基氯苯。除了這種物質以外，劉磊還利用甲醇在鐵鏽和軟錳礦粉作為催化劑，在反應釜中製成了甲醛。
看著劉磊製取出來的這些新玩意，周二狗的眼睛都快看不過來了，他唯一能做的只有記錄再記錄，把整個過程的每個細節全都記述下來，作為今後設定工藝流程的參考。