王瑾攻寺的戰術，完全照抄另一時空的李際遇。闖軍寅時出發，卯時在李際遇的帶領下神不知鬼不覺地來到了少林寺外。
沿途雖然有僧兵站崗，但是李際遇等本地鄉民對他們的巡邏、執勤規律了如指掌。再加上僧兵武藝雖高，但是朝廷已經很久沒有徵調他們打仗，他們的軍事經驗遠不如闖軍，這些哨兵都被闖軍的夜不收悄悄摸掉了。
趁著大部分僧侶都集中在大殿做早課，李際遇事先收買的沙彌、火工打開了寺門，闖軍一擁而入。趙勝、蔡仕等事先潛入的二十餘人則取出暗藏的兵刃，沖入方丈，將住持慧喜控制起來。
李過帶著人沖入大殿，聚在這裡的眾僧手無寸鐵，面對披堅執銳的闖軍毫無還手之力，只能束手就擒。分散在寺內各處的僧人自然也不可能形成有效的抵抗，除了少數人反抗被格殺之外，全部就擒。
抄檢出的帳目和實際繳獲的物資基本上都對得上，和尚管錢的效率居然比官府高得多，也是奇事一件。
這座千年古剎自元末戰亂後重建開始建就是大地主，積累的財富絕非一般的士紳富商可比，在另一時空，李際遇憑此崛起。現在這筆錢款物資落到了王瑾手裡，張文朝、趙德方、李安、白旺他們立寨屯田的啟動資金便有了。
王瑾並不打算在少室山搞出太大的動靜，主力部隊遲早要離開，在這裡吸引官府的注意力不是明智之舉。
現任住持慧喜並不是個兇惡之人，反倒精通佛法。他之所以能當上方丈，是因為幾個掌事僧侶互相放心不下，誰當方丈都不服眾，便把這個輩分最高，只會參禪念佛，什麼事都不管的老師叔給推了出來。當招牌嘛，這樣的人最合適。
出家人本來就該參禪念佛，可是在如今的佛門，這倒成了不務正業了。如此敗壞自家門風，也合該有此一劫。
所以王瑾也沒必要殺他，老和尚這麼大年紀了，吃了這麼一唬，也不一定還能活幾年。王瑾繼續留著慧喜，讓他照常支應香客，應付官府。
至於寺中的其他僧侶，那就要一一甄別了。王瑾規定，犯有殺人、強姦二罪者處決，其他的人的罪行以大明律為標準，分為有罪和無罪兩種。
因為時間比較充裕，這一次王瑾調查得比較細緻，不過調查手段也就是向鄉民們打聽。在缺乏刑偵手段的條件下，這已經是王瑾能做的搞出的最公平的審判方式了。
最終被處決的共有三十七人，另有二百餘人被判有罪。因為不想把動靜鬧得太大，王瑾沒搞公開處決，只是找了一批住得近的長工做見證，以少林寺清理門戶的名義將這些惡僧和走狗處決，令寺內僧人將這些人的罪狀書寫存檔。
王瑾並不想徹底打倒少林，現在是十七世紀，老百姓的精神世界需要宗教。如果對佛教、道教這樣的主流宗教限制過甚，就會導致各種五花八門的民間教門失去制衡，迅速擴展勢力，十年前山東白蓮教之變就是一個例子。
因此，王瑾的目的是對少林進行一場徹底的整頓，把這裡變成真正的佛門清淨之地。
被判有罪的僧侶全部強制還俗，編入闖軍的苦力隊，分散到各寨做工。如今張文朝那邊又是開荒又是蓋房，到處都有用勞力的地方。
剩下還有七百多僧侶被判無罪，但是他們也不一定都是真和尚，王瑾親自出題，對他們進行了一場考核。用王瑾的話說：「要是佛經讀得還沒有我多，那就別當和尚了。」結果這一考，又刷掉了四百多人，王瑾讓這些人全都加入闖軍當兵。
還有一些人不願再出家，也都還俗了，武僧強制當兵，一般僧侶可以自願選擇入伙或回鄉務農。
這樣一來，全寺只剩下不到三百人了，王瑾便又補充了一批人。之前在雲台山，他讓傷殘士兵冒充道士安身，在這裡也可以照此辦理。不過王瑾要求，少林寺的紀律要整頓，所有人都要去發、茹素、戒酒，不許火居，因此願意當和尚的人並不多。
肯出家的闖軍士兵，大多是年齡偏大的，有的身體還有傷殘。王瑾又下令，新收容的難民中，四十歲以上者可自願出家，加在一起，寺中僧侶恢復到了六百餘人。
住持還是由慧喜擔任，執事僧侶全都換成了闖軍的退伍兵。功課不得再敷衍了事，每日由慧喜主持學習佛經兩個時辰。剩下半日年輕僧人照常習武，年老或有傷殘不適合練武的，從事種菜之類的簡單生產活動。
寺中的佃戶還是原樣交租，但租子減至五成。所得租子除了應付寺中必要開支，都作為山寨的軍費。由於是災年，今年的田租免了，如果明年災情繼續，還可以酌情減免。各種勞役全部取消，需要徵調佃戶幹活的時候，按市價支付報酬，長工的待遇也有提高。
王瑾的整頓相當不徹底，按照很多闖軍將領的想法，不如乾脆把地都分了，讓佃農和長工全變成自耕農。
如果是流動作戰的時候，他們當然可以一路靠打土豪來補充軍需，至於被打掉的土豪的田地，自然是任由本地的窮人瓜分。在這一過程中，也會有很多流氓無賴趁機謀奪土地的情況，但闖軍實在是沒有餘力去管。
而現在，闖軍要在山中屯田，並最終轉化為本地的統治者。他們需要資金去維持秩序、保護商旅、修建道路。闖軍如果只靠自己種地，就做不了這些事情，更不能維持脫產的戰鬥部隊，對抗不了官軍甚至土匪，所以還是需要從本地的百姓手中征糧。
他們仍需要少林寺的旗號去糊弄官府，也根本沒有能力向自耕農徵稅，因此最簡單高效的辦法還是繼續沿用已經形成嚴密規章的原有租佃體系。
王瑾也很無奈，他能略微減輕農民的壓力，但是離解放農民還有三百多年的距離。這個世界依然需要地主和佃戶，只不過張文朝、白旺負責管理的這個相當於地主的組織是既聰明又有良知的地主。
一個王朝在開創之初，總是會出現一大批地主階級中的優秀人物。這些人經過了大戰亂的篩選，大部分就算沒有良知也有理智，知道把長工和佃戶壓榨得太狠是竭澤而漁的蠢事。就算他們不懂，新建立的，沒有各種陳年積弊的官府也會對他們有所限制。
但是隨著時間的推移，他們終究會變得和上一個王朝末期的地主毫無分別。就像如今闖軍面對的各種敵人一樣，一點一點將自己絞死。產生新的統治者，再慢慢墮落，循環往復，如車輪旋轉。
王瑾很想打破這個循環，但是他手上沒有能摧毀歷史車輪的武器。不是三條龍，而是新的生產力。
那將意味著有更多更好的工具、更多更好的食物和商品。意味著產生新的階級，有了新的利益分配模式。意味著有更多的資金被投入教育，有更多更好的人力資源，也就可以執行更高效的制度。
王瑾非常清楚，自己有生之年做不到這一點。但是，他要為這樣的未來創造更多的可能性。