神谷瞬坐在繭的座艙里，看著一旁的工作人員調試著機器，對接下來的遊戲體驗充滿了期待。如果這台機器能夠達到他預想中的效果的話，砸鍋賣鐵他也會搞到這項技術。
神谷瞬側頭的時候看到了在他旁邊的灰原哀，女孩也在看著他，冰藍色的眸子裡滿是溫柔之色。他笑了笑，對著灰原哀比了一個心，然後關上了座艙的門。
「五十人，全員搭乘完畢。」
「腦波傳送裝置，安裝完畢。」
「膠囊蓋，關閉。」
「主硬體開始連線。。。」
「輸入區域編碼。。。」
「連接連結器。。。」
「坐標軸，開始微調整。。。」
「標點修正結束，鎖定。。。」
「畫面啟動，系統啟動。。。」
「能量設定完成。。。」
「遊戲開始！」
伴隨著機械音的結束，舞台上的五十個膠囊倉放射出了耀眼的光華，然後所有的燈光都熄滅掉了，只剩下了五十個遊戲機的下方射出的藍色微光。而正中央的主機上則聚集著七彩的光芒，像是一道連通異世界的大門。
當神谷瞬再次睜開眼的時候，他已經站在了一塊虛空中的平台上。五十個遊戲的參與者們都出現在了這裡。這塊平台的模樣是很整齊的五邊形，每一個角都矗立著一扇大門，大門的背後則是一條小徑，延伸到漆黑的虛空里。
「我的名字，是諾亞方舟！」在平台的上方，驟然出現了一束光芒。而伴隨著光芒的出現，一位少年的聲音也傳入了眾人的耳朵。
「諾亞方舟？」灰原哀看著那束光，「這應該就是遊戲內部的系統了吧？」
「那可未必。」神谷瞬眯著眼睛看著那個物體。他總覺得這個東西不應該出現在這裡，和整個環境的畫風都很不搭調。「而且我好像聽過這個名字，似乎是某種人工智慧！」
「遊戲已經無法停止！」少年冷漠的聲音在大廳中激起了一片喧囂，「繭已經被我占據了！」
在外面的工藤優作皺著眉，藉助控制室的話筒開始和諾亞方舟進行溝通。「你的目的是什麼？」
「我的目的，是要讓日本重新來過！」
神谷瞬扭了扭脖子，活動了一下身體。「不錯嘛，五感和反應都和外界一樣，看來是掃描了身體數據的。」他對這種環境很是滿意，只要不讓他徹底成為一個普通高中生，那麼不管是什麼樣的遊戲場景，他都有把握直接殺穿。
「哪有什麼真實。」灰原哀在神谷瞬的身邊說道，「在遊戲中，我們所有的感覺，觸覺，聽覺，視覺，味覺，嗅覺全部都受機器控制，仔細想想的話，這不是很可怕嗎？」
「好了，你就別嚇孩子們了。」神谷瞬在灰原哀耳邊低語，「明明還是和外面一樣敏感嘛。」他輕聲笑起來，卻沒想到灰原哀直接用手拍到他的臉上，把他的臉撥開來。
灰原哀俏臉微紅，又羞又氣地盯著神谷瞬的眼睛。但是神谷瞬還笑眯眯地看著她，這讓她也生不起氣來。
「好了，初次體驗遊戲的朋友們！」諾亞方舟的聲音傳入了所有參加遊戲的人的耳中。「遊戲馬上就要開始了。」他輕微停頓了一瞬，「我的名字是諾亞方舟，請多多指教！」
孩子們的歡呼聲響徹了整片虛擬空間，而且伴隨諾亞方舟的聲音，五道光門出現在了門後小徑的盡頭處。
「現在，我將播放五種遊戲舞台的錄像，請你們選擇自己想要遊玩的舞台！」
「不過，有一件事情請你們記好！」諾亞方舟的聲音裡帶著一絲冷意，「這可是關係到你們性命的遊戲！」
「關乎性命的遊戲！？」柯南瞳孔微縮，皺著眉在揣摩著那個人工智慧的意思。
「倒是有趣。」神谷瞬輕輕一笑，他那對漆黑的瞳孔仿佛燃燒著黑色的火焰。小蘭和園子站在他的旁邊，都注意到了他的變化。就像沉睡的巨龍終於睜開了雙眼。
「鬥志昂揚啊？」灰原哀輕輕一笑。她不在乎諾亞方舟說的什麼關乎性命的遊戲，因為神谷瞬肯定會帶著他們一起通關的。如果他都做不到，那換一個人來，也不可能做到。
灰原哀對很多事情都沒有自信，但是對於這一件事，她深信不疑。
「如果你們全部五十個人都出局的話，就沒有辦法回到現實世界了！」
「所以，你們可要認真玩遊戲才行。」諾亞方舟的聲音帶著一絲淡淡的嘲諷，「只要你們當中有任意一人完成遊戲，就算你們贏了！而在那之前出局的孩子，也就能夠甦醒過來，這就是我制定的遊戲規則！」
「當所有人都出局後，我就會釋放特殊的電磁波，把你們的腦部加以破壞！」諾亞方舟的聲音不再像之前一樣溫和，而是嚴厲萬分，「也就是說，這就是以日本的未來重生為賭注的一場遊戲！」
「廢話真多，能不能快點開始啊！」神谷瞬嘀咕道。
柯南聽到這句話之後，嘴角溢出一抹無奈的笑容。他罕見地看到神谷瞬認真的想要做什麼事情，但是卻是在這樣的環境之下。
在敘述完遊戲規則之後，諾亞方舟就開始介紹起五個遊戲場景來。那五個遊戲場景分別是縱橫七大洋的海盜、巴黎達喀爾的越野賽、古羅馬神鬼競技場、所羅門王的寶藏以及最後的第五個場景，十九世紀末的倫敦。
「真遺憾啊，我對五個場景都有興趣。」神谷瞬輕嘆一聲，「而且都有把握存活到最後呢。」
「好了，別抱怨了。」灰原哀捏了捏神谷瞬的手，「大家都選擇了十九世紀的倫敦不是嗎？」她那絕美的臉上帶著一絲淺笑，「而且十九世紀末的倫敦，以你這位偵探之王的實力，難道還不能帶我們通關嗎？」
「那可不是，你看園子不就選擇了拉力賽嗎？」神谷瞬笑了笑，「以她的見識，應該對那個場景不陌生才對。」
「是啊，其實最好的辦法還是讓你和我們分開，獨自挑選一個場景打通關拯救大家才對。」柯南輕笑一聲，「雞蛋不能放在一個籃子裡不是嗎？」
「那可不行。」神谷瞬淡淡地說，「小哀好不容易給我下一個指令，我敢說做不到嗎？」他看向第五扇門，「這個場景，我一定打通關給你看！」