柯南、灰原哀和元太三人目睹了七號車廂B室內發生了一起槍擊案。
一開始柯南幾人認為可能是這輛神秘列車的推理謎題開始了，然而卻被列車工作人員告知要在一小時後才會通過對講機開始進行推理謎題。
那麼七號車廂B室內發生的槍擊案，很有可能是真的案件。
但是當柯南幾人找過去的時候，卻震驚的發現七號車廂竟然消失不見了。
柯南找到列車工作人員，將他們看到的事情的經過告訴了列車工作人員。
然而工作人員並不怎麼相信：「我想你們直接去各個車廂里看看吧，每輛有客房的車廂走廊最後面都有待命的像我一樣的車長，而且我想你們肯定是搞錯了，這台列車，因為老闆的意圖所以每輛車廂都不會在車內顯示編號。
多虧了這個設計，很多客人都搞不清楚自己的房間到底在哪裡呢，我們車長為此引導的很辛苦呢。」
這時候一扇門的鈴響了，列車工作人員去提供服務去了。
光彥好奇的說道：「原來按響房內的呼叫鈴，房間外的燈就會亮啊，車長就會去查看誒。」
元太興奮道：「好酷哦，我等會兒也要玩一下！」
柯南嚴肅的對元太說道：「現在的重點是找出消失的七號車廂，我們趕快去確認！」
灰原哀眉頭緊皺著。
剛才那個右臉上有傷疤的男人，很明顯就是傷疤赤井。
又有人假扮傷疤赤井，是那個組織已經出動的波本嗎？
還是說.是另有其人。
不過無論是誰，這個傷疤赤井出現在這趟列車，目標很有可能是她。
步美擔心的問道：「小哀，你因為感冒身體不舒服嗎？」
灰原哀嘆了口氣：「不，我沒事，剛剛已經有吃藥了。」
「那走吧。」
步美拉住灰原哀的手朝著前方跑去。
找了一圈後，柯南幾人終於找到七號車廂。
然而打開七號車廂的B室門，卻依然還是本該待在八號車廂的毛利蘭三人。
不過這一次，柯南已經發現了事情的真相。
經過柯南的推理，毛利蘭三人也收到了和他們類似的信件。
毛利蘭、鈴木園子和世良真純也承認了，她們的確收到了一封信件。
在收到的信件上寫著七號車廂的B室之中，有扮演被害人的乘客等著她們，讓她們演共犯跟他交換房間，讓謎題更難更有趣。
所以那位負責演被害人的乘客和她們交換了房間，世良真純正好經過，於是也加入了毛利蘭和鈴木園子一起玩推理遊戲。
毛利蘭猜測道：「現在那位演被害者的乘客，應該還待在八號車廂裡面吧？」
柯南疑惑的問道：「對了，小五郎叔叔和神谷哥哥人呢？」
鈴木園子回答道：「負責演被害人的乘客，要叔叔和神谷先生去餐廳車廂待命，不在這裡。」
「餐廳車廂？」
毛利蘭點了點頭：「對方好像希望爸爸擔任這場謎題遊戲中最後負責解說的名偵探，而神谷先生是偵探助手，所以請他們暫時去餐車待命了。」
世良真純走到了灰原哀的面前打招呼道：「對了，我們是第一次見面吧？你就是那位叫灰原的孩子吧？我一直很想找個機會好好的跟你說說話呢。」
灰原哀躲在了柯南的身後，雖然雷達沒有啟動，但是灰原哀感覺世良真純不是個好東西。
世良真純突然一驚一乍的大喊道：「什麼人！」
世良真純衝出了房間左右查看。
鈴木園子詢問道：「怎麼了？」
「剛剛我覺得好像有人隔著門口在往我們這裡偷看，我想太多了嗎？」
世良真純沒有看到人就回房間了，順便把門給關上了。
而在拐角處，傷疤赤井赫然在牆邊靠著。
.
餐廳車廂。
「哎呀，料理和酒都太美味了啊，你說是吧，神谷老弟。」
「對啊，還真是不錯，乾杯！」
神谷皆月拿起紅酒杯和毛利小五郎碰了下杯。
毛利小五郎突然指著窗外說道：「嗯，神谷老弟，你看，那邊山上好像燒起來是吧？」
神谷皆月看了一眼：「說不定是哪個小屁孩放火點的吧，柯南那個小鬼就像是能做出那種事來的傢伙，只不過現在他現在在列車上，不然我就懷疑他了。」
毛利小五郎非常認同道：「確實，柯南那個小鬼頭可麻煩了。」
.
另一邊的柯南一行人，向列車工作人員表明他們已經解開了謎題。
然而列車工作人員卻表示他們的謎題都還沒有開始出題。
柯南把收到的信件的卡片給列車工作人員看。
列車工作人員表示這信件的確和之前使用的指示卡片是一樣的設計，但是這謎題寫的內容跟他要聽到的要使用的謎題內容是完全不同的。
鈴木園子納悶道：「這到底是怎麼回事啊？」
世良真純提議道：「事到如今，我們也只能直接前往八號車廂問問負責演被害人的乘客室橋悅人先生了。」
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然而抵達了八號車廂之後，大家驚訝的發現門被鎖鏈鎖起來了，同時通過門縫震驚的看到室橋悅人手上拿著手槍，癱在沙發上，太陽穴流著大量的血液。
鈴木園子還以為室橋悅人又是在演戲。
柯南和世良真純發覺了不對勁，在房間內聞了聞：「硝煙的味道！」
「什麼？」
如果有硝煙的味道，那麼在房間裡的確開過槍，那麼這次的事件，很有可能是真的！
世良真純和柯南合力將門鎖鏈破壞，強行進入了房內。
世良真純檢查後嚴肅的說道：「看來他確實已經死亡了，真正意義上的死亡。」
柯南觀察著四周，這起案件，完全就是密室殺人事件！
很快因為屋內的動靜，導致房間外已經圍滿了人，詢問著列車的謎題是不是開始了。
世良真純說明情況，讓工作人員停駛，並告訴車上的乘客警察到來之前誰也不能離開房間。
就在這時候，灰原哀的雷達啟動。
灰原哀看到了傷疤赤井從身邊的過道走過，而且兇惡的眼神直勾勾的看著她。
灰原哀心跳不斷的加速，在心裡驚恐的想著：「他看著我.看著我.這個傢伙知道我的身份嗎？不然沒道理會這麼看著我的啊。」
同時灰原哀感覺到了，這台列車之中，絕對不止一個黑色組織的成員存在！
也就是說，現在她，身處牢籠！